More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1769 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  609  1e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 306 aa  268  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  46.39 
 
 		 297 aa  265  8e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 297 aa  264  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  44.56 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 320 aa  262  6e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 297 aa  260  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 297 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 297 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  44.29 
 
 		 300 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 335 aa  249  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 297 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 297 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  43.94 
 
 		 300 aa  248  9e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 300 aa  248  1e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 342 aa  246  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  42.91 
 
 		 300 aa  239  5e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 312 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 300 aa  236  4e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 302 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 297 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 302 aa  231  9e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3521  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 298 aa  224  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.81702  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0736  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 298 aa  218  7.999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.54796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0518  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 304 aa  215  7e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3395  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 298 aa  215  7e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.56 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  41.55 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  40.56 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3593  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.480915  normal  0.520178 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3426  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0409161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 309 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3496  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.149256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 309 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3530  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.24524  normal  0.157223 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3558  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.755428 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3423  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4333  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 301 aa  212  5.999999999999999e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 309 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  0.000000000477709 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02974  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3403  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3580  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02925  hypothetical protein  39.86 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0596  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 298 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4420  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 298 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0786567 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0591  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3295  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  212  7.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 320 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.27656 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 316 aa  211  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1117  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  39.52 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0542  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 320 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0478  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.52 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 320 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 306 aa  209  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 359 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  39.79 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  39.79 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2629  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0897024  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  39.79 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  39.79 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  39.79 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0518  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05788  transcriptional regulator  37.84 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 306 aa  205  6e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1754  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 310 aa  203  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000500899  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1860  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178979  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.63 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000614587  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.63 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000280359  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.63 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000582492  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2573  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.922833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000157  transcriptional regulator LysR family  36.18 
 
 		 295 aa  202  5e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0204379  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.28 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2194  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.01 
 
 		 314 aa  202  6e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.431967  hitchhiker  0.00000655137 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2890  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 326 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.357452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.63 
 
 		 329 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000154279  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.24 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.24 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1788  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.59 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  0.0111658 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.24 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  0.000037985 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.28 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.84 
 
 		 300 aa  200  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000020853  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>