More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0816 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
289 aa  599  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  81.25 
 
 
295 aa  501  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  72.92 
 
 
288 aa  473  1e-132  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  72.92 
 
 
288 aa  470  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  69.31 
 
 
298 aa  441  1e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  66.32 
 
 
298 aa  424  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  65.14 
 
 
289 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  66.2 
 
 
289 aa  409  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  64.71 
 
 
289 aa  410  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  63.32 
 
 
292 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  64.01 
 
 
289 aa  404  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  61.94 
 
 
290 aa  392  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 
292 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  62.5 
 
 
292 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  61.94 
 
 
292 aa  390  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 
292 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  62.15 
 
 
288 aa  387  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  62.15 
 
 
292 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  60.92 
 
 
302 aa  384  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  60.55 
 
 
291 aa  383  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  59.86 
 
 
289 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  60.55 
 
 
293 aa  381  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  60.21 
 
 
293 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  60.55 
 
 
293 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  55.71 
 
 
289 aa  368  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  55.71 
 
 
289 aa  369  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  57.44 
 
 
290 aa  361  6e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  56.45 
 
 
290 aa  354  7.999999999999999e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 
304 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  49.3 
 
 
302 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  48.94 
 
 
302 aa  318  5e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
298 aa  318  5e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  49.29 
 
 
298 aa  317  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  49.29 
 
 
298 aa  315  5e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  50.35 
 
 
298 aa  315  7e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 
298 aa  314  8e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  49.29 
 
 
298 aa  314  9e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50 
 
 
298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  47.22 
 
 
300 aa  302  3.0000000000000004e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  46.18 
 
 
292 aa  291  6e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 
290 aa  279  4e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
326 aa  261  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 
295 aa  251  7e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 
335 aa  231  8.000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
298 aa  231  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
295 aa  225  8e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
295 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
299 aa  221  8e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
301 aa  221  8e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.63 
 
 
293 aa  221  8e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
305 aa  221  8e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
296 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
298 aa  219  3e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 
300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  40.36 
 
 
300 aa  218  7e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
301 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
301 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
298 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
301 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
303 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
301 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
301 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
307 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
296 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
293 aa  215  5e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.64 
 
 
305 aa  215  5.9999999999999996e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
298 aa  215  7e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
294 aa  214  9e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
300 aa  215  9e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.68 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
294 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
294 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 
298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
296 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 
297 aa  211  7.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 
300 aa  211  7.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
303 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
301 aa  211  9e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
300 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
300 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.27 
 
 
302 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
300 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
300 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
295 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
300 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
327 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
327 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
327 aa  210  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
301 aa  210  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
291 aa  210  2e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 
293 aa  211  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  38.73 
 
 
307 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
300 aa  210  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
313 aa  209  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>