More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1780 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  630  1e-180  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  51.18 
 
 		 301 aa  333  2e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000622  transcriptional regulator  50 
 
 		 311 aa  333  2e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0670  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 312 aa  328  7e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 308 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  48.03 
 
 		 311 aa  326  2.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 304 aa  249  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 299 aa  249  5e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 312 aa  248  7e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  41.42 
 
 		 312 aa  247  1e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 324 aa  246  4e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3269  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 296 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 301 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  43.42 
 
 		 298 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 301 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  43.09 
 
 		 298 aa  242  6e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 293 aa  241  7e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 293 aa  241  7e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 324 aa  241  7.999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 301 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 301 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 301 aa  241  9e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  39.34 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5128  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 295 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 362 aa  240  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 301 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 301 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 301 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 301 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 333 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4174  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 293 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 301 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 307 aa  239  4e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 300 aa  239  5e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 314 aa  238  8e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 301 aa  238  8e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 300 aa  237  2e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 327 aa  236  3e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 313 aa  236  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 310 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 301 aa  235  6e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 313 aa  235  6e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 		 309 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 		 309 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 295 aa  235  7e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 300 aa  235  8e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  40.26 
 
 		 327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 555 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 298 aa  231  9e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 327 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  42.95 
 
 		 318 aa  230  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 317 aa  228  8e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 341 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 316 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 326 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.6 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 316 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 316 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 325 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 310 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 325 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  37.92 
 
 		 303 aa  224  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  39.87 
 
 		 309 aa  223  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 304 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 310 aa  223  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 310 aa  222  8e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.41 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 347 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 331 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 310 aa  219  6e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>