More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3448 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3448  triosephosphate isomerase  100 
 
 
256 aa  525  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1023  Triose-phosphate isomerase  51.78 
 
 
249 aa  266  2e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00613564  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0815  triosephosphate isomerase  53.75 
 
 
253 aa  261  1e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000244559  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1574  triosephosphate isomerase  50.2 
 
 
249 aa  259  3e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0183532  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  50.2 
 
 
250 aa  249  3e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01285  triosephosphate isomerase  49.59 
 
 
251 aa  246  2e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.300976  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  49.6 
 
 
249 aa  246  2e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1089  triosephosphate isomerase  50 
 
 
253 aa  246  2e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1591  triosephosphate isomerase  48.4 
 
 
255 aa  245  4.9999999999999997e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1966  triosephosphate isomerase  49.21 
 
 
256 aa  244  9e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000820066  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  49.61 
 
 
253 aa  243  3e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0154  triosephosphate isomerase  48.82 
 
 
255 aa  242  5e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0169  triosephosphate isomerase  48.43 
 
 
255 aa  241  7e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.543601  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0103  triosephosphate isomerase  47.43 
 
 
256 aa  238  6.999999999999999e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5468  triosephosphate isomerase  48.81 
 
 
251 aa  235  4e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.50496  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62830  triosephosphate isomerase  48.81 
 
 
251 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1003  triosephosphate isomerase  46.06 
 
 
260 aa  234  8e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0343606  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0957  triosephosphate isomerase  46.46 
 
 
260 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0345759  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  45.67 
 
 
260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  45.67 
 
 
260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000178614  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  45.67 
 
 
260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  45.67 
 
 
260 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000672651  hitchhiker  0.0000521404 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  45.67 
 
 
260 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371764  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  45.67 
 
 
260 aa  233  3e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000042953  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  45.67 
 
 
260 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000876569  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  45.28 
 
 
260 aa  233  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000192621  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  45.67 
 
 
260 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000257421  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  45.67 
 
 
260 aa  233  3e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000084878  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  45.67 
 
 
260 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121721  unclonable  0.00000000000528037 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45770  triosephosphate isomerase  48.37 
 
 
251 aa  232  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3808  triosephosphate isomerase  48 
 
 
255 aa  232  4.0000000000000004e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.102844  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49960  triosephosphate isomerase  48.37 
 
 
251 aa  232  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2833  triosephosphate isomerase  46.72 
 
 
251 aa  231  8.000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.091999  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3565  triosephosphate isomerase  45.67 
 
 
260 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147919  hitchhiker  0.00000496067 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1520  triosephosphate isomerase  47.64 
 
 
272 aa  231  8.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0128427  decreased coverage  0.0000834169 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49910  triosephosphate isomerase  46.09 
 
 
246 aa  230  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.258147  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3393  triosephosphate isomerase  45.67 
 
 
260 aa  231  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000164415  hitchhiker  0.0003141 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3064  triosephosphate isomerase  45.28 
 
 
260 aa  230  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000137173  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4805  triosephosphate isomerase  48.4 
 
 
255 aa  230  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000667098 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5579  triosephosphate isomerase  46.88 
 
 
251 aa  229  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000123744  normal  0.0751441 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4412  triosephosphate isomerase  47.64 
 
 
255 aa  228  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0292909  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2168  triosephosphate isomerase  46.88 
 
 
251 aa  228  6e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00524142  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4480  triosephosphate isomerase  47.64 
 
 
255 aa  228  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.975487  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4410  triosephosphate isomerase  47.64 
 
 
255 aa  228  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.909919  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4327  triosephosphate isomerase  47.64 
 
 
255 aa  228  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2289  triosephosphate isomerase  46.88 
 
 
251 aa  228  6e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000785898  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4297  triosephosphate isomerase  47.64 
 
 
255 aa  228  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0095  triosephosphate isomerase  46.8 
 
 
255 aa  228  7e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4118  triosephosphate isomerase  46.8 
 
 
255 aa  228  7e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0096  triosephosphate isomerase  46.8 
 
