More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0857 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  100 
 
 
378 aa  793    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  76.61 
 
 
371 aa  614  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.2 
 
 
383 aa  485  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.35 
 
 
379 aa  485  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.03 
 
 
382 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  59.35 
 
 
376 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.05 
 
 
384 aa  474  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  61.67 
 
 
370 aa  475  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  61.21 
 
 
381 aa  474  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.81 
 
 
376 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.97 
 
 
386 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  60.64 
 
 
389 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  60.93 
 
 
389 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  57.3 
 
 
373 aa  449  1e-125  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.47 
 
 
386 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2623  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  58.74 
 
 
385 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.81 
 
 
400 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.3 
 
 
380 aa  439  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2098  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.52 
 
 
400 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.456256  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6512  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  56.73 
 
 
405 aa  434  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.397453  normal  0.0847554 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.65 
 
 
389 aa  427  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4038  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.94 
 
 
370 aa  425  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107289  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.26 
 
 
407 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.27 
 
 
397 aa  420  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.27 
 
 
375 aa  417  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5162  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.87 
 
 
379 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.426022 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.87 
 
 
379 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.384282  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5119  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.87 
 
 
379 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5901  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.76 
 
 
374 aa  413  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.630073 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6168  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  52.08 
 
 
374 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0169631  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5965  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.02 
 
 
387 aa  403  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0233125 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  55.13 
 
 
414 aa  403  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3053  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  53.56 
 
 
385 aa  397  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  51.53 
 
 
381 aa  397  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0248  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  54.4 
 
 
386 aa  397  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239329 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  52.55 
 
 
370 aa  373  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.47 
 
 
368 aa  363  3e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2175  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  50.45 
 
 
350 aa  358  9.999999999999999e-98  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.842186  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.81 
 
 
395 aa  350  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.8 
 
 
373 aa  348  1e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0883  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.76 
 
 
399 aa  347  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2359  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.48 
 
 
378 aa  347  3e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.58 
 
 
375 aa  346  4e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.09 
 
 
389 aa  343  2e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6304  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.93 
 
 
398 aa  342  7e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0848  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.9 
 
 
371 aa  339  4e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.65 
 
 
373 aa  335  7e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.74 
 
 
372 aa  333  4e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.150744  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1799  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.43 
 
 
391 aa  331  1e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.125674  normal  0.916048 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.65 
 
 
392 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  47.23 
 
 
414 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3319  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  48.02 
 
 
381 aa  328  1.0000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.328193 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2153  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.49 
 
 
384 aa  326  5e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.666004  normal  0.11423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1817  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.49 
 
 
384 aa  326  5e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1769  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.57 
 
 
384 aa  325  1e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5988  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  46.13 
 
 
379 aa  323  4e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257809  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0790  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.29 
 
 
380 aa  320  3e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2446  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.29 
 
 
380 aa  319  6e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.121554  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5768  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.24 
 
 
379 aa  317  3e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal  0.949586 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  45.1 
 
 
372 aa  316  5e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  44.01 
 
 
380 aa  316  5e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0516  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  42.97 
 
 
381 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1588  Radical SAM domain protein  28.93 
 
 
361 aa  151  2e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.362725  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  27.56 
 
 
346 aa  142  8e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  27.68 
 
 
358 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  25.93 
 
 
349 aa  130  3e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  27.35 
 
 
347 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.82 
 
 
397 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  25.82 
 
 
418 aa  123  6e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  25.78 
 
 
359 aa  123  7e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  27.86 
 
 
380 aa  122  8e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  27.35 
 
 
429 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  27.81 
 
 
381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  26.63 
 
 
414 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  24.74 
 
 
496 aa  120  3e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  26.26 
 
 
363 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  25.14 
 
 
405 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0350  radical SAM domain-containing protein  30.95 
 
 
359 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.156548  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  23.45 
 
 
479 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 
372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  25.84 
 
 
377 aa  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  25.57 
 
 
501 aa  114  3e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1091  MoaA/NifB/PqqE family protein  29.04 
 
 
379 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  25.91 
 
 
428 aa  113  5e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  26.89 
 
 
356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  27.09 
 
 
364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  26.14 
 
 
325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  24.09 
 
 
480 aa  110  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0938  radical SAM family Fe-S protein  28.32 
 
 
381 aa  110  3e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000426541  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  24.93 
 
 
561 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  26.3 
 
 
327 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  24.36 
 
 
399 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  24.4 
 
 
384 aa  108  2e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 
398 aa  106  5e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  23.87 
 
 
337 aa  106  9e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  26.3 
 
 
391 aa  105  1e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  24.46 
 
 
391 aa  105  1e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1987  radical SAM family protein  25.22 
 
 
373 aa  104  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0568355  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1880  Radical SAM domain protein  25.14 
 
 
359 aa  104  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0122  Radical SAM domain protein  33.2 
 
 
344 aa  104  3e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>