More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1914 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2203  Holliday junction DNA helicase RuvB  99.71 
 
 
346 aa  693    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1914  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
346 aa  696    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.881397  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1348  Holliday junction DNA helicase RuvB  68 
 
 
335 aa  439  9.999999999999999e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000729469  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1662  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.47 
 
 
344 aa  436  1e-121  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.280554  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1334  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.91 
 
 
336 aa  436  1e-121  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00146189  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2521  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.28 
 
 
333 aa  434  1e-121  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000139422  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0182  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.28 
 
 
330 aa  434  1e-121  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.107724  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4505  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.61 
 
 
333 aa  432  1e-120  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00121958  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4554  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.61 
 
 
333 aa  432  1e-120  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00514849  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4315  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.3 
 
 
336 aa  432  1e-120  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0417721  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4153  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.3 
 
 
336 aa  431  1e-120  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000576232  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4164  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.3 
 
 
336 aa  431  1e-120  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000669292  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0746  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.93 
 
 
338 aa  432  1e-120  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0364799  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12310  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.64 
 
 
342 aa  431  1e-120  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0273996  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4650  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.3 
 
 
333 aa  432  1e-120  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000830982  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1700  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.95 
 
 
336 aa  432  1e-120  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.979156 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.83 
 
 
338 aa  429  1e-119  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1116  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.73 
 
 
338 aa  431  1e-119  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.848994  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4539  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.3 
 
 
333 aa  430  1e-119  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000348871  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3316  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.42 
 
 
337 aa  428  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1111  Holliday junction DNA helicase RuvB  63 
 
 
336 aa  431  1e-119  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000117425  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2145  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.79 
 
 
334 aa  429  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4267  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.61 
 
 
333 aa  430  1e-119  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000359024  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0696  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.61 
 
 
333 aa  431  1e-119  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000306713  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3137  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.61 
 
 
333 aa  430  1e-119  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000701371  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4500  Holliday junction DNA helicase RuvA  63.3 
 
 
541 aa  431  1e-119  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000049576 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2143  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.01 
 
 
334 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000101223  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  63 
 
 
338 aa  424  1e-118  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3625  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.58 
 
 
348 aa  427  1e-118  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.528643  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1431  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.83 
 
 
344 aa  427  1e-118  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000941483  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.11 
 
 
337 aa  426  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2776  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.79 
 
 
334 aa  426  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00115584  normal  0.033156 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2321  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.38 
 
 
338 aa  426  1e-118  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0801363  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.11 
 
 
338 aa  425  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2420  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.01 
 
 
334 aa  426  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00322281  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2030  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.01 
 
 
334 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000959876  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0376  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.77 
 
 
357 aa  423  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.16 
 
 
354 aa  422  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1534  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.35 
 
 
336 aa  423  1e-117  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1449  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.04 
 
 
336 aa  423  1e-117  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0868  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.03 
 
 
350 aa  423  1e-117  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.281028  normal  0.0371389 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2254  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.64 
 
 
336 aa  422  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.442395  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1820  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.18 
 
 
336 aa  421  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0486722  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.77 
 
 
355 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0391  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.77 
 
 
357 aa  423  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.234892  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1796  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  62.77 
 
 
341 aa  421  1e-117  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000827733 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.47 
 
 
363 aa  422  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1957  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.49 
 
 
334 aa  421  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0904224  normal  0.777155 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0927  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.61 
 
 
333 aa  422  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1454  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.5 
 
 
338 aa  424  1e-117  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00617754  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0500  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.47 
 
 
357 aa  418  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.951437  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.49 
 
 
334 aa  418  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2104  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.88 
 
 
334 aa  421  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2338  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.02 
 
 
341 aa  420  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1230  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.2 
 
 
336 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0225142  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.43 
 
 
336 aa  421  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07050  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  61.11 
 
 
346 aa  417  1e-116  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0259708  normal  0.32105 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.2 
 
 
336 aa  418  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1902  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.49 
 
 
334 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000022467  hitchhiker  0.0000432146 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2076  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.49 
 
 
334 aa  420  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000131363  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2571  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.59 
 
 
338 aa  418  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.011868  hitchhiker  0.00180359 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2048  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.2 
 
 
336 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0993  Holliday junction DNA helicase RuvB  63 
 
 
339 aa  420  1e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0776035  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1354  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.2 
 
 
336 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473129 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01831  Holliday junction DNA helicase B  58.9 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.144977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.9 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2108  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.9 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.279118 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0905  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.42 
 
 
335 aa  415  9.999999999999999e-116  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1223  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.43 
 
 
345 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01819  hypothetical protein  58.9 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1772  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.9 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0145511  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1953  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.9 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.128474  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2053  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.9 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0123486  normal  0.169016 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2425  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.71 
 
 
347 aa  415  9.999999999999999e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0803389 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2034  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.89 
 
 
338 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0438556  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.9 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2295  Holliday junction DNA helicase RuvB  57.85 
 
 
354 aa  417  9.999999999999999e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.697474  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1326  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.9 
 
 
336 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442858  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2362  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.47 
 
 
337 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00859369  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.88 
 
 
334 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.27 
 
 
334 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.76 
 
 
343 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.9 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2117  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.15 
 
 
337 aa  412  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.58 
 
 
358 aa  412  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0483  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.9 
 
 
352 aa  414  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3407  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.19 
 
 
356 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1731  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.28 
 
 
334 aa  413  1e-114  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.707795  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.69 
 
 
334 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1436  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.45 
 
 
334 aa  413  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000380468  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.24 
 
 
345 aa  414  1e-114  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1848  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.9 
 
 
350 aa  413  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.9139  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.26 
 
 
355 aa  411  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.110252 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2234  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.41 
 
 
353 aa  413  1e-114  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0607  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.19 
 
 
354 aa  413  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.655719 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2419  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.69 
 
 
334 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000499721  normal  0.0284883 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2532  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.19 
 
 
356 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1128  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.19 
 
 
356 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3366  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.19 
 
 
356 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2075  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.64 
 
 
337 aa  413  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>