45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_0390 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_0390  polysaccharide lyase family protein 8  100 
 
 
985 aa  1984  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.918566  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0394  polysaccharide lyase family protein 8  95.01 
 
 
1003 aa  1872  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3227  Hyaluronate lyase  30.42 
 
 
1131 aa  418  1e-115  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4980  polysaccharide lyase 8 alpha-helical  29.87 
 
 
797 aa  378  1e-103  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00611188  normal  0.0115553 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0352  hyaluronate lyase  33.03 
 
 
791 aa  373  1e-102  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4208  Hyaluronate lyase  28.68 
 
 
753 aa  375  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.431721  hitchhiker  0.000853972 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0174  polysaccharide lyase 8 alpha-helical  29.42 
 
 
846 aa  369  1e-100  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0850  Hyaluronate lyase  31.55 
 
 
792 aa  357  6e-97  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6725  Hyaluronate lyase  33.57 
 
 
576 aa  342  3e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1698  hyaluronate lyase  29.05 
 
 
793 aa  338  4e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.222511  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1197  hyaluronate lyase  31.25 
 
 
1072 aa  326  1e-87  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2271  polysaccharide lyase family protein 8  29.5 
 
 
809 aa  297  7e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2232  polysaccharide lyase family protein 8  29.5 
 
 
809 aa  297  7e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4062  polysaccharide lyase 8 alpha-helical  24.72 
 
 
892 aa  257  6e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.505411  normal  0.685622 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0125  polysaccharide lyase 8 alpha-helical  29.12 
 
 
739 aa  249  2e-64  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0786  polysaccharide lyase family 8  25.42 
 
 
700 aa  168  5e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0117  Hyaluronate lyase  28.85 
 
 
618 aa  162  4e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3979  polysaccharide lyase family 8  22.85 
 
 
718 aa  118  6e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4325  chondroitin AC lyase  22.98 
 
 
693 aa  113  1e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0500  polysaccharide lyase family 8  21.69 
 
 
533 aa  110  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.346359  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3972  coagulation factor 5/8 type domain protein  21.57 
 
 
929 aa  105  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.443016  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7449  hypothetical protein  25.62 
 
 
636 aa  85.1  6e-15  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2256  chondroitinase  22.94 
 
 
1043 aa  83.6  2e-14  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0824242 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0784  Lyase catalytic  23.81 
 
 
1030 aa  76.6  2e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2789  bacillolysin  36.36 
 
 
893 aa  68.6  5e-10  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000716183  hitchhiker  1.52737e-07 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1087  pullulanase family protein  41.49 
 
 
2638 aa  67.4  1e-09  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2534  neutral protease  33.77 
 
 
887 aa  67  2e-09  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.596256  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2838  Lyase catalytic  22.41 
 
 
1077 aa  67  2e-09  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00102032 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3277  polysaccharide lyase family protein 8  25.84 
 
 
1024 aa  55.8  4e-06  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00028263 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0997  lyase catalytic  22.33 
 
 
1024 aa  55.1  6e-06  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2581  neutral protease  37 
 
 
884 aa  54.3  1e-05  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1855e-15 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2348  bacillolysin (neutral protease)  30.46 
 
 
890 aa  54.7  1e-05  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00113983  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0946  polysaccharide lyase family protein 8  21.94 
 
 
1024 aa  53.9  1e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3863  Chondroitin AC lyase  19.76 
 
 
656 aa  53.5  2e-05  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.569924  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2310  bacillolysin  37.5 
 
 
886 aa  53.5  2e-05  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.105645  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2393  thermolysin metallopeptidase  36 
 
 
530 aa  52  6e-05  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2571  neutral protease A, bacillolysin  38.75 
 
 
891 aa  50.8  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  4.42231e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2624  bacillolysin  31.21 
 
 
891 aa  50.8  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  6.36329e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0949  chitinase B  40 
 
 
64 aa  50.1  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00782065  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3655  glycoside hydrolase family protein  26.62 
 
 
727 aa  47.8  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4085  chitinase A  26.61 
 
 
699 aa  47.8  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0932  polysaccharide lyase family protein 8  24.05 
 
 
750 aa  46.6  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0363871  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2840  polysaccharide lyase family 8  24.15 
 
 
989 aa  45.1  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.109346  normal  0.0108324 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05656  chitinase  25.34 
 
 
565 aa  44.3  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0209  cell wall anchor domain-containing protein  35.87 
 
 
743 aa  44.7  0.01  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>