More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2945 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_2942  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265359  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2945  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.393325  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2948  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.282487  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2625  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2628  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2631  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.830892  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 79 bp  107  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  98.28 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0777  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0014  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55678  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0044  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.405337 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0030  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0015  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0298  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 79 bp  99.6  9e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00212865  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0014  tRNA-Asp  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0063  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000164235  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0029  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000643292  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0030  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000948494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0031  tRNA-Asp  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000010181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6034  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.93695  normal  0.213156 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  96.3 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  96.3 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  96.3 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  96.3 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  96.3 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0034  tRNA-Asp  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.848663  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0062  tRNA-Asp  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000079557  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0027  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.76766  normal  0.328825 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4316  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.742737  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0024  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.16238  normal  0.146068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0025  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.103227  normal  0.238575 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0035  tRNA-Asp  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000103036  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0044  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000264444  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0027  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.961867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0026  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.968227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0017  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.214507  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0019  tRNA-Asp  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206388  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0006  tRNA-Asp  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000433123  normal  0.0757617 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0062  tRNA-Asp  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.697015  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0068  tRNA-Asp  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000338378  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2219  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0046  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000290325  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0062  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000866023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0054  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000566349  normal  0.354373 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0096  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000496509  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0054  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338252  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0052  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000241383  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0054  tRNA-Asp  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000552526  normal  0.231331 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>