 
255 aa  228  7e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1639  triosephosphate isomerase  46.48 
 
 
251 aa  228  7e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000200734  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2251  triosephosphate isomerase  46.48 
 
 
251 aa  228  7e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000102764  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  46.48 
 
 
251 aa  227  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000308196  normal  0.102184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0717  triosephosphate isomerase  47.22 
 
 
251 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.119458 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4150  triosephosphate isomerase  47.24 
 
 
255 aa  226  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03804  triosephosphate isomerase  47.24 
 
 
255 aa  226  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4066  Triose-phosphate isomerase  47.24 
 
 
255 aa  226  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4453  triosephosphate isomerase  47.24 
 
 
255 aa  226  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03753  hypothetical protein  47.24 
 
 
255 aa  226  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2566  triosephosphate isomerase  44.71 
 
 
250 aa  227  2e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.566971  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5374  triosephosphate isomerase  47.24 
 
 
255 aa  226  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4099  triosephosphate isomerase  47.24 
 
 
255 aa  226  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1053  triosephosphate isomerase  46.46 
 
 
252 aa  227  2e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4359  triosephosphate isomerase  47.24 
 
 
255 aa  226  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.626096 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5608  triosephosphate isomerase  47.08 
 
 
254 aa  226  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4399  triosephosphate isomerase  47.24 
 
 
255 aa  226  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0238  triosephosphate isomerase  46.4 
 
 
249 aa  226  3e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0267  triosephosphate isomerase  46 
 
 
249 aa  225  7e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0775  triosephosphate isomerase  46.83 
 
 
251 aa  224  8e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000354266  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  46.43 
 
 
248 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1740  triosephosphate isomerase  47.45 
 
 
245 aa  224  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4052  triosephosphate isomerase  47.64 
 
 
255 aa  223  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0947  triosephosphate isomerase  46.27 
 
 
249 aa  223  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.144972  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2199  triosephosphate isomerase  47.06 
 
 
250 aa  223  2e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468925  normal  0.243836 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2064  triosephosphate isomerase  44.71 
 
 
250 aa  223  3e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1026  triosephosphate isomerase  46.85 
 
 
251 aa  222  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00133267  normal  0.306303 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1287  triosephosphate isomerase  45 
 
 
266 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1568  triosephosphate isomerase  48.21 
 
 
254 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.384591  normal  0.243152 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  45.63 
 
 
248 aa  221  9e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4715  triosephosphate isomerase  48.81 
 
 
251 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151784  hitchhiker  0.00871946 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  44 
 
 
245 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1140  triosephosphate isomerase  50.6 
 
 
248 aa  220  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.766646  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4581  triosephosphate isomerase  48.81 
 
 
251 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.299699  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0562  Triose-phosphate isomerase  45.91 
 
 
254 aa  221  9.999999999999999e-57  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.525761 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0674  triosephosphate isomerase  43.65 
 
 
250 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.260735  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2838  triosephosphate isomerase  46.53 
 
 
249 aa  219  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1341  triosephosphate isomerase  47.43 
 
 
259 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000463974  normal  0.0307092 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3216  triosephosphate isomerase  46.67 
 
 
258 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00012954  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0706  triosephosphate isomerase  48.97 
 
 
255 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.423457  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4184  triosephosphate isomerase  47.22 
 
 
251 aa  218  5e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2064  triosephosphate isomerase  44.09 
 
 
248 aa  218  6e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0168982  normal  0.648241 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4494  triosephosphate isomerase  47.22 
 
 
251 aa  218  7e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.321001  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2707  triosephosphate isomerase  46.12 
 
 
249 aa  218  7e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4716  triosephosphate isomerase  48.02 
 
 
251 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0925  triosephosphate isomerase  44 
 
 
245 aa  217  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0737109  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3352  Triose-phosphate isomerase  47.2 
 
 
252 aa  216  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  44.84 
 
 
255 aa  216  4e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3612  triosephosphate isomerase  44.84 
 
 
251 aa  215  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  47.24 
 
 
251 aa  215  7e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1058  triosephosphate isomerase  47.29 
 
 
251 aa  214  8e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00483785  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>