More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2743 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  100 
 
 
453 aa  911  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2430  DNA repair protein RadA  99.12 
 
 
453 aa  902  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  51.86 
 
 
454 aa  464  1e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  50.23 
 
 
458 aa  455  1e-127  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  49.89 
 
 
457 aa  455  1e-127  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  50.23 
 
 
458 aa  455  1e-127  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  50 
 
 
458 aa  453  1e-126  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  50 
 
 
458 aa  452  1e-126  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  50 
 
 
458 aa  454  1e-126  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  50.23 
 
 
458 aa  455  1e-126  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  50 
 
 
458 aa  453  1e-126  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  48.02 
 
 
453 aa  452  1e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  7.66532e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  49.77 
 
 
458 aa  452  1e-126  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  50 
 
 
458 aa  452  1e-126  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  50 
 
 
458 aa  452  1e-126  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  50 
 
 
458 aa  452  1e-126  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  50.56 
 
 
452 aa  450  1e-125  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  49.45 
 
 
484 aa  450  1e-125  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  48.32 
 
 
448 aa  447  1e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  49.12 
 
 
449 aa  444  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  47.12 
 
 
476 aa  442  1e-123  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  49.23 
 
 
457 aa  441  1e-122  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  47.45 
 
 
450 aa  428  1e-119  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.97198e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  47.44 
 
 
450 aa  431  1e-119  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  46.9 
 
 
453 aa  426  1e-118  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  46.3 
 
 
465 aa  425  1e-118  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  46.02 
 
 
460 aa  425  1e-118  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.85269e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  47.67 
 
 
454 aa  427  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  49.89 
 
 
457 aa  428  1e-118  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  47.67 
 
 
454 aa  427  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  48.88 
 
 
449 aa  422  1e-117  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  46.31 
 
 
457 aa  424  1e-117  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  48.23 
 
 
453 aa  424  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  47.14 
 
 
453 aa  424  1e-117  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  46.7 
 
 
448 aa  424  1e-117  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  47.51 
 
 
451 aa  419  1e-116  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.21912e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  47.8 
 
 
454 aa  420  1e-116  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  47.01 
 
 
457 aa  421  1e-116  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  45.93 
 
 
514 aa  416  1e-115  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  47.03 
 
 
449 aa  416  1e-115  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  45.93 
 
 
514 aa  416  1e-115  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  47.35 
 
 
446 aa  413  1e-114  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  46.7 
 
 
453 aa  409  1e-113  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  46.59 
 
 
451 aa  409  1e-113  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  2.62714e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  46.36 
 
 
470 aa  410  1e-113  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  46.46 
 
 
452 aa  406  1e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  45.32 
 
 
520 aa  402  1e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  45.3 
 
 
455 aa  404  1e-111  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  45.37 
 
 
453 aa  402  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1348  DNA repair protein RadA  47.15 
 
 
460 aa  400  1e-110  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  44.27 
 
 
453 aa  398  1e-110  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  45.08 
 
 
462 aa  399  1e-110  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 
453 aa  399  1e-110  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  45.24 
 
 
462 aa  401  1e-110  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  44.25 
 
 
458 aa  401  1e-110  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  44.57 
 
 
452 aa  400  1e-110  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0842  DNA repair protein RadA  45.89 
 
 
448 aa  400  1e-110  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1401  DNA repair protein RadA  46.59 
 
 
455 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.227517  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  44.78 
 
 
464 aa  396  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  44.2 
 
 
455 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0498  DNA repair protein RadA  45.92 
 
 
446 aa  395  1e-109  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.572608  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  44.1 
 
 
455 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0956  DNA repair protein RadA  44.54 
 
 
517 aa  397  1e-109  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0419823 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1332  DNA repair protein RadA  46.1 
 
 
453 aa  395  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.909582  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1452  DNA repair protein RadA  46.06 
 
 
478 aa  395  1e-109  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00987951 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  44.12 
 
 
448 aa  394  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2038  DNA repair protein RadA  45.3 
 
 
458 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  43.71 
 
 
451 aa  393  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  43.83 
 
 
453 aa  395  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  43.67 
 
 
455 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2178  DNA repair protein RadA  43.48 
 
 
463 aa  392  1e-108  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.965225  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  44.1 
 
 
456 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  44.1 
 
 
456 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  42.36 
 
 
507 aa  395  1e-108  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  46.59 
 
 
451 aa  394  1e-108  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  6.55938e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  44.37 
 
 
489 aa  394  1e-108  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1803  DNA repair protein RadA  46.04 
 
 
452 aa  393  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  46.59 
 
 
451 aa  395  1e-108  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  43.89 
 
 
481 aa  392  1e-108  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1239  DNA repair protein RadA  45.3 
 
 
458 aa  393  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.873439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  45.08 
 
 
458 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  44.1 
 
 
456 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_58  DNA repair protein RadA  44.44 
 
 
462 aa  389  1e-107  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5347  DNA repair protein RadA  45.08 
 
 
458 aa  391  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  43.91 
 
 
459 aa  389  1e-107  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02144e-10 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  47.02 
 
 
466 aa  389  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1499  DNA repair protein RadA  46.4 
 
 
459 aa  389  1e-107  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2070  DNA repair protein RadA  44.86 
 
 
458 aa  391  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1392  DNA repair protein RadA  46.17 
 
 
446 aa  389  1e-107  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  45.05 
 
 
457 aa  389  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  46.05 
 
 
445 aa  391  1e-107  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  43.76 
 
 
477 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  43.39 
 
 
482 aa  391  1e-107  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  45.3 
 
 
457 aa  391  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  44.62 
 
 
447 aa  389  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1939  DNA repair protein RadA  44.86 
 
 
458 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.763295 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6039  DNA repair protein RadA  45.08 
 
 
458 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667951  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  44.47 
 
 
457 aa  385  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02051  DNA repair protein RadA  46.4 
 
 
459 aa  387  1e-106  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.169271  normal  0.619218 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01471  DNA repair protein RadA  45.14 
 
 
461 aa  386  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>