More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2686 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_2686  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 206 aa  426  1e-118  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2371  30S ribosomal protein S4  99.51 
 
 		 206 aa  425  1e-118  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.210121  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0894  30S ribosomal protein S4  67.96 
 
 		 206 aa  289  2e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000013906  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1718  ribosomal protein S4  67.31 
 
 		 208 aa  286  2e-76  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000245759  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0313  30S ribosomal protein S4  64.42 
 
 		 208 aa  283  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.977941  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0786  ribosomal protein S4  64.9 
 
 		 208 aa  280  1e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0220407  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2931  SSU ribosomal protein S4P  65.87 
 
 		 208 aa  280  2e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0070755  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2432  30S ribosomal protein S4  63.94 
 
 		 208 aa  277  7e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2684  30S ribosomal protein S4  60.58 
 
 		 208 aa  265  2.9999999999999995e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000106865  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01440  ribosomal protein S4  63.46 
 
 		 208 aa  265  4e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000107934  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0959  30S ribosomal protein S4  60.58 
 
 		 208 aa  263  1e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317804  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0705  30S ribosomal protein S4  60.1 
 
 		 208 aa  262  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000946412  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0242  30S ribosomal protein S4  65.87 
 
 		 208 aa  262  3e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3302  30S ribosomal protein S4  60.1 
 
 		 208 aa  262  3e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00160725 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1372  30S ribosomal protein S4  59.13 
 
 		 208 aa  261  4e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.179279  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2040  ribosomal protein S4  59.62 
 
 		 208 aa  261  6.999999999999999e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00652573  hitchhiker  0.00144976 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0652  30S ribosomal protein S4  60.19 
 
 		 208 aa  260  1e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000063481 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2832  30S ribosomal protein S4  58.65 
 
 		 208 aa  255  3e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80203  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1091  30S ribosomal protein S4  58.65 
 
 		 208 aa  255  4e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.510995  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1740  30S ribosomal protein S4  58.77 
 
 		 208 aa  253  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0408943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0727  30S ribosomal protein S4  59.33 
 
 		 209 aa  251  7e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2805  ribosomal protein S4  58.17 
 
 		 208 aa  250  9.000000000000001e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000815748  decreased coverage  0.00000000563481 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0222  SSU ribosomal protein S4P  61.72 
 
 		 209 aa  250  1e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.745829 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0104  30S ribosomal protein S4  57.35 
 
 		 208 aa  250  1e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166577 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1156  ribosomal protein S4  57.69 
 
 		 208 aa  249  2e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000923588  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0871  SSU ribosomal protein S4P  57.21 
 
 		 208 aa  249  2e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000406188  hitchhiker  0.0058792 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2305  ribosomal protein S4  57.89 
 
 		 209 aa  248  5e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00950883  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0252  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.66 
 
 		 208 aa  247  8e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.000000365501  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0449  30S ribosomal protein S4  60.58 
 
 		 208 aa  246  1e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0010581  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0685  30S ribosomal protein S4  57.82 
 
 		 208 aa  246  1e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2232  30S ribosomal protein S4  57.35 
 
 		 208 aa  245  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0017217  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2750  ribosomal protein S4  55.24 
 
 		 208 aa  245  3e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1497  ribosomal protein S4  61.14 
 
 		 208 aa  245  3e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1007  ribosomal protein S4  56.31 
 
 		 206 aa  245  4e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000469854  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3980  ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 209 aa  244  6.999999999999999e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0454614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0732  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.21 
 
 		 208 aa  242  1.9999999999999999e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00130119  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0791  30S ribosomal protein S4  55.29 
 
 		 208 aa  241  5e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.068053  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1581  ribosomal protein S4  53.08 
 
 		 208 aa  240  9e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.075327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1937  30S ribosomal protein S4  55.29 
 
 		 208 aa  240  1e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1319  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 209 aa  240  1e-62  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000360982  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1367  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 209 aa  240  1e-62  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000845169  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2044  30S ribosomal protein S4  54.81 
 
 		 208 aa  239  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0881453  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1920  30S ribosomal protein S4  54.81 
 
 		 208 aa  239  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1959  30S ribosomal protein S4  54.81 
 
 		 208 aa  239  2e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0429  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 209 aa  238  4e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.857828  normal  0.0845292 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0333  30S ribosomal protein S4  58.17 
 
 		 208 aa  236  1e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0897396  decreased coverage  0.000428085 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0980  30S ribosomal protein S4  58.1 
 
 		 209 aa  236  2e-61  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.40186  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1254  SSU ribosomal protein S4P  56.46 
 
 		 209 aa  235  4e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.119667  normal  0.172003 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1111  30S ribosomal protein S4  56.94 
 
 		 209 aa  231  5e-60  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000499385  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4480  ribosomal protein S4  57.21 
 
 		 208 aa  231  5e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.131718  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0353  ribosomal protein S4  54.81 
 
 		 208 aa  230  1e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152733  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0523  ribosomal protein S4  54.81 
 
 		 208 aa  230  1e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645379  unclonable  0.0000000000198285 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0344  30S ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 209 aa  226  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.423009  unclonable  0.0000000464518 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3313  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 209 aa  226  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 206 aa  224  9e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0194  30S ribosomal protein S4  55.98 
 
 		 206 aa  223  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127646  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3735  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 206 aa  223  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000110035  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4291  ribosomal protein S4  58.37 
 
 		 209 aa  222  3e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 206 aa  221  4e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 206 aa  221  4e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000964484  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0763  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.61 
 
 		 211 aa  221  4e-57  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 206 aa  221  4e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 206 aa  221  4e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 206 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 206 aa  221  7e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 206 aa  221  7e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 206 aa  221  7e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1117  30S ribosomal protein S4  54.81 
 
 		 208 aa  221  8e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.614224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3896  30S ribosomal protein S4  56.25 
 
 		 208 aa  220  9e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 206 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  55.5 
 
 		 206 aa  219  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3782  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.034256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3719  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0332489  normal  0.162839 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4287  30S ribosomal protein S4  55.77 
 
 		 208 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000360056 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3684  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00775419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  54.55 
 
 		 206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  55.98 
 
 		 206 aa  217  7.999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 206 aa  217  8.999999999999998e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0592  30S ribosomal protein S4  54.33 
 
 		 208 aa  217  8.999999999999998e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  55.02 
 
 		 206 aa  217  1e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0346  ribosomal protein S4  53.33 
 
 		 207 aa  216  2e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0347  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 206 aa  215  4e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0772249  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  54.55 
 
 		 206 aa  215  5e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2145  ribosomal protein S4  52.63 
 
 		 206 aa  215  5e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.592371 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 206 aa  214  5e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0429  30S ribosomal protein S4  54.07 
 
 		 206 aa  214  5.9999999999999996e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3798  30S ribosomal protein S4  53.59 
 
 		 206 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.108792  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 206 aa  214  8e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3976  30S ribosomal protein S4  53.11 
 
 		 206 aa  213  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>