More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1457 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1457  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  624  1e-178  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1605  LysR family transcriptional regulator  72.88 
 
 		 295 aa  477  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.25782 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  63.61 
 
 		 299 aa  403  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0291  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  55.29 
 
 		 293 aa  364  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.58 
 
 		 309 aa  209  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 307 aa  193  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 335 aa  192  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  34.93 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 313 aa  188  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 298 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.99 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 299 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 294 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 299 aa  185  9e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  183  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 295 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 297 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 296 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 297 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 297 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 303 aa  181  9.000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.54 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.57 
 
 		 290 aa  180  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 298 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.74 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3197  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 289 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.88 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 298 aa  178  9e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 310 aa  177  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 292 aa  176  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1614  transcriptional regulator, LysR family protein  33.68 
 
 		 294 aa  177  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1984  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.74358  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0593  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 298 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  175  7e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 303 aa  175  7e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 310 aa  175  9e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 311 aa  175  9e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 289 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  31.82 
 
 		 289 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.74 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 319 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 316 aa  172  5e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>