More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1538 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  95.82 
 
 
359 aa  691    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  100 
 
 
359 aa  720    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  50.28 
 
 
355 aa  355  8.999999999999999e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  51.32 
 
 
372 aa  348  1e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  51.03 
 
 
374 aa  345  6e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  52.77 
 
 
378 aa  343  2e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  49.57 
 
 
378 aa  342  4e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  49.57 
 
 
378 aa  342  4e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  50.85 
 
 
371 aa  341  1e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  50 
 
 
363 aa  340  2.9999999999999998e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  50.28 
 
 
365 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  48.46 
 
 
359 aa  333  4e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  51.03 
 
 
363 aa  332  8e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  50.29 
 
 
358 aa  330  2e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  50.74 
 
 
360 aa  330  2e-89  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  48.03 
 
 
359 aa  328  1.0000000000000001e-88  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  46.78 
 
 
373 aa  325  6e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  49.57 
 
 
385 aa  323  3e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  45.96 
 
 
380 aa  323  3e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  45.14 
 
 
356 aa  323  3e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  50.45 
 
 
353 aa  321  9.999999999999999e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  46.74 
 
 
375 aa  318  7.999999999999999e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  47.23 
 
 
369 aa  318  1e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  47.09 
 
 
364 aa  316  5e-85  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  48.16 
 
 
354 aa  312  4.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  46.22 
 
 
359 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  44.74 
 
 
356 aa  308  1.0000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  44.74 
 
 
356 aa  308  1.0000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  44.51 
 
 
396 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  42.98 
 
 
360 aa  305  7e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  45.29 
 
 
381 aa  305  1.0000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  47.61 
 
 
373 aa  304  1.0000000000000001e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  47.79 
 
 
378 aa  302  7.000000000000001e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  43.86 
 
 
356 aa  301  1e-80  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  46.82 
 
 
371 aa  299  4e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  46.29 
 
 
376 aa  299  6e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  43.85 
 
 
367 aa  298  8e-80  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  45.61 
 
 
389 aa  294  1e-78  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  46.38 
 
 
364 aa  295  1e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  45.33 
 
 
358 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  48.66 
 
 
359 aa  294  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  48.97 
 
 
368 aa  293  3e-78  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  45.33 
 
 
358 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  43.78 
 
 
360 aa  293  3e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  45.33 
 
 
358 aa  293  4e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  45.04 
 
 
358 aa  291  9e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  43.94 
 
 
357 aa  291  2e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  43.25 
 
 
352 aa  289  4e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  43.8 
 
 
359 aa  289  6e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  43.8 
 
 
359 aa  288  7e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  43.8 
 
 
359 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  47.83 
 
 
353 aa  286  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  44.85 
 
 
355 aa  286  4e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0927  DNA polymerase IV  43.82 
 
 
352 aa  286  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  45.35 
 
 
364 aa  285  7e-76  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  43.47 
 
 
358 aa  285  8e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  44.69 
 
 
358 aa  285  1.0000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  44.2 
 
 
355 aa  283  4.0000000000000003e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  43.1 
 
 
358 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  44 
 
 
357 aa  281  2e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  44.16 
 
 
379 aa  281  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  41.62 
 
 
357 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  41.35 
 
 
362 aa  280  3e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  43.11 
 
 
352 aa  280  3e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  41.45 
 
 
369 aa  278  8e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  43.1 
 
 
351 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  44.12 
 
 
353 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  41.08 
 
 
357 aa  276  3e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  42.15 
 
 
352 aa  276  3e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  42.82 
 
 
351 aa  276  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  42.82 
 
 
351 aa  276  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  44.25 
 
 
355 aa  275  6e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  43.82 
 
 
354 aa  275  7e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  43.7 
 
 
399 aa  275  8e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  39.72 
 
 
393 aa  275  1.0000000000000001e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  42.33 
 
 
359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  44.63 
 
 
354 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  41.64 
 
 
379 aa  273  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  42.54 
 
 
351 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0460  DNA polymerase IV  45.3 
 
 
356 aa  273  3e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  42.54 
 
 
351 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  43.7 
 
 
357 aa  273  4.0000000000000004e-72  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002716  DNA polymerase IV  42.08 
 
 
356 aa  272  6e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  40.96 
 
 
429 aa  272  7e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0931  DNA polymerase IV  41.78 
 
 
353 aa  272  7e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.643762  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  41.08 
 
 
392 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  39.73 
 
 
405 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  43.36 
 
 
425 aa  270  2e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03264  DNA polymerase IV  41.8 
 
 
372 aa  270  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  41.3 
 
 
354 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  42.37 
 
 
418 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  42.37 
 
 
418 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  40.51 
 
 
406 aa  269  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  41.94 
 
 
354 aa  269  5e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  42.35 
 
 
353 aa  269  5e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  43.73 
 
 
349 aa  269  5e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  40.74 
 
 
466 aa  269  5.9999999999999995e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  40.51 
 
 
404 aa  269  7e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  40.51 
 
 
400 aa  269  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  40.51 
 
 
400 aa  269  7e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>