More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1179 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_1179  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 
450 aa  900  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  1.42279e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1366  site-specific tyrosine recombinase XerC  96.44 
 
 
450 aa  870  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  4.15693e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  53.46 
 
 
330 aa  333  3e-90  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  1.55402e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.06 
 
 
330 aa  330  3e-89  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.38 
 
 
330 aa  324  2e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  2.34006e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.88 
 
 
328 aa  309  8e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.79914e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0952  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.55 
 
 
329 aa  256  5e-67  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  37.85 
 
 
310 aa  180  4e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  31.72 
 
 
320 aa  156  8e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  31.25 
 
 
302 aa  152  1e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  32.13 
 
 
296 aa  152  2e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  33.44 
 
 
302 aa  147  4e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  34.82 
 
 
302 aa  147  5e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  32.49 
 
 
295 aa  146  8e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  35.14 
 
 
302 aa  145  1e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  34.65 
 
 
308 aa  144  2e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  32.78 
 
 
295 aa  145  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  29.17 
 
 
295 aa  143  5e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  34.19 
 
 
302 aa  143  6e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  31.31 
 
 
309 aa  143  8e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  8.60406e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  32.46 
 
 
315 aa  141  2e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  29.45 
 
 
308 aa  140  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0067  phage integrase family protein  30.23 
 
 
328 aa  140  4e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  30.34 
 
 
317 aa  140  5e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  32 
 
 
310 aa  140  7e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  36.58 
 
 
284 aa  139  8e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.77 
 
 
300 aa  139  9e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  29.7 
 
 
295 aa  139  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  31.94 
 
 
299 aa  139  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  29.81 
 
 
312 aa  139  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  30.87 
 
 
301 aa  138  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 
302 aa  138  2e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  28.84 
 
 
313 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  31.25 
 
 
294 aa  138  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.38339e-06  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.77 
 
 
300 aa  138  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.77 
 
 
300 aa  138  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  31.6 
 
 
295 aa  137  3e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  29.3 
 
 
373 aa  137  3e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  30.69 
 
 
321 aa  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  32.01 
 
 
292 aa  137  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  30.19 
 
 
295 aa  137  5e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  31.91 
 
 
295 aa  136  8e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  31.91 
 
 
295 aa  136  8e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  31.01 
 
 
298 aa  135  2e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  31.47 
 
 
304 aa  135  2e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  30.15 
 
 
307 aa  135  2e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  33.98 
 
 
296 aa  135  2e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  31.8 
 
 
311 aa  135  2e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  30.19 
 
 
314 aa  134  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  28.4 
 
 
329 aa  134  3e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.17 
 
 
299 aa  134  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.17 
 
 
299 aa  134  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.17 
 
 
299 aa  134  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 
306 aa  134  4e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  30.21 
 
 
306 aa  134  4e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  31.35 
 
 
292 aa  134  5e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  31.21 
 
 
293 aa  133  6e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  30.13 
 
 
303 aa  133  6e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.13 
 
 
300 aa  133  6e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  30.41 
 
 
308 aa  133  7e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  32.59 
 
 
296 aa  133  7e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  28.26 
 
 
335 aa  133  7e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  31.8 
 
 
311 aa  133  8e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  29.78 
 
 
304 aa  133  8e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  6.63621e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  30.72 
 
 
300 aa  133  8e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  30.07 
 
 
298 aa  132  9e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2699  integrase family protein  31.5 
 
 
327 aa  132  1e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  31.15 
 
 
295 aa  132  1e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  30.77 
 
 
300 aa  132  1e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  27.18 
 
 
317 aa  132  1e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  30.57 
 
 
298 aa  132  1e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  29.97 
 
 
322 aa  132  1e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  29.5 
 
 
332 aa  132  1e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  35.09 
 
 
307 aa  132  2e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2102  integrase family protein  29.77 
 
 
304 aa  132  2e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.167189  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  32.53 
 
 
290 aa  131  2e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.98 
 
 
315 aa  131  3e-29  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.07 
 
 
298 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.07 
 
 
298 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  29.61 
 
 
294 aa  130  3e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  34.65 
 
 
307 aa  130  4e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  29.45 
 
 
290 aa  130  4e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.03 
 
 
300 aa  130  4e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  33.05 
 
 
308 aa  130  4e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  30.34 
 
 
305 aa  130  4e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  30.87 
 
 
293 aa  130  4e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.69064e-10 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3245  phage integrase family protein  31.27 
 
 
312 aa  130  4e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676462  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  31.97 
 
 
254 aa  130  5e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2861  tyrosine recombinase XerD subunit  29.11 
 
 
313 aa  130  5e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.67951  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  30.12 
 
 
311 aa  130  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.7 
 
 
298 aa  130  6e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  29.22 
 
 
292 aa  130  7e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0015  Phage integrase  28.4 
 
 
310 aa  129  7e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.230922  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.08 
 
 
328 aa  129  9e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  30.26 
 
 
294 aa  129  9e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  31.09 
 
 
304 aa  129  1e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  30.97 
 
 
305 aa  129  1e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0582  integrase family protein  31.34 
 
 
330 aa  129  1e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.132855 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  30.67 
 
 
309 aa  129  1e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  33.87 
 
 
300 aa  129  1e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>