253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1174 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 80 aa  160  4.0000000000000004e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  98.75 
 
 		 80 aa  159  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  72.86 
 
 		 83 aa  108  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  71.05 
 
 		 80 aa  108  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  67.14 
 
 		 84 aa  107  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  64 
 
 		 86 aa  107  4.0000000000000004e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  71.43 
 
 		 80 aa  107  5e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  64.29 
 
 		 85 aa  107  6e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  70 
 
 		 83 aa  107  7.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  71.01 
 
 		 82 aa  106  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  68.57 
 
 		 82 aa  105  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2131  RNA chaperone Hfq  65.71 
 
 		 80 aa  103  7e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.187321  normal  0.0262415 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  61.43 
 
 		 86 aa  103  8e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  61.43 
 
 		 160 aa  97.1  8e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  61.43 
 
 		 77 aa  96.3  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2103  RNA-binding protein Hfq  59.46 
 
 		 75 aa  95.1  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 79 aa  95.1  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  60 
 
 		 82 aa  94.4  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  60.56 
 
 		 92 aa  94.4  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  56.41 
 
 		 175 aa  94  6e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  64.06 
 
 		 82 aa  93.6  9e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  58.57 
 
 		 78 aa  92.8  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  62.5 
 
 		 92 aa  92.8  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  58.57 
 
 		 77 aa  92.8  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  58.57 
 
 		 78 aa  92.8  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  58.57 
 
 		 77 aa  92.8  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  58.57 
 
 		 78 aa  92.8  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  53.75 
 
 		 80 aa  93.2  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  58.57 
 
 		 77 aa  92.8  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  56 
 
 		 98 aa  93.2  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  61.97 
 
 		 82 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  60.56 
 
 		 84 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  60.56 
 
 		 84 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  60.56 
 
 		 83 aa  92  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  64.06 
 
 		 84 aa  92  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  64.06 
 
 		 84 aa  92  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 80 aa  92.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  64.06 
 
 		 83 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  64.06 
 
 		 84 aa  92  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  64.06 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  62.5 
 
 		 77 aa  92.4  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 80 aa  92.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  55.84 
 
 		 106 aa  92  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  53.85 
 
 		 109 aa  91.7  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  54.55 
 
 		 82 aa  91.3  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 74 aa  91.3  4e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1223  RNA-binding protein Hfq  59.46 
 
 		 74 aa  90.9  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846944  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  60.56 
 
 		 82 aa  90.9  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  64.06 
 
 		 83 aa  90.9  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  60.56 
 
 		 82 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  60.56 
 
 		 82 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  60.56 
 
 		 82 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3740  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 74 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000182671  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3722  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 74 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.2599e-36 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3559  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 74 aa  90.9  6e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538882  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1490  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 74 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000177401  normal  0.0133073 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3458  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 74 aa  90.9  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000205772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3472  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 74 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100846  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  60.56 
 
 		 82 aa  90.9  6e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3842  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 74 aa  90.9  6e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000757377  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3763  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 74 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632531  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  60.56 
 
 		 82 aa  90.9  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3812  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 74 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000446161  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3478  RNA-binding protein Hfq  60 
 
 		 74 aa  90.9  6e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000029119  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  64.06 
 
 		 84 aa  89.7  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  61.9 
 
 		 193 aa  87.8  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 		 79 aa  87.8  5e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1533  RNA-binding protein Hfq  52.05 
 
 		 80 aa  85.9  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0326548 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  63.93 
 
 		 196 aa  85.5  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 84 aa  84.7  4e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11580  RNA chaperone Hfq  57.81 
 
 		 76 aa  84  6e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0121  RNA chaperone Hfq  54.17 
 
 		 88 aa  82  0.000000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000257179  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002259  RNA-binding protein Hfq  52.11 
 
 		 87 aa  80.9  0.000000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.912109  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 86 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  57.97 
 
 		 82 aa  80.1  0.000000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  53.62 
 
 		 87 aa  80.1  0.000000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 84 aa  79.7  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00094  RNA-binding protein Hfq  53.62 
 
 		 87 aa  79.7  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  51.47 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  51.47 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  52.17 
 
 		 86 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  52.17 
 
 		 86 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0797  RNA chaperone Hfq  55.88 
 
 		 93 aa  79  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733569  hitchhiker  0.00597566 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 82 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1760  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 86 aa  79  0.00000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000103863  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  52.17 
 
 		 86 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  51.47 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  52.94 
 
 		 101 aa  79  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  52.17 
 
 		 86 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  52.94 
 
 		 101 aa  79  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  51.47 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  51.47 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4341  host factor Hfq  51.47 
 
 		 96 aa  78.6  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  51.47 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 82 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  51.47 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  51.47 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0395  RNA chaperone Hfq  51.52 
 
 		 90 aa  79  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000648221  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  52.94 
 
 		 101 aa  79  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  51.47 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>