More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_0904 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_0904  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  100 
 
 
439 aa  900  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00221898  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1150  extracellular solute-binding protein  32.08 
 
 
441 aa  191  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.344094  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4148  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 
426 aa  159  6e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0472509  normal  0.106363 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15560  extracellular solute-binding protein family 1  28 
 
 
418 aa  159  9e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0227  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 
424 aa  149  1e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.998322  normal  0.257108 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3847  extracellular solute-binding protein family 1  26.74 
 
 
421 aa  149  1e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00585532  normal  0.205792 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0228  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 
435 aa  144  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.6533  normal  0.282981 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4871  extracellular solute-binding protein family 1  26.39 
 
 
434 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.618682  normal  0.377624 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3299  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 
421 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0232  extracellular solute-binding protein  25.06 
 
 
425 aa  119  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3428  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 
425 aa  117  4e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.390518  normal  0.012309 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1899  extracellular solute-binding protein, putative  25.62 
 
 
416 aa  115  1e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.41529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1634  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  25.62 
 
 
416 aa  115  2e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  26.63 
 
 
431 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.07 
 
 
407 aa  111  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25 
 
 
426 aa  111  3e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3538  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  26.34 
 
 
406 aa  109  8e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.385239  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 
423 aa  108  2e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  28.93 
 
 
412 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
412 aa  105  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7039  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 
428 aa  104  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0803  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 
433 aa  104  4e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.437157  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 
412 aa  103  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 
433 aa  102  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  26.36 
 
 
435 aa  101  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  24.62 
 
 
403 aa  99.4  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1492  extracellular solute-binding protein  20.9 
 
 
421 aa  99  2e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  27.34 
 
 
411 aa  98.2  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  22.81 
 
 
455 aa  98.2  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  27.48 
 
 
421 aa  97.8  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  23.66 
 
 
410 aa  97.4  5e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3121  extracellular solute-binding protein family 1  24.64 
 
 
445 aa  97.1  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116931 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  23.66 
 
 
410 aa  97.4  5e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 
413 aa  97.1  5e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  9.08101e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3957  extracellular solute-binding protein family 1  26.7 
 
 
432 aa  97.1  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3465  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 
411 aa  96.7  7e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 
461 aa  96.7  8e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2611  extracellular solute-binding protein family 1  24.39 
 
 
453 aa  95.9  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058641  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  26.1 
 
 
427 aa  95.9  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 
410 aa  94.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 
428 aa  94.7  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  26.63 
 
 
410 aa  94.7  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  23.24 
 
 
424 aa  94  4e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  23.49 
 
 
457 aa  94  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 
410 aa  94  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1511  extracellular solute-binding protein family 1  24.16 
 
 
424 aa  94  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 
402 aa  93.2  8e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2582  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 
416 aa  92.8  9e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.99 
 
 
410 aa  92.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3983  extracellular solute-binding protein family 1  22.65 
 
 
456 aa  92.8  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  24.27 
 
 
410 aa  92  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0390662 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 
415 aa  92  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  23.14 
 
 
419 aa  91.7  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1262  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 
408 aa  91.3  3e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.953049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 
411 aa  90.9  4e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 
411 aa  91.3  4e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 
399 aa  90.5  5e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0069  twin-arginine translocation pathway signal  24.79 
 
 
432 aa  90.5  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
414 aa  90.1  7e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0659  extracellular solute-binding protein family 1  25.52 
 
 
425 aa  90.1  7e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.579585  normal  0.728331 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  22.4 
 
 
410 aa  89.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2731  extracellular solute-binding protein family 1  23.32 
 
 
454 aa  89  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23010  extracellular solute-binding protein family 1  23.03 
 
 
436 aa  89  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.78171e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 
436 aa  89  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  24 
 
 
423 aa  88.2  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3910  extracellular solute-binding protein family 1  23.78 
 
 
412 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  23.27 
 
 
418 aa  87.4  5e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  26.46 
 
 
425 aa  87  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  5.23246e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 
411 aa  87  6e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 
410 aa  86.7  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6904  extracellular solute-binding protein family 1  31.6 
 
 
404 aa  85.9  1e-15  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000382644  hitchhiker  0.00751503 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 
466 aa  85.9  1e-15  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3622  extracellular solute-binding protein family 1  24.85 
 
 
412 aa  85.5  2e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  25.44 
 
 
430 aa  85.5  2e-15  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4883  extracellular solute-binding protein family 1  22.75 
 
 
436 aa  83.6  6e-15  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.504344  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3988  extracellular solute-binding protein family 1  20.44 
 
 
422 aa  83.6  6e-15  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0310  extracellular solute-binding protein family 1  27.47 
 
 
443 aa  83.6  6e-15  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3149  extracellular solute-binding protein  23.15 
 
 
427 aa  83.6  7e-15  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  26.2 
 
 
437 aa  83.6  7e-15  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0701  extracellular solute-binding protein family 1  25.88 
 
 
432 aa  83.2  8e-15  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20470  extracellular solute-binding protein family 1  24.75 
 
 
406 aa  82.4  1e-14  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.03753e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0144  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 
403 aa  82.8  1e-14  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16190  extracellular solute-binding protein family 1  25.39 
 
 
401 aa  82.8  1e-14  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00305219  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 
411 aa  82  2e-14  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0729  extracellular solute-binding protein family 1  24.07 
 
 
443 aa  81.6  3e-14  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  2.54304e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 
421 aa  81.3  3e-14  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  21.97 
 
 
439 aa  81.3  3e-14  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2267  extracellular solute-binding protein family 1  26.06 
 
 
445 aa  80.9  4e-14  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00064551 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  22.42 
 
 
421 aa  80.9  4e-14  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4930  extracellular solute-binding protein family 1  24.79 
 
 
419 aa  80.9  4e-14  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.265943  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06270  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.93 
 
 
426 aa  80.1  7e-14  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 
439 aa  80.1  7e-14  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  25.06 
 
 
455 aa  80.1  7e-14  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5802  extracellular solute-binding protein family 1  23.77 
 
 
444 aa  79.7  9e-14  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0809589 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0183  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
429 aa  79.3  1e-13  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  23.13 
 
 
439 aa  79.3  1e-13  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  24.15 
 
 
419 aa  79.3  1e-13  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  25.34 
 
 
441 aa  78.6  2e-13  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6732  extracellular solute-binding protein family 1  22.82 
 
 
425 aa  78.2  3e-13  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.255639  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29320  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22 
 
 
443 aa  77.8  4e-13  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>