More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1165 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  100 
 
 
328 aa  637    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1140  transport system permease protein  53.15 
 
 
340 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2163  transport system permease protein  45.14 
 
 
336 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  43.75 
 
 
351 aa  256  3e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  41.93 
 
 
385 aa  255  6e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  41.64 
 
 
364 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  41.55 
 
 
364 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  41.03 
 
 
375 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  43.67 
 
 
345 aa  249  4e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1034  iron-compound ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 
380 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0841  transport system permease protein  42.49 
 
 
382 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3181  transport system permease protein  42.49 
 
 
382 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0875  transport system permease protein  42.94 
 
 
368 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3279  transport system permease protein  41.48 
 
 
381 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0713  transport system permease protein  42.86 
 
 
347 aa  241  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3735  transport system permease protein  43.65 
 
 
376 aa  240  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.864655 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1117  transport system permease protein  45.02 
 
 
349 aa  236  3e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0761  iron-compound ABC transporter, permease protein  42.77 
 
 
347 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  41.3 
 
 
346 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  41.14 
 
 
340 aa  224  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  37.98 
 
 
336 aa  212  7e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5104  transport system permease protein  40.63 
 
 
347 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  42.45 
 
 
352 aa  210  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  40 
 
 
343 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  42.65 
 
 
341 aa  206  5e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  38.82 
 
 
332 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  34.92 
 
 
340 aa  202  5e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26360  putative permease of ABC transporter  40 
 
 
343 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0605  transport system permease protein  41.72 
 
 
340 aa  199  6e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  36.57 
 
 
340 aa  198  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0562  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  42.03 
 
 
348 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  37.65 
 
 
338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1425  iron(III) ABC transporter, permease protein  38.6 
 
 
335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.01036  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  39.51 
 
 
362 aa  193  4e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  37.85 
 
 
381 aa  192  6e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  38.1 
 
 
360 aa  192  6e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  41.87 
 
 
367 aa  190  2e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  35.37 
 
 
354 aa  190  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5018  ABC transporter membrane spanning protein (iron (III))  40 
 
 
327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  35.26 
 
 
369 aa  189  5.999999999999999e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  39.12 
 
 
338 aa  188  9e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  33.95 
 
 
337 aa  188  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  39.5 
 
 
361 aa  185  9e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  36.79 
 
 
330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  34.58 
 
 
357 aa  184  2.0000000000000003e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  36.16 
 
 
330 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  38.61 
 
 
351 aa  181  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  34.62 
 
 
357 aa  181  2e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  36.07 
 
 
334 aa  181  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  37.11 
 
 
353 aa  180  2.9999999999999997e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  36.11 
 
 
340 aa  179  4e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  38.51 
 
 
361 aa  179  4.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0173  transport system permease protein  38.81 
 
 
336 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.498895  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3190  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  38.49 
 
 
371 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1415  iron compound ABC transporter, permease protein  36.6 
 
 
366 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0185  transport system permease protein  38.37 
 
 
337 aa  179  7e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  34.35 
 
 
348 aa  178  9e-44  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  38.85 
 
 
347 aa  178  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2033  iron compound ABC transporter, permease protein  38.13 
 
 
352 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.409984  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1895  iron chelate ABC transporter permease protein  38.13 
 
 
352 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.273368  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3151  iron chelate ABC transporter permease protein  38.13 
 
 
371 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2715  iron chelate ABC transporter permease protein  38.13 
 
 
371 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0881  iron chelate ABC transporter permease protein  38.13 
 
 
371 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.626277  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3206  FecCD-family membrane transporter protein  38.13 
 
 
371 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0442  transport system permease protein  33.97 
 
 
356 aa  177  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.168478 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  38.3 
 
 
315 aa  177  2e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2770  transport system permease protein  37.89 
 
 
328 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169159  normal  0.12894 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  34.65 
 
 
348 aa  177  3e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2274  transport system permease protein  36.4 
 
 
346 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.687817  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  38.08 
 
 
346 aa  175  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  36.92 
 
 
350 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  34.18 
 
 
348 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1332  transport system permease protein  37.27 
 
 
346 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.200312 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  33.92 
 
 
350 aa  172  5e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  39.07 
 
 
350 aa  172  5.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  34.94 
 
 
348 aa  172  7.999999999999999e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0869  transport system permease protein  37.65 
 
 
346 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.911028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1350  transport system permease protein  37.65 
 
 
346 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  35.49 
 
 
370 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4492  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  36.67 
 
 
346 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476835  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  37.37 
 
 
346 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2266  transport system permease protein  37.22 
 
 
350 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  33.62 
 
 
346 aa  171  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  36.24 
 
 
361 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  34.49 
 
 
349 aa  170  3e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1720  hypothetical protein  38.11 
 
 
350 aa  170  3e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  37 
 
 
363 aa  170  3e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  36.59 
 
 
365 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4407  transport system permease protein  34.2 
 
 
376 aa  169  6e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.257397  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2321  transport system permease protein  36.01 
 
 
346 aa  169  7e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  34.29 
 
 
360 aa  169  8e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2233  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  35.17 
 
 
339 aa  167  2e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0722413  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  37.37 
 
 
347 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2248  transport system permease protein  39.76 
 
 
335 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  33.33 
 
 
344 aa  167  2e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  34.07 
 
 
344 aa  167  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  34.65 
 
 
330 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  33.57 
 
 
333 aa  167  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  40.07 
 
 
363 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0039  transport system permease protein  32.73 
 
 
336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00235157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>