145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3267 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3267  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0037  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4322  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.990872  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0030  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0050  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.313439 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0018  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.146139 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6040  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3170t  tRNA-Cys  94.34 
 
 		 71 bp  81.8  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0586308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60570  tRNA-Cys  94.23 
 
 		 71 bp  79.8  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109168  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0040  tRNA-Cys  94.23 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101122 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0030  tRNA-Cys  94.23 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0041  tRNA-Cys  94.23 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.283149  normal  0.794533 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0242  tRNA-Cys  97.62 
 
 		 71 bp  75.8  0.000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0030  tRNA-Cys  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.737492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0071  tRNA-Cys  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00981637  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0031  tRNA-Cys  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000180821  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0031  tRNA-Cys  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  89.83 
 
 		 462 bp  69.9  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3176t  tRNA-Cys  95.35 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000794009  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30720  tRNA-Cys  92 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100485  hitchhiker  0.00000662167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0044  tRNA-Cys  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583033  normal  0.0240701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2631  tRNA-Cys  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106712  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna119  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000033796  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna006  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.248027  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna001  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.307484  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02745  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05672  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05678  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05683  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05684  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna004  tRNA-Cys  97.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.002755  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.924194  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0033  tRNA-Cys  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0021  tRNA-Cys  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000191059  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0035  tRNA-Cys  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0015  tRNA-Cys  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0045  tRNA-Cys  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0596059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0022  tRNA-Cys  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0186532 
 
 
-
 
NC_003295  RS04005  tRNA-Cys  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000662406  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0026  tRNA-Cys  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.285214  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0693  tRNA-Cys  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0702  tRNA-Cys  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.109988  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0836  tRNA-Cys  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.20631e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0049  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0852361  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0038  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna22  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t37  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0453949  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt35  tRNA-Cys  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt35  tRNA-Cys  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA44  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0803701  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0027    87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583398  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0021  tRNA-Cys  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R49  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334136 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4323  tRNA-OTHER  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0027  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.925736  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0043  tRNA-Cys  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00614253  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA45  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0068  tRNA-Cys  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.505859  hitchhiker  0.00111076 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0044  tRNA-Cys  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.373232 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0054  tRNA-Cys  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.762647 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0049  tRNA-Cys  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.650084 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t59  tRNA-Cys  89.13 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23444  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0014  tRNA-Cys  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0038  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0050  tRNA-Cys  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.458136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0041  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0073  tRNA-Cys  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.091827  normal  0.542101 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0060  tRNA-Cys  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0916033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0020  tRNA-Cys  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.26604  normal  0.28588 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0012  tRNA-Cys  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.245718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0034  tRNA-Cys  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal  0.65843 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0007  tRNA-Cys  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0036  tRNA-Cys  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0579773 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0039  tRNA-Cys  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00215479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0038  tRNA-Cys  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1032  tRNA-Cys  86.54 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0025  tRNA-Cys  86.54 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0925  tRNA-Cys  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t034  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0056  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.432315  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0065  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000190442  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0097  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00055295  hitchhiker  0.00188437 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0062  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000588832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0068  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000602799  normal  0.450807 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0001  tRNA-Cys  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t02  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0046  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000220142  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0058  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000366309  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0062  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000739962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0066  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000241588  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0096  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00280984  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0099  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00219559  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0101  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00407806  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0070  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000013606  normal  0.202636 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0078  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0197112  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>