More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_0002 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
366 aa  731  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
366 aa  731  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.16 
 
 
370 aa  301  2e-80  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  37.06 
 
 
366 aa  281  9e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.06 
 
 
366 aa  275  8e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.79 
 
 
381 aa  264  1e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  38.52 
 
 
381 aa  263  5e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  3.41772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  38.52 
 
 
381 aa  263  5e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  38.99 
 
 
379 aa  261  1e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  38.99 
 
 
379 aa  260  2e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  8.20509e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.99 
 
 
379 aa  260  2e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.73 
 
 
379 aa  259  5e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.73 
 
 
379 aa  259  5e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.73 
 
 
379 aa  258  1e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  38.73 
 
 
379 aa  258  1e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.73 
 
 
381 aa  258  2e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.77 
 
 
378 aa  253  3e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.67002e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.36 
 
 
370 aa  251  2e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  7.29086e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.71 
 
 
370 aa  247  2e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.16 
 
 
365 aa  245  8e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.17 
 
 
378 aa  244  2e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  34.76 
 
 
377 aa  242  6e-63  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.22 
 
 
377 aa  240  3e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.22 
 
 
377 aa  240  3e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.51 
 
 
367 aa  238  1e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  34.24 
 
 
367 aa  216  3e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  31.79 
 
 
366 aa  216  5e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  5.53224e-06  hitchhiker  3.89013e-07 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2720  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
376 aa  216  7e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.001463  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.13 
 
 
380 aa  214  2e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  34.57 
 
 
376 aa  214  2e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  8.10658e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  30.75 
 
 
376 aa  214  2e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2750  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 
376 aa  213  3e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  33.6 
 
 
376 aa  213  5e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  8.41235e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
376 aa  212  8e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0623e-09 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
376 aa  211  2e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
376 aa  211  2e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.24 
 
 
367 aa  209  6e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2706  DNA polymerase III subunit beta  32.71 
 
 
376 aa  207  3e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2604  DNA polymerase III subunit beta  32.27 
 
 
376 aa  206  5e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.756021  hitchhiker  4.91978e-05 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.18 
 
 
374 aa  206  6e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  3.74529e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  29.26 
 
 
374 aa  205  9e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  1.16577e-06 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2456  DNA polymerase III subunit beta  32 
 
 
376 aa  203  5e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115889  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  30.83 
 
 
372 aa  200  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  29.89 
 
 
378 aa  197  3e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.27 
 
 
365 aa  196  5e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.6 
 
 
370 aa  196  7e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.65 
 
 
374 aa  195  1e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.95 
 
 
372 aa  194  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.89 
 
 
365 aa  194  3e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  29.1 
 
 
374 aa  194  3e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  30.48 
 
 
376 aa  193  3e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  1.88302e-11  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.69 
 
 
372 aa  192  8e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.03 
 
 
372 aa  192  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.59 
 
 
380 aa  189  7e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  1.43991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0003  DNA polymerase III, beta subunit  31.89 
 
 
368 aa  187  2e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000559768  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.61 
 
 
397 aa  187  3e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.42 
 
 
373 aa  186  5e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.95 
 
 
373 aa  186  8e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.84 
 
 
375 aa  185  9e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  4.18991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.74 
 
 
378 aa  184  1e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.15 
 
 
372 aa  182  6e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.59068e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  28.08 
 
 
382 aa  182  7e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.47 
 
 
378 aa  182  9e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  29.81 
 
 
367 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.35 
 
 
385 aa  182  1e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.35 
 
 
388 aa  180  3e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.62 
 
 
388 aa  179  6e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0002  DNA polymerase III subunit beta  29.41 
 
 
378 aa  179  6e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.92 
 
 
366 aa  178  1e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  28.5 
 
 
378 aa  178  1e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.28167e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  27.7 
 
 
378 aa  178  1e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  3.28779e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.37 
 
 
367 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  29.38 
 
 
365 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  28.5 
 
 
378 aa  177  2e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  5.12645e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  27.44 
 
 
377 aa  178  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.79 
 
 
367 aa  176  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.05958e-08  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.91 
 
 
385 aa  176  6e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.87 
 
 
365 aa  176  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  5.90568e-08  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.94 
 
 
387 aa  174  1e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.37 
 
 
365 aa  175  1e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  5.99685e-05 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  27.56 
 
 
379 aa  174  2e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  29.16 
 
 
366 aa  174  3e-42  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  26.26 
 
 
398 aa  174  3e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.87 
 
 
378 aa  173  5e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.47 
 
 
372 aa  173  5e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.38199e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  27.66 
 
 
393 aa  172  7e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  2.81863e-09 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  27.66 
 
 
393 aa  172  7e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.1 
 
 
369 aa  172  7e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  3.52181e-08 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.88 
 
 
372 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  24.66 
 
 
374 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  5.79402e-05  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.52 
 
 
398 aa  171  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.84 
 
 
389 aa  171  3e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.56 
 
 
375 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.33 
 
 
375 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.01 
 
 
390 aa  170  4e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.64 
 
 
376 aa  170  4e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  28.28 
 
 
394 aa  170  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.56 
 
 
375 aa  170  4e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.09 
 
 
386 aa  169  5e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  27.18 
 
 
372 aa  169  5e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  3.50231e-06 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>