More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1908 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  600  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0281  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 307 aa  265  8.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 283 aa  204  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 283 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 283 aa  194  1e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 283 aa  192  5e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 283 aa  192  8e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 283 aa  191  9e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 283 aa  191  9e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 283 aa  191  9e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 283 aa  191  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 283 aa  188  8e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2056  HTH-type transcriptional regulator GltR  34.97 
 
 		 285 aa  187  3e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8516  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3308  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 288 aa  169  5e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 288 aa  169  5e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 288 aa  169  5e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 288 aa  165  8e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  35 
 
 		 292 aa  162  7e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2472  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.43 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2570  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3012  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  34.43 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.450438  hitchhiker  0.000703378 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2132  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.54811  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01483  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.76 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01494  hypothetical protein  32.76 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 292 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2139  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1628  putative LysR substrate binding domain  31.85 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1647  putative LysR substrate binding domain  31.85 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0636291  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1812  putative LysR substrate binding domain-containing protein  31.85 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1636  putative LysR substrate binding domain  32.06 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1695  putative LysR substrate binding domain  31.85 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.165039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0357  transcriptional regulator  32.98 
 
 		 286 aa  153  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.449267  unclonable  0.0000000664485 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3275  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0812122 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2004  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 292 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.079664 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3926  putative transcriptional regulator  32.33 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366969  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0280  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46170  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0324298 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2395  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.88 
 
 		 291 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0377245  normal  0.580313 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1680  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 293 aa  149  8e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  37.8 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1558  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  36.89 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2703  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 289 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.664835 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 290 aa  146  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2661  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.826395  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4564  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 276 aa  146  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.53731  normal  0.180488 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3152  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 288 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2562  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 288 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2893  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 288 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0897253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4525  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1385  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.134108  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 291 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45050  Transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 291 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3818  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2410  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 287 aa  139  6e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.975942  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0210  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 305 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 304 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2310  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4032  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660064  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 309 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0854  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.28 
 
 		 297 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1450  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55150  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000391017 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>