More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3973 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  100 
 
 
136 aa  273  6e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  82.22 
 
 
135 aa  224  3e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  81.48 
 
 
135 aa  221  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.96 
 
 
136 aa  159  8e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.14 
 
 
136 aa  155  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  56 
 
 
135 aa  152  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  52.8 
 
 
136 aa  148  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  57.14 
 
 
133 aa  145  2e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.03 
 
 
133 aa  143  7e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  53.54 
 
 
134 aa  140  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  51.97 
 
 
132 aa  140  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  51.2 
 
 
134 aa  139  1e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.28 
 
 
134 aa  139  1e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.25 
 
 
116 aa  138  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.46 
 
 
134 aa  138  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.46 
 
 
134 aa  138  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.64 
 
 
134 aa  137  5e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  51.64 
 
 
134 aa  136  8e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.46 
 
 
134 aa  136  9e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.46 
 
 
134 aa  136  9e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.64 
 
 
134 aa  135  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.64 
 
 
134 aa  135  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  6.99577e-08 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.64 
 
 
134 aa  135  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.64 
 
 
134 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  4.63213e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.64 
 
 
134 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.64 
 
 
134 aa  135  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  1.06541e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.64 
 
 
134 aa  134  3e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  48.48 
 
 
134 aa  134  3e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.62 
 
 
134 aa  135  3e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.18 
 
 
134 aa  133  7e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  4.57301e-05 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  49.59 
 
 
134 aa  133  8e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.36 
 
 
134 aa  132  2e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  1.53595e-05 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  50.41 
 
 
134 aa  131  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.46 
 
 
136 aa  124  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  47.06 
 
 
143 aa  124  4e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.07 
 
 
139 aa  115  1e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  45.24 
 
 
141 aa  113  8e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  5.40401e-11  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  45.97 
 
 
135 aa  112  1e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  1.82227e-06 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  41.27 
 
 
137 aa  110  7e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  44.88 
 
 
134 aa  108  2e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.4 
 
 
133 aa  106  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.4 
 
 
142 aa  105  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.09 
 
 
135 aa  103  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  46.28 
 
 
137 aa  102  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  7.78685e-11  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.34 
 
 
134 aa  100  8e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.14 
 
 
133 aa  99.8  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.93 
 
 
134 aa  98.6  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.51 
 
 
140 aa  97.1  7e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.72 
 
 
135 aa  91.7  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
134 aa  82  2e-15  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  33.6 
 
 
134 aa  82  2e-15  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.77 
 
 
135 aa  82.4  2e-15  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
137 aa  79.3  2e-14  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.37129e-08  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
133 aa  74.7  4e-13  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
133 aa  74.7  4e-13  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  32.82 
 
 
136 aa  74.7  4e-13  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.78844e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  26.36 
 
 
148 aa  74.3  5e-13  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
141 aa  73.6  8e-13  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
133 aa  73.2  1e-12  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 
134 aa  72.4  2e-12  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.56 
 
 
137 aa  72  2e-12  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.91 
 
 
138 aa  72.4  2e-12  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  3.74903e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.15 
 
 
136 aa  72.8  2e-12  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  31.25 
 
 
143 aa  72.8  2e-12  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.52 
 
 
140 aa  72  3e-12  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 
140 aa  70.5  7e-12  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  31.62 
 
 
143 aa  69.7  1e-11  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  31.62 
 
 
143 aa  69.7  1e-11  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  31.62 
 
 
143 aa  69.7  1e-11  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.26 
 
 
141 aa  68.9  2e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.56 
 
 
144 aa  68.9  2e-11  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0844  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.92 
 
 
183 aa  68.2  4e-11  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0364273 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 
142 aa  67.8  4e-11  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
140 aa  67.8  4e-11  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.8 
 
 
131 aa  67.8  4e-11  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.4 
 
 
137 aa  67.8  5e-11  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.48 
 
 
143 aa  67.4  6e-11  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  3.95657e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4449  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.99 
 
 
207 aa  67.4  7e-11  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 
142 aa  67  8e-11  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  30.83 
 
 
139 aa  67  9e-11  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  31.85 
 
 
141 aa  66.2  1e-10  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  31.85 
 
 
141 aa  66.2  1e-10  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1943  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
129 aa  66.6  1e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  31.85 
 
 
141 aa  66.2  1e-10  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  31.85 
 
 
141 aa  66.2  1e-10  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  31.85 
 
 
141 aa  66.2  1e-10  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  32.59 
 
 
139 aa  66.6  1e-10  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  31.85 
 
 
141 aa  66.2  1e-10  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 
140 aa  66.6  1e-10  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  32.03 
 
 
153 aa  66.2  1e-10  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  31.85 
 
 
141 aa  66.2  1e-10  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  31.85 
 
 
141 aa  66.2  1e-10  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  31.25 
 
 
153 aa  66.2  1e-10  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2300  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  30.65 
 
 
124 aa  66.2  1e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.562465  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  32.35 
 
 
142 aa  66.2  1e-10  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.48 
 
 
135 aa  66.6  1e-10  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  31.85 
 
 
141 aa  66.2  1e-10  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  31.25 
 
 
153 aa  66.2  1e-10  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
143 aa  65.9  2e-10  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.42 
 
 
137 aa  65.5  2e-10  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>