29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_0589 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008262  CPR_0589  LicD family protein  100 
 
 		 266 aa  543  1e-154  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000965792  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0917  licD family protein  36.5 
 
 		 270 aa  132  5e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000119843  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14540  LPS biosynthesis protein  30.04 
 
 		 602 aa  111  1.0000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.18006 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1458  lipopolysaccharide choline phosphotransferase  34.55 
 
 		 266 aa  109  5e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05850  LPS biosynthesis protein  28.23 
 
 		 290 aa  102  7e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114788 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12380  LPS biosynthesis protein  30.45 
 
 		 261 aa  99  7e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2035  LicD family protein  26.47 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.450228  normal  0.03368 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1750  LPS biosynthesis protein-like protein  31.08 
 
 		 338 aa  95.5  8e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2440  LicD family protein  26.09 
 
 		 273 aa  90.9  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2033  LicD family protein  26.52 
 
 		 284 aa  90.5  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.412766  hitchhiker  0.000530756 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1004  LicD family protein  26.28 
 
 		 281 aa  89.7  5e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0988018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14490  LPS biosynthesis protein  55.22 
 
 		 540 aa  89  7e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.71965  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05940  LPS biosynthesis protein  37.82 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0032299  hitchhiker  0.000000000543053 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12330  LPS biosynthesis protein  26.42 
 
 		 322 aa  87.4  2e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.806434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1186  LICD Protein Family  26.67 
 
 		 384 aa  87.4  2e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1000  LicD family protein  26.97 
 
 		 307 aa  86.7  4e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2420  LicD family protein  27.34 
 
 		 277 aa  86.3  5e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.295674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05870  LPS biosynthesis protein  36.72 
 
 		 284 aa  84  0.000000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000878073 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0727  lipopolysaccharide cholinephosphotransferase  41.96 
 
 		 218 aa  80.9  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.257586  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2589  LicD family protein  34.4 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1418  polysaccharide biosynthesis protein, putative  28.78 
 
 		 274 aa  79.7  0.00000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.792739  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1746  LicD family protein  26.21 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1016  LicD family protein  42.05 
 
 		 315 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0603  hypothetical protein  56.76 
 
 		 246 aa  47.4  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000500963  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0296  hypothetical protein  46 
 
 		 398 aa  45.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.840944  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2618  hypothetical protein  48.65 
 
 		 281 aa  44.7  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0774  hypothetical protein  31.87 
 
 		 554 aa  44.3  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.558269  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0463  hypothetical protein  46 
 
 		 244 aa  43.9  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000202427  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0889  LicD family protein  43.9 
 
 		 373 aa  42.4  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.207748 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>