37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2171 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2171  hypothetical protein  100 
 
 
93 aa  194  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00528546  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1719  zinc finger CDGSH-type domain-containing protein  89.61 
 
 
79 aa  147  6e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.703607 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3396  Zinc finger, CDGSH-type  60.53 
 
 
79 aa  107  6e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0489  ferredoxin-dependent glutamate synthase  56.58 
 
 
502 aa  106  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3007  ferredoxin-dependent glutamate synthase  54.55 
 
 
516 aa  103  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.806511 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0430  zinc finger CDGSH-type domain-containing protein  58.44 
 
 
79 aa  103  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2984  ferredoxin-dependent glutamate synthase  55.84 
 
 
516 aa  103  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3552  ferredoxin-dependent glutamate synthase  51.95 
 
 
516 aa  101  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3910  zinc finger CDGSH-type domain protein  60.81 
 
 
82 aa  98.2  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1903  glutamate synthase domain-containing protein  50.65 
 
 
515 aa  97.1  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0329367  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2606  hypothetical protein  54.05 
 
 
80 aa  97.1  8e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223152 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3227  ferredoxin-dependent glutamate synthase  52 
 
 
514 aa  93.6  8e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0957  zinc finger CDGSH-type domain protein  58.11 
 
 
81 aa  93.2  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.446917  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4778  cupin 2 domain-containing protein  48.72 
 
 
350 aa  91.3  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1679  zinc finger CDGSH-type domain protein  48.05 
 
 
79 aa  89  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1481  zinc finger CDGSH-type domain protein  50 
 
 
78 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000532674 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1518  Glutamate synthase (NADPH)  45.07 
 
 
518 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.532472  hitchhiker  0.00131604 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0862  hypothetical protein  46.75 
 
 
83 aa  82  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0041853  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2957  ferredoxin-dependent glutamate synthase  46.75 
 
 
510 aa  82  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0808  hypothetical protein  53.03 
 
 
98 aa  74.3  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1927  zinc finger CDGSH-type domain protein  52.38 
 
 
82 aa  73.6  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.138644  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0916  zinc finger CDGSH-type domain protein  51.52 
 
 
113 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0779  hypothetical protein  51.52 
 
 
90 aa  70.5  0.000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1168  zinc finger CDGSH-type domain protein  46.15 
 
 
77 aa  68.2  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000181861 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0104  zinc finger CDGSH-type domain protein  40.3 
 
 
74 aa  66.6  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000101684  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3093  zinc finger CDGSH-type domain protein  46.15 
 
 
76 aa  63.5  0.0000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193762  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2662  zinc finger CDGSH-type domain-containing protein  43.48 
 
 
74 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00723724  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0138  zinc finger CDGSH-type domain protein  40.91 
 
 
76 aa  60.8  0.000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0099  Zn-finger, CDGSH type  43.28 
 
 
77 aa  60.5  0.000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.15953  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1000  Zinc finger, CDGSH-type  40.58 
 
 
96 aa  59.3  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.68088  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1697  Zn-finger, CDGSH type  38.81 
 
 
93 aa  58.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.214083  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1219  zinc finger CDGSH-type domain-containing protein  39.13 
 
 
94 aa  56.6  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.273189  normal  0.107466 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0126  zinc finger CDGSH-type domain protein  36.23 
 
 
77 aa  53.9  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000192409  decreased coverage  0.000678625 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2298  hypothetical protein  32.58 
 
 
241 aa  41.2  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.561327 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0266  zinc finger CDGSH-type domain-containing protein  42.22 
 
 
68 aa  41.2  0.005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00519486  normal  0.318668 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0145  zinc finger CDGSH-type domain-containing protein  30.61 
 
 
236 aa  40.8  0.007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0355  Iron sulphur domain-containing, CDGSH-type  50 
 
 
72 aa  40.4  0.008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>