More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_0987 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  100 
 
 		 228 aa  456  1e-127  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  97.81 
 
 		 228 aa  448  1e-125  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  52.89 
 
 		 229 aa  266  2e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  53.33 
 
 		 229 aa  263  1e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  52.44 
 
 		 229 aa  263  1e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  52 
 
 		 229 aa  263  2e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  53.33 
 
 		 229 aa  261  4.999999999999999e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  52.89 
 
 		 229 aa  258  7e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  52 
 
 		 229 aa  257  1e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  51.56 
 
 		 229 aa  256  2e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  52 
 
 		 229 aa  255  4e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  52 
 
 		 229 aa  255  4e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  52.42 
 
 		 298 aa  255  5e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  52.42 
 
 		 298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  53.57 
 
 		 340 aa  247  1e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  50.9 
 
 		 248 aa  244  6e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  50.89 
 
 		 384 aa  241  7.999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  51.34 
 
 		 385 aa  241  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  49.56 
 
 		 229 aa  238  5.999999999999999e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  51.97 
 
 		 272 aa  236  3e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  49.34 
 
 		 314 aa  232  4.0000000000000004e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  46.32 
 
 		 309 aa  231  5e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  48.26 
 
 		 355 aa  229  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  46.96 
 
 		 293 aa  229  4e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  47.84 
 
 		 248 aa  227  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  51.36 
 
 		 235 aa  226  2e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  51.36 
 
 		 235 aa  226  2e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  51.36 
 
 		 235 aa  226  2e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  46.05 
 
 		 389 aa  226  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  51.36 
 
 		 235 aa  226  2e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  46.09 
 
 		 240 aa  225  4e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  48.92 
 
 		 290 aa  225  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  48.92 
 
 		 290 aa  225  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  46.67 
 
 		 332 aa  225  4e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  47.81 
 
 		 332 aa  225  5.0000000000000005e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  50.91 
 
 		 238 aa  224  7e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  50.91 
 
 		 238 aa  224  7e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  50.91 
 
 		 238 aa  224  7e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  50.91 
 
 		 238 aa  224  7e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  47.83 
 
 		 324 aa  224  7e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  50.91 
 
 		 238 aa  223  1e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  47.39 
 
 		 328 aa  223  1e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  48.43 
 
 		 348 aa  218  5e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  48.5 
 
 		 244 aa  216  2e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  45.78 
 
 		 318 aa  216  2.9999999999999998e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  44.35 
 
 		 240 aa  215  4e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  50.46 
 
 		 240 aa  215  5e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  50.46 
 
 		 240 aa  215  5e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  48.92 
 
 		 240 aa  214  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  50.43 
 
 		 289 aa  213  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  46.67 
 
 		 317 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  47.81 
 
 		 477 aa  211  7e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  46.43 
 
 		 314 aa  211  9e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  49.78 
 
 		 289 aa  211  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  50 
 
 		 289 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  51.44 
 
 		 240 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  50 
 
 		 289 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  50 
 
 		 289 aa  210  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  45.02 
 
 		 266 aa  211  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  50 
 
 		 289 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  45.18 
 
 		 261 aa  209  3e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  50.22 
 
 		 290 aa  209  3e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  50.22 
 
 		 290 aa  209  4e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  50.22 
 
 		 290 aa  209  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  50.22 
 
 		 290 aa  209  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  50.22 
 
 		 290 aa  209  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  50.69 
 
 		 240 aa  208  4e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  50.22 
 
 		 290 aa  208  5e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  49.78 
 
 		 290 aa  208  6e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  49.78 
 
 		 290 aa  208  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  49.78 
 
 		 290 aa  208  6e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  48.47 
 
 		 286 aa  202  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  47.69 
 
 		 240 aa  201  9e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  38.03 
 
 		 236 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  40.71 
 
 		 241 aa  181  1e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  38.08 
 
 		 242 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3582  pseudouridine synthase  36.75 
 
 		 236 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  38.03 
 
 		 236 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3385  pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 242 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  37.61 
 
 		 236 aa  176  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0922  pseudouridine synthase  38.56 
 
 		 242 aa  176  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3180  pseudouridine synthase  38.2 
 
 		 238 aa  175  6e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0917  pseudouridine synthase, Rsu  37.08 
 
 		 241 aa  169  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3936  pseudouridine synthase  36.6 
 
 		 261 aa  168  5e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.348402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 245 aa  165  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1834  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  38.74 
 
 		 281 aa  165  5e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.954651  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0685  pseudouridine synthase, Rsu  35.07 
 
 		 238 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.301358  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  39.37 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  34.62 
 
 		 250 aa  157  2e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.62 
 
 		 243 aa  154  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0675  pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 238 aa  153  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  34.19 
 
 		 251 aa  154  2e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  34.48 
 
 		 252 aa  152  2.9999999999999998e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.1 
 
 		 258 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 239 aa  152  5e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  35.93 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  36.32 
 
 		 567 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>