More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3075 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
317 aa  657    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  63.34 
 
 
316 aa  423  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 
330 aa  159  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 
311 aa  149  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 
304 aa  149  6e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 
312 aa  148  9e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 
337 aa  144  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 
297 aa  144  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 
295 aa  142  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 
342 aa  142  9e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 
335 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 
320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  26.95 
 
 
307 aa  136  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  26.63 
 
 
325 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  26.65 
 
 
356 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  27.18 
 
 
301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 
312 aa  132  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 
320 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 
344 aa  132  6e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 
331 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 
325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  24.52 
 
 
318 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  24.75 
 
 
327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  24.38 
 
 
349 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 
334 aa  129  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 
317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  24.53 
 
 
345 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  24.84 
 
 
329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 
320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 
313 aa  126  6e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 
311 aa  125  1e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  24.52 
 
 
334 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 
214 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 
297 aa  122  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  24.52 
 
 
334 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  26.13 
 
 
327 aa  122  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  25.91 
 
 
307 aa  122  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2982  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 
313 aa  122  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.425859  hitchhiker  0.00381419 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4422  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 
327 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.465856  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  26.94 
 
 
348 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2858  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.28 
 
 
323 aa  120  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.113519 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 
285 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  22.67 
 
 
325 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 
285 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  25.16 
 
 
333 aa  119  4.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1516  transcriptional regulator, AraC family  25.25 
 
 
321 aa  119  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  26.43 
 
 
335 aa  119  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  24.01 
 
 
329 aa  119  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  23.66 
 
 
329 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  27.12 
 
 
308 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  22.22 
 
 
324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  27.24 
 
 
303 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  25.16 
 
 
324 aa  115  7.999999999999999e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  31.77 
 
 
277 aa  115  8.999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3544  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 
318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 
330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  31.12 
 
 
305 aa  113  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  25.94 
 
 
292 aa  112  9e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1639  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 
307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470025  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  29.44 
 
 
322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  23.23 
 
 
318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3311  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 
297 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000434384 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  24.43 
 
 
313 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 
303 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  24.43 
 
 
313 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  24.43 
 
 
313 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1711  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
307 aa  110  5e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 
234 aa  109  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3213  transcriptional regulator, AraC family  25.25 
 
 
311 aa  109  8.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  24.58 
 
 
297 aa  108  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  22.93 
 
 
328 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  23.53 
 
 
333 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  23.82 
 
 
322 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 
325 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 
305 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 
313 aa  107  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  25.25 
 
 
319 aa  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4455  transcriptional regulator, AraC family  22.83 
 
 
319 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 
325 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  24.14 
 
 
316 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 
320 aa  106  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 
319 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  23 
 
 
359 aa  104  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 
348 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1967  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 
304 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.83417  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  23.51 
 
 
309 aa  104  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  22.47 
 
 
330 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 
199 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3848  AraC family transcriptional regulator  24.29 
 
 
333 aa  103  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0846255  normal  0.776114 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2287  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 
284 aa  103  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  35.38 
 
 
348 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0389  helix-turn-helix domain-containing protein  25.63 
 
 
308 aa  103  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.813465  normal  0.450006 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  35.38 
 
 
348 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2562  transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 
306 aa  102  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0914693  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 
325 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  25.37 
 
 
299 aa  102  8e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0852  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.39 
 
 
327 aa  102  8e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.530439  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>