More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1976 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2265  DNA primase  98.49 
 
 
595 aa  1191  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0225159  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1976  DNA primase  100 
 
 
595 aa  1206  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00122543  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0896  DNA primase  45.19 
 
 
600 aa  447  1e-124  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0540  DNA primase  49.42 
 
 
604 aa  428  1e-118  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00398394  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  47.38 
 
 
595 aa  392  1e-107  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  44.14 
 
 
599 aa  378  1e-103  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2415  DNA primase  37.54 
 
 
601 aa  371  1e-101  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000695065  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  44.84 
 
 
605 aa  369  1e-101  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0977  DNA primase  42.24 
 
 
619 aa  353  6e-96  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0491  DNA primase  49.32 
 
 
599 aa  352  1e-95  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.34781  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1214  DNA primase  34.34 
 
 
626 aa  350  4e-95  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.008506  normal  0.015083 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4217  DNA primase  42.12 
 
 
614 aa  348  2e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.25747e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4033  DNA primase  40.09 
 
 
598 aa  345  1e-93  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0023967  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3037  DNA primase  37.36 
 
 
599 aa  345  1e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.735679 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4374  DNA primase  39.86 
 
 
571 aa  344  2e-93  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  2.15576e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4427  DNA primase  39.86 
 
 
598 aa  344  3e-93  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  9.94887e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4315  DNA primase  39.86 
 
 
598 aa  344  3e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.07467e-58 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4195  DNA primase  39.86 
 
 
598 aa  344  3e-93  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0980784  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4516  DNA primase  39.86 
 
 
598 aa  344  3e-93  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00440133  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4043  DNA primase  39.86 
 
 
598 aa  344  3e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1034  DNA primase  39.05 
 
 
598 aa  343  4e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0826  DNA primase  39.86 
 
 
598 aa  343  6e-93  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.25124e-06  decreased coverage  1.52163e-21 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  43.43 
 
 
593 aa  343  7e-93  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4410  DNA primase  39.86 
 
 
598 aa  342  9e-93  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000156307  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4145  DNA primase  39.21 
 
 
600 aa  342  1e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00903359  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2153  DNA primase  40.97 
 
 
613 aa  342  1e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3020  DNA primase  40.72 
 
 
598 aa  339  9e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245497  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1136  DNA primase  44.23 
 
 
544 aa  335  1e-90  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  1.06361e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1978  DNA primase  33.05 
 
 
601 aa  333  6e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0315  DNA primase  38.82 
 
 
655 aa  332  1e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0712  DNA primase  38.94 
 
 
617 aa  331  3e-89  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  46.22 
 
 
660 aa  329  8e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  46.36 
 
 
660 aa  328  2e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  45.82 
 
 
638 aa  326  9e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  46.22 
 
 
660 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1042  DNA primase  39.28 
 
 
666 aa  325  1e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.118792  normal  0.884554 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  45.95 
 
 
660 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  45.82 
 
 
655 aa  324  4e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3522  DNA primase  42.17 
 
 
596 aa  323  6e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884792  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1605  DNA primase  38.7 
 
 
676 aa  322  1e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  44.2 
 
 
663 aa  321  2e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  43.32 
 
 
611 aa  321  3e-86  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1213  DNA primase  39.36 
 
 
601 aa  318  1e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.140428 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  45.28 
 
 
652 aa  319  1e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  45.28 
 
 
651 aa  318  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  34.82 
 
 
613 aa  318  2e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  38.54 
 
 
582 aa  317  3e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.22663e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  38.54 
 
 
582 aa  317  3e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  9.55759e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  39.6 
 
 
664 aa  317  3e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  38.54 
 
 
582 aa  317  3e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  1.95537e-10  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3096  DNA primase  38.93 
 
 
660 aa  317  4e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4335  DNA primase  37.7 
 
 
585 aa  317  5e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0997  DNA primase  42.82 
 
 
601 aa  316  7e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.941593  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1835  DNA primase  38.9 
 
 
623 aa  316  8e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4048  DNA primase  38.44 
 
 
587 aa  316  9e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.211802  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3050  DNA primase  36.56 
 
 
584 aa  315  1e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.233907  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2463  Fis family transcriptional regulator  41.78 
 
 
604 aa  315  1e-84  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0044  DNA primase  38.57 
 
 
574 aa  315  1e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.723286  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1589  DNA primase  39.02 
 
 
633 aa  315  2e-84  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.567407  normal  0.0206676 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  44.47 
 
 
663 aa  315  2e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3090  DNA primase  40.1 
 
 
587 aa  315  2e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2517  DNA primase  39.37 
 
 
617 aa  315  2e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.986794  normal  0.570872 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0394  DNA primase  39.32 
 
 
588 aa  315  2e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3695  DNA primase  37.2 
 
 
583 aa  314  3e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0548  DNA primase  40.33 
 
 
660 aa  314  3e-84  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00859761  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0824  DNA primase  43.78 
 
 
576 aa  313  6e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0132507  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  40.67 
 
 
656 aa  312  1e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0552  DNA primase  37.44 
 
 
590 aa  312  1e-83  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  37.56 
 
 
582 aa  312  1e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2944  DNA primase  41.63 
 
 
591 aa  311  2e-83  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0197074  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  41.73 
 
 
574 aa  311  3e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  41.46 
 
 
574 aa  310  4e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  41.46 
 
 
574 aa  310  4e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  41.73 
 
 
574 aa  310  4e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0959  DNA primase  42.28 
 
 
576 aa  310  4e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  9.4448e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1175  DNA primase  35.89 
 
 
682 aa  310  5e-83  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  decreased coverage  0.00198747  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2058  DNA primase  39.09 
 
 
592 aa  310  7e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.507155  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1699  DNA primase  40.29 
 
 
645 aa  309  1e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2995  DNA primase  42.28 
 
 
575 aa  309  1e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0193814  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2907  DNA primase  41.19 
 
 
574 aa  308  1e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000550507  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0602  DNA primase  32.96 
 
 
636 aa  308  1e-82  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0527  DNA primase  35.48 
 
 
588 aa  308  2e-82  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00124146  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1105  DNA primase  41.19 
 
 
574 aa  308  2e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  7.82839e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  38.05 
 
 
581 aa  308  2e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.65097e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1154  DNA primase  40.9 
 
 
575 aa  308  2e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000263916  normal  0.0506591 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3790  DNA primase  36.84 
 
 
582 aa  308  2e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  37.56 
 
 
584 aa  307  3e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_492  DNA primase  36.97 
 
 
590 aa  307  3e-82  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0123236  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1295  DNA primase  40.47 
 
 
686 aa  306  5e-82  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.830099  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0256  DNA primase  36.41 
 
 
652 aa  306  6e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.230248  normal  0.131007 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  37.8 
 
 
581 aa  306  7e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.06976e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  37.8 
 
 
581 aa  306  7e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  2.2434e-06  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  37.8 
 
 
581 aa  306  7e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  37.8 
 
 
581 aa  306  7e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  4.92318e-09  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  37.8 
 
 
581 aa  306  7e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.61356e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  37.8 
 
 
581 aa  306  7e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1145  DNA primase  41.18 
 
 
574 aa  306  9e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  5.53498e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1100  DNA primase  39.85 
 
 
614 aa  305  1e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0276  DNA primase  38.71 
 
 
660 aa  305  1e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.121752  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3400  DNA primase  37.74 
 
 
581 aa  305  2e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0281118  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>