More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1603 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  100 
 
 
310 aa  617  1e-176  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  6.77641e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  97.74 
 
 
310 aa  598  1e-170  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  46 
 
 
308 aa  270  3e-71  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  2.34776e-14 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  48.68 
 
 
340 aa  268  7e-71  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  44.93 
 
 
307 aa  264  1e-69  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  4.22627e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  46.1 
 
 
307 aa  263  2e-69  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  1.50833e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  44.59 
 
 
304 aa  252  6e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  44.59 
 
 
304 aa  252  6e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  44.44 
 
 
307 aa  248  8e-65  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  43.33 
 
 
308 aa  246  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  43.33 
 
 
308 aa  246  3e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  43.33 
 
 
308 aa  246  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  44.44 
 
 
308 aa  244  1e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  43.71 
 
 
305 aa  239  4e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  40.72 
 
 
310 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  39.6 
 
 
308 aa  236  5e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  40.72 
 
 
312 aa  235  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  42.21 
 
 
308 aa  235  8e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  44.08 
 
 
305 aa  234  1e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  41.35 
 
 
317 aa  234  1e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  39.27 
 
 
308 aa  233  2e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  41.72 
 
 
307 aa  234  2e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  42.72 
 
 
305 aa  232  5e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  39.87 
 
 
302 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  40.92 
 
 
306 aa  232  6e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  40.58 
 
 
308 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  39.74 
 
 
308 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  38.36 
 
 
309 aa  230  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  39.61 
 
 
308 aa  230  3e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  44.55 
 
 
303 aa  229  6e-59  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  43.33 
 
 
299 aa  229  6e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  42.24 
 
 
309 aa  228  9e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  43 
 
 
309 aa  228  9e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  40.46 
 
 
302 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  41.33 
 
 
318 aa  226  4e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  8.86041e-07 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  42.67 
 
 
309 aa  226  5e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  42.67 
 
 
309 aa  226  5e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  42.67 
 
 
309 aa  226  5e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  42.67 
 
 
309 aa  225  6e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  45.72 
 
 
304 aa  225  6e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  42.67 
 
 
314 aa  225  6e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  42.67 
 
 
309 aa  225  6e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  39.67 
 
 
303 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  42.67 
 
 
309 aa  225  6e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  42.67 
 
 
314 aa  225  7e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  40.13 
 
 
302 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  38 
 
 
315 aa  225  9e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  43.23 
 
 
306 aa  225  9e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  39.67 
 
 
303 aa  225  9e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  39.67 
 
 
303 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  39.67 
 
 
303 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  39.02 
 
 
311 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  40 
 
 
310 aa  224  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  41.31 
 
 
308 aa  223  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  39.02 
 
 
311 aa  221  9e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  39.02 
 
 
311 aa  221  9e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  40.13 
 
 
302 aa  221  1e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  39.46 
 
 
305 aa  220  2e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  39.29 
 
 
304 aa  220  2e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  38.03 
 
 
303 aa  219  5e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  41.64 
 
 
303 aa  218  9e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  39.4 
 
 
305 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  39.59 
 
 
295 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  41.47 
 
 
309 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  41.47 
 
 
309 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  41.47 
 
 
309 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  41.47 
 
 
309 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  40.13 
 
 
309 aa  216  3e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  41.47 
 
 
309 aa  216  3e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  40.67 
 
 
309 aa  216  3e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  41.61 
 
 
313 aa  216  5e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  40.33 
 
 
309 aa  215  8e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  41.42 
 
 
301 aa  214  2e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  45.07 
 
 
311 aa  213  2e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  40.2 
 
 
302 aa  214  2e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  9.42042e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  40.98 
 
 
303 aa  214  2e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  40.98 
 
 
303 aa  214  2e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  38.36 
 
 
301 aa  213  4e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  39.87 
 
 
403 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  42.19 
 
 
314 aa  210  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  39.8 
 
 
306 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  40.2 
 
 
310 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  42.12 
 
 
424 aa  208  8e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  40.61 
 
 
297 aa  208  9e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1858  ribokinase  40.59 
 
 
324 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  36.93 
 
 
302 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  42.52 
 
 
290 aa  206  3e-52  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  40.85 
 
 
308 aa  206  4e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  38 
 
 
321 aa  205  8e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1871  ribokinase  40.59 
 
 
324 aa  205  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.215166  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  41.3 
 
 
403 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  41.39 
 
 
308 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  37.33 
 
 
321 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  40.75 
 
 
398 aa  203  3e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  38.87 
 
 
302 aa  202  4e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  40.54 
 
 
310 aa  202  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04400  sugar kinase, ribokinase  38.94 
 
 
305 aa  202  8e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.736771 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  39.48 
 
 
308 aa  200  2e-50  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7361  ribokinase  38.83 
 
 
308 aa  199  7e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  37.01 
 
 
302 aa  197  2e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>