More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1280 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_1280  transcriptional regulator  100 
 
 
249 aa  502  1e-141  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  8.1725e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1491  GntR family transcriptional regulator  94.47 
 
 
249 aa  451  1e-126  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0628675  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0374  GntR family transcriptional regulator  48.31 
 
 
243 aa  214  1e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0369  transcriptional regulator  47.46 
 
 
243 aa  211  7e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2073  GntR family transcriptional regulator  38.37 
 
 
245 aa  158  6e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0165652  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0126  regulatory protein GntR HTH  35.25 
 
 
251 aa  148  7e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0616081  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0121  regulatory protein GntR, HTH  35.25 
 
 
251 aa  148  7e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  4.30087e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0752  transcriptional regulator, GntR family  30.13 
 
 
247 aa  91.7  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00012009  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  40.66 
 
 
249 aa  76.3  5e-13  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
239 aa  72.4  7e-12  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  32.61 
 
 
239 aa  72.4  7e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  44.16 
 
 
248 aa  72  8e-12  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  40.66 
 
 
249 aa  72  8e-12  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.27927e-05  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  28.14 
 
 
232 aa  72  9e-12  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8675  putative transcriptional regulator, GntR family  34.58 
 
 
157 aa  71.6  1e-11  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  44.16 
 
 
249 aa  70.5  2e-11  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  46.15 
 
 
299 aa  69.7  4e-11  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4940  histidine utilization repressor  39.51 
 
 
254 aa  67.8  1e-10  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  39.76 
 
 
233 aa  67  2e-10  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  38.46 
 
 
236 aa  67  3e-10  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  21.77 
 
 
253 aa  66.6  3e-10  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1833  transcriptional regulator, GntR family  38.38 
 
 
245 aa  66.6  3e-10  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0220411  normal  0.173691 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4157  GntR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
256 aa  67  3e-10  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5446  GntR domain protein  46.67 
 
 
237 aa  67  3e-10  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0117781 
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  21.77 
 
 
253 aa  66.6  3e-10  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
242 aa  67  3e-10  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4702  GntR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
248 aa  66.2  4e-10  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0392151  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3424  transcriptional regulator, GntR family  39.18 
 
 
245 aa  66.6  4e-10  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3183  GntR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
245 aa  66.6  4e-10  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.529781  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3424  GntR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
245 aa  66.2  5e-10  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.014089  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
256 aa  65.9  6e-10  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0903  GntR domain protein  40.32 
 
 
224 aa  65.9  6e-10  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.614609  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0925  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
485 aa  65.9  6e-10  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.447964  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3412  transcriptional regulator, GntR family  38.38 
 
 
245 aa  65.9  6e-10  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.44012e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  41.56 
 
 
256 aa  65.5  7e-10  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  41.56 
 
 
256 aa  65.5  7e-10  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  41.56 
 
 
256 aa  65.5  8e-10  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  41.56 
 
 
256 aa  65.5  8e-10  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3104  GntR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
226 aa  65.5  9e-10  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.804027  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  41.56 
 
 
258 aa  65.1  9e-10  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  42.31 
 
 
246 aa  64.7  1e-09  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  37.78 
 
 
261 aa  64.7  1e-09  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0165  GntR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
234 aa  64.7  1e-09  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.899806  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  37.78 
 
 
261 aa  64.7  1e-09  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  31.97 
 
 
250 aa  64.7  1e-09  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3583  GntR family transcriptional regulator  39.76 
 
 
256 aa  64.3  2e-09  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5177  regulatory protein GntR HTH  45 
 
 
238 aa  64.3  2e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.835231  normal  0.258028 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  40.26 
 
 
256 aa  63.9  2e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4236  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
243 aa  64.3  2e-09  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265926  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5004  transcriptional regulator, GntR family  38.24 
 
 
242 aa  64.3  2e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  40.96 
 
 
242 aa  64.3  2e-09  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  31.79 
 
 
249 aa  63.5  3e-09  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1898  GntR family transcriptional regulator  41.79 
 
 
263 aa  63.5  3e-09  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  1.97182e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
232 aa  63.9  3e-09  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7288  putative transcriptional regulator, GntR family  41.79 
 
 
249 aa  63.5  3e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.767574 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3458  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
245 aa  63.2  4e-09  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
247 aa  63.2  4e-09  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3204  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
245 aa  63.2  4e-09  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.264865  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3111  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
245 aa  63.2  4e-09  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  41.1 
 
 
223 aa  62.8  4e-09  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0376  transcriptional regulator, GntR family  37.18 
 
 
252 aa  63.2  4e-09  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3436  transcriptional regulator, GntR family  38.14 
 
 
245 aa  63.2  4e-09  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3799  GntR family transcriptional regulator  39.68 
 
 
251 aa  63.2  4e-09  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392461  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
241 aa  62.8  5e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  44.93 
 
 
243 aa  62.8  5e-09  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  41.18 
 
 
245 aa  62.8  5e-09  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  39.19 
 
 
236 aa  62.8  6e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1740  transcriptional regulator, GntR family  40.91 
 
 
288 aa  62.8  6e-09  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000284043 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5539  regulatory protein GntR HTH  41.54 
 
 
237 aa  62.4  6e-09  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2341  GntR domain protein  36.99 
 
 
226 aa  62.4  7e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  43.75 
 
 
240 aa  62.4  7e-09  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
242 aa  62.4  7e-09  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
246 aa  62  9e-09  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  40.54 
 
 
243 aa  62  9e-09  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4668  transcriptional regulator, GntR family  40.51 
 
 
250 aa  62  9e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.623971  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
246 aa  62  9e-09  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  38.36 
 
 
235 aa  61.6  1e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0551  GntR family transcriptional regulator  25.81 
 
 
244 aa  61.2  1e-08  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  41.18 
 
 
242 aa  61.2  1e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0720  GntR family regulatory protein  25.81 
 
 
244 aa  61.2  1e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.035737  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4698  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
253 aa  61.2  1e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0969  GntR family transcriptional regulator  26.72 
 
 
216 aa  61.2  1e-08  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1450  GntR family transcriptional regulator  25.81 
 
 
244 aa  61.2  1e-08  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2738  GntR family transcriptional regulator  25.1 
 
 
239 aa  61.6  1e-08  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  40 
 
 
242 aa  61.2  1e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0138  GntR family transcriptional regulator  25.81 
 
 
244 aa  61.2  1e-08  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2878  GntR family transcriptional regulator  25.81 
 
 
244 aa  61.2  1e-08  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3168  GntR family transcriptional regulator  25.81 
 
 
244 aa  61.2  1e-08  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0543  GntR family transcriptional regulator  43.94 
 
 
254 aa  60.8  2e-08  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.464871  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  43.84 
 
 
251 aa  60.8  2e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  45.31 
 
 
254 aa  60.8  2e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  45.31 
 
 
254 aa  60.8  2e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1166  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 
261 aa  60.8  2e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.448437  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1008  GntR domain-containing protein  26.72 
 
 
216 aa  61.2  2e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19227  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  41.03 
 
 
268 aa  61.2  2e-08  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
242 aa  60.8  2e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  40 
 
 
260 aa  60.8  2e-08  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0895  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
251 aa  60.8  2e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2915  GntR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
249 aa  60.1  3e-08  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  30.53 
 
 
233 aa  60.1  3e-08  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>