More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3961 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3961  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 835 aa  1715    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3957  TonB-dependent receptor  40.12 
 
 		 870 aa  570  1e-161  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.143097  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4077  cyclic nucleotide-binding protein  32.92 
 
 		 959 aa  393  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3280  TonB-dependent receptor  32.5 
 
 		 923 aa  359  9.999999999999999e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  30.81 
 
 		 866 aa  355  2e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0305  TonB-dependent receptor  30.59 
 
 		 786 aa  338  1.9999999999999998e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.301005 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04790  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 793 aa  308  2.0000000000000002e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01250  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 		 882 aa  275  3e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1484  TonB-dependent receptor plug  29.79 
 
 		 831 aa  270  7e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.135772  normal  0.425755 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1434  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 753 aa  251  5e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000294975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3988  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 798 aa  250  9e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000235152  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3503  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 754 aa  248  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.216173  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0143  TonB-dependent receptor plug  26.84 
 
 		 864 aa  248  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.556848  normal  0.758309 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02415  TonB-dependent receptor  27.29 
 
 		 814 aa  246  9.999999999999999e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4286  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 		 798 aa  245  3e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000018092  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0066  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 798 aa  244  6e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000206959  hitchhiker  0.0000000155765 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0064  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 798 aa  244  6e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00224959  unclonable  0.0000416662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0068  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 798 aa  244  6e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000121546  unclonable  0.000000000240632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0063  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 798 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0128619  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0067  outer membrane insertion C-terminal signal  26.43 
 
 		 798 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00013463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0068  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 798 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00237309  hitchhiker  0.00396946 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03378  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 798 aa  241  4e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0156374  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0977  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 757 aa  234  4.0000000000000004e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2959  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 761 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.404716 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3963  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 812 aa  234  6e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000386767  normal  0.0993256 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1822  TonB-dependent receptor, plug  25.56 
 
 		 756 aa  228  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000398859  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0334  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 815 aa  224  4e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000617894  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02625  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 836 aa  207  5e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.107636  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0866  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 879 aa  167  9e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.250778  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3229  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 875 aa  163  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1881  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 838 aa  133  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.490789  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 767 aa  85.1  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0899  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 764 aa  77.8  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00548484  normal  0.114309 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2040  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 815 aa  77.4  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 773 aa  73.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  32.37 
 
 		 771 aa  73.6  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 783 aa  72.4  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0924  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 795 aa  69.3  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  29.56 
 
 		 784 aa  68.6  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2736  TonB-dependent siderophore receptor  24.89 
 
 		 705 aa  68.2  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111092 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 761 aa  68.2  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  27.62 
 
 		 680 aa  68.2  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1110  Outer membrane receptor protein mostly Fe transport-like protein  27.06 
 
 		 862 aa  67.4  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1633  TonB-dependent receptor, plug  27.72 
 
 		 906 aa  67  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.257863  normal  0.346647 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0516  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 773 aa  66.6  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 717 aa  66.6  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  28.64 
 
 		 749 aa  67  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0535  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 853 aa  65.9  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445687  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 792 aa  66.2  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 720 aa  65.5  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 758 aa  65.5  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 746 aa  65.1  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0110  TonB dependent receptor  28.23 
 
 		 693 aa  64.7  0.000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0818  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 789 aa  64.7  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 730 aa  63.5  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2541  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 896 aa  63.9  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.411805  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 769 aa  63.9  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1775  TonB-dependent siderophore receptor  26.57 
 
 		 721 aa  63.9  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.441598 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 680 aa  63.2  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 764 aa  62.8  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1671  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 732 aa  62  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 751 aa  61.6  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  28.23 
 
 		 787 aa  62  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 790 aa  61.6  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 782 aa  61.2  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0808  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 733 aa  60.8  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  25.22 
 
 		 738 aa  60.8  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1912  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 969 aa  60.5  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0785  TonB-dependent receptor, plug  22.6 
 
 		 829 aa  60.5  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.324932  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 741 aa  60.8  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 780 aa  60.1  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4483  TonB-dependent siderophore receptor  24.86 
 
 		 712 aa  60.1  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000188322  hitchhiker  0.0000171512 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4827  TonB-dependent siderophore receptor  22.88 
 
 		 690 aa  60.1  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497518 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3067  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 903 aa  58.9  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4100  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 985 aa  59.3  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 782 aa  59.3  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2764  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 776 aa  59.3  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.700663 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2215  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 971 aa  59.3  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.169336  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 785 aa  59.3  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1080  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 937 aa  59.3  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.72185  normal  0.584922 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1841  TonB-dependent siderophore receptor  25.97 
 
 		 696 aa  58.5  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000240616  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3029  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 919 aa  58.9  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.709462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2395  TonB-dependent siderophore receptor  29.6 
 
 		 812 aa  58.5  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1443  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 863 aa  58.2  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0161464 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  22.67 
 
 		 742 aa  58.2  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4276  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 798 aa  58.2  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1859  TonB-dependent receptor, plug  25.31 
 
 		 776 aa  58.2  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2867  TonB-dependent siderophore receptor  25.44 
 
 		 733 aa  58.2  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0132982  normal  0.0165927 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0411  TonB-dependent siderophore receptor  22.83 
 
 		 758 aa  58.2  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4236  TonB-dependent siderophore receptor  26.5 
 
 		 710 aa  57.8  0.0000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000695536  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 764 aa  57.8  0.0000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  23.48 
 
 		 790 aa  57.8  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1059  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 777 aa  57.8  0.0000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000502668  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 757 aa  57.8  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0037  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 757 aa  57.8  0.0000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.22969  hitchhiker  0.0000467623 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 718 aa  57.8  0.0000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 737 aa  57.8  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  23.26 
 
 		 653 aa  57  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  26.77 
 
 		 779 aa  57.4  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1045  TonB-dependent siderophore receptor  22.42 
 
 		 699 aa  57  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.616371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>