More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1392 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
311 aa  644  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  66.88 
 
 
311 aa  457  1e-128  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  61.43 
 
 
302 aa  418  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  59.25 
 
 
320 aa  414  1e-115  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  48.4 
 
 
324 aa  324  2e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 
300 aa  288  8e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.69133e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 
301 aa  287  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 
305 aa  287  2e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 
305 aa  286  3e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  44.01 
 
 
309 aa  283  3e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 
308 aa  282  6e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  46.51 
 
 
307 aa  281  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1420  LysR family transcriptional regulator  58.33 
 
 
211 aa  281  1e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.770205  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  44.15 
 
 
308 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  3.18758e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 
310 aa  280  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 
319 aa  280  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  43.83 
 
 
309 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 
308 aa  278  7e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 
304 aa  276  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 
308 aa  273  2e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
307 aa  267  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  40.96 
 
 
299 aa  254  2e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
302 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
310 aa  247  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
323 aa  241  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
304 aa  234  1e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  39.18 
 
 
309 aa  233  2e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
299 aa  232  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  39.52 
 
 
307 aa  232  8e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.83 
 
 
307 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
306 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  38.28 
 
 
306 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
313 aa  225  6e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
302 aa  221  1e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 
304 aa  220  2e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 
304 aa  219  5e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
299 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
296 aa  215  9e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
309 aa  214  1e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 
307 aa  214  1e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
296 aa  213  3e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  35.97 
 
 
319 aa  213  4e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
323 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
307 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
304 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 
321 aa  200  2e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 
309 aa  197  1e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
354 aa  198  1e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.72 
 
 
311 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
309 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 
301 aa  195  8e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
296 aa  195  8e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
305 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 
331 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 
331 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
307 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
304 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
309 aa  192  9e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 
303 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
303 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
303 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
303 aa  186  6e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
310 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
299 aa  181  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3269  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
296 aa  179  6e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
310 aa  179  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
310 aa  178  9e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
310 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 
327 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
341 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
327 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
325 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
310 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01803  transcriptional regulator, LysR family protein  47.83 
 
 
175 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.290119  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
325 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
310 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
302 aa  176  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4174  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
293 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
304 aa  176  6e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5128  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
295 aa  175  1e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
293 aa  174  1e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
293 aa  174  1e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
310 aa  174  2e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
310 aa  174  2e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
310 aa  174  2e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
310 aa  174  2e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
310 aa  174  2e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
310 aa  174  2e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
295 aa  172  8e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.09 
 
 
306 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
310 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
302 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
305 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
301 aa  164  1e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
310 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
302 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
298 aa  164  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  31.83 
 
 
307 aa  163  4e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.29 
 
 
304 aa  163  4e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
307 aa  162  8e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>