More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0452 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  100 
 
 
451 aa  926    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2232  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.84 
 
 
697 aa  236  6e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00504018  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2155  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.84 
 
 
697 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000675126  normal  0.0795671 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  40.07 
 
 
321 aa  210  5e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  36.77 
 
 
548 aa  196  8.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  29.38 
 
 
1037 aa  182  1e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.05 
 
 
578 aa  179  1e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.73 
 
 
710 aa  178  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.29 
 
 
842 aa  175  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.256561  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30 
 
 
827 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.93 
 
 
730 aa  170  6e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.14 
 
 
1078 aa  168  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  37.02 
 
 
312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.8 
 
 
424 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.37 
 
 
881 aa  167  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.702942  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0300  sensory box/GGDEF family protein  36.99 
 
 
321 aa  167  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.759411  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.58 
 
 
853 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  33.54 
 
 
350 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.07 
 
 
642 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.28 
 
 
719 aa  160  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357603 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.79 
 
 
419 aa  161  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.57 
 
 
730 aa  160  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.735464 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  30.84 
 
 
428 aa  160  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.57 
 
 
324 aa  159  9e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.43 
 
 
625 aa  159  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  33 
 
 
329 aa  159  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  31.41 
 
 
492 aa  159  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.34 
 
 
628 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3623  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.97 
 
 
583 aa  158  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0877329 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.16 
 
 
309 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  34.19 
 
 
345 aa  156  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.49 
 
 
305 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.45 
 
 
843 aa  154  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  31.02 
 
 
323 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.55 
 
 
317 aa  154  2e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.85 
 
 
423 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.16 
 
 
921 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.227976  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  27.58 
 
 
796 aa  154  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  30.28 
 
 
1000 aa  154  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.51 
 
 
769 aa  153  5e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.5 
 
 
921 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.51 
 
 
308 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.04 
 
 
717 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.049586 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.51 
 
 
308 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  30.56 
 
 
323 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1569  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.67 
 
 
839 aa  152  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.1217  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44 
 
 
324 aa  151  3e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.5 
 
 
921 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.32 
 
 
328 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.5 
 
 
921 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.600674 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  32.12 
 
 
659 aa  149  7e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4307  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.56 
 
 
327 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  45.56 
 
 
487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.24 
 
 
772 aa  148  2.0000000000000003e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  29.36 
 
 
323 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.94 
 
 
814 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202889  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  45.61 
 
 
295 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  34.71 
 
 
321 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  34.59 
 
 
318 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.35 
 
 
308 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.79 
 
 
328 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.33 
 
 
307 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.79 
 
 
342 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1205  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.77 
 
 
307 aa  147  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.618681  normal  0.182798 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  31.14 
 
 
292 aa  147  5e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.35 
 
 
314 aa  147  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.79 
 
 
342 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  32.48 
 
 
525 aa  146  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.61 
 
 
796 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.58 
 
 
792 aa  146  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.98 
 
 
704 aa  146  9e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.76 
 
 
572 aa  146  9e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.47 
 
 
464 aa  145  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.9 
 
 
646 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  31.21 
 
 
525 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.78 
 
 
317 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  32.02 
 
 
418 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  44.19 
 
 
611 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.27 
 
 
322 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  44 
 
 
764 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  44 
 
 
764 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  44 
 
 
764 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  32.54 
 
 
325 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.78 
 
 
317 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  29.68 
 
 
297 aa  144  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3389  sensory box protein  27.49 
 
 
879 aa  144  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
612 aa  144  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.85 
 
 
951 aa  144  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  43.33 
 
 
331 aa  144  3e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.89 
 
 
878 aa  144  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.02 
 
 
531 aa  144  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.39 
 
 
796 aa  144  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4048  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.19 
 
 
739 aa  143  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.86 
 
 
698 aa  143  5e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  44.64 
 
 
381 aa  143  5e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 
322 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.99 
 
 
1047 aa  143  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0327995  normal  0.497822 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 
322 aa  143  7e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1160  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.89 
 
 
878 aa  143  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  31.02 
 
 
476 aa  143  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>