More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0798 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
299 aa  615  1e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
307 aa  248  1e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 
303 aa  240  2e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
325 aa  194  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
300 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
299 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 
296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
300 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
328 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 
301 aa  169  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
309 aa  168  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  34.97 
 
 
298 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
299 aa  166  5e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 
298 aa  163  3e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 
298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
295 aa  161  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 
299 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
305 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 
298 aa  152  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 
299 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
302 aa  148  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  34.36 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  33.9 
 
 
300 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
306 aa  143  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
301 aa  142  9e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
301 aa  142  9e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
293 aa  142  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
297 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
293 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
297 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
318 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
313 aa  135  7.000000000000001e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.19 
 
 
295 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
293 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
290 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 
294 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
318 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 
296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
294 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 
332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 
294 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 
300 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
304 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
290 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
291 aa  122  9e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 
334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 
313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
297 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
301 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
300 aa  119  9e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  28.16 
 
 
288 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 
313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
283 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.48 
 
 
289 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 
307 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
319 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 
322 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5963  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 
297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0185947 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1452  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 
297 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 
315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 
316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4156  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 
290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.638472 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  29.45 
 
 
297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1559  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 
152 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2385  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
289 aa  113  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0716599  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1363  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 
152 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  31.49 
 
 
302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1154  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 
313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
296 aa  113  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
289 aa  112  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  27.37 
 
 
317 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
295 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1222  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 
296 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1093  LysR substrate-binding  30.17 
 
 
296 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
291 aa  112  8.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
307 aa  112  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 
297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2557  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.748722  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 
306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>