36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1361 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_1361  TrkA domain-containing protein  100 
 
 
208 aa  415  1e-115  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00515151  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1615  TrkA domain-containing protein  99.04 
 
 
208 aa  411  1e-114  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0410032  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2589  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
206 aa  180  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1200  TrkA domain-containing protein  39.7 
 
 
212 aa  158  6e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.228424  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0117  TrkA domain-containing protein  31.84 
 
 
214 aa  141  8e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1134  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 
213 aa  135  6e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  1.05089e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1543  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
206 aa  129  3e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0876912  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3335  TrkA-C domain protein  30.35 
 
 
213 aa  129  4e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.611638  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0356  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 
204 aa  125  5e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1338  transcriptional regulator, GntR family  34.57 
 
 
201 aa  118  7e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1689  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
214 aa  115  5e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.248739  normal  0.372482 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2149  regulatory protein GntR, HTH  29.89 
 
 
215 aa  95.1  7e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2291  GntR family transcription regulator  51.47 
 
 
69 aa  72.4  5e-12  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000698422  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0013  GntR family transcriptional regulator  25.66 
 
 
251 aa  50.4  2e-05  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  5.01062e-08  n/a   
 
 
 
NC_013743  Htur_1187  TrkA-N domain protein  30.16 
 
 
541 aa  47.4  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4653  transcriptional regulator, GntR family  28.4 
 
 
145 aa  46.2  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3938  sodium/hydrogen exchanger  35.71 
 
 
652 aa  45.8  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.455645 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2066  TrkA-C  36.23 
 
 
163 aa  45.1  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0489262 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02920  predicted transcriptional regulator  25.29 
 
 
119 aa  45.1  0.0007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0119  TrkA domain-containing protein  31.94 
 
 
166 aa  44.7  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  2.59945e-05 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0120  TrkA domain-containing protein  31.43 
 
 
196 aa  43.9  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5202  trkA domain protein  37.14 
 
 
165 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.137218  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1727  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
236 aa  42.7  0.003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2160  putative transcriptional regulator, GntR family  31.94 
 
 
164 aa  43.1  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.704107 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1157  TrkA-C  35.94 
 
 
195 aa  43.1  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.338834 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5157  trkA domain protein  37.14 
 
 
165 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.09944e-23 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2648  TrkA-C domain-containing protein  28.33 
 
 
160 aa  42.7  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.508711  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4776  potassium channel, C-terminus  37.14 
 
 
165 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0093582  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0917  transcriptional regulator, GntR family  27.94 
 
 
280 aa  42.7  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4757  hypothetical protein  37.14 
 
 
165 aa  42.7  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.572942  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4912  TrkA domain-containing protein  37.14 
 
 
169 aa  42.7  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5287  TrkA domain-containing protein  37.14 
 
 
169 aa  42.7  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0759  trehalose operon repressor  32.35 
 
 
236 aa  42  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0698  trehalose operon transcriptional repressor  32.35 
 
 
236 aa  42  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0757  sodium/hydrogen exchanger  33.87 
 
 
664 aa  42  0.007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.199528  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1293  potassium efflux system protein  32.81 
 
 
650 aa  41.6  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>