More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2680 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 244 aa  504  9.999999999999999e-143  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  99.59 
 
 		 244 aa  502  1e-141  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  55.74 
 
 		 244 aa  279  3e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  54.51 
 
 		 244 aa  263  2e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  49.59 
 
 		 244 aa  251  9.000000000000001e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  48.36 
 
 		 246 aa  238  8e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  48.36 
 
 		 246 aa  238  8e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 245 aa  237  1e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 		 250 aa  236  3e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  45.08 
 
 		 259 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  44.9 
 
 		 250 aa  228  6e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  45.56 
 
 		 248 aa  228  7e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  45.56 
 
 		 248 aa  228  8e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  45.08 
 
 		 244 aa  224  7e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  46.72 
 
 		 245 aa  223  2e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 247 aa  222  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 244 aa  221  6e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 244 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 256 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 247 aa  218  7e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 246 aa  216  4e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 262 aa  214  9e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 252 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 252 aa  211  9e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 261 aa  207  1e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 245 aa  206  2e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 245 aa  206  3e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 245 aa  205  5e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 245 aa  205  5e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 245 aa  205  7e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 245 aa  204  7e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  40.57 
 
 		 249 aa  204  9e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 245 aa  204  1e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 245 aa  203  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 264 aa  203  2e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 245 aa  202  6e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 271 aa  201  8e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 245 aa  201  8e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  45.53 
 
 		 260 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  44.76 
 
 		 248 aa  196  3e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 247 aa  195  7e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  38.64 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 245 aa  189  2e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  39 
 
 		 262 aa  189  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 252 aa  189  5e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 247 aa  188  7e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 247 aa  188  7e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 247 aa  188  7e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 252 aa  188  7e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 247 aa  188  7e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 271 aa  188  8e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 252 aa  187  1e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 252 aa  187  1e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 246 aa  187  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 247 aa  187  2e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  43.32 
 
 		 250 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  37.14 
 
 		 278 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 		 252 aa  186  2e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 263 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 351 aa  186  3e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 261 aa  186  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 269 aa  186  3e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  36.07 
 
 		 270 aa  186  3e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 248 aa  185  4e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 250 aa  184  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 264 aa  185  7e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 245 aa  184  9e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 245 aa  184  9e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  37.34 
 
 		 264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 264 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 264 aa  183  2.0000000000000003e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  41.32 
 
 		 245 aa  182  4.0000000000000006e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 246 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  36.93 
 
 		 262 aa  182  6e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 262 aa  181  6e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 258 aa  182  6e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  36.71 
 
 		 274 aa  181  7e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  37.19 
 
 		 271 aa  181  1e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 259 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 251 aa  179  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 247 aa  179  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 261 aa  179  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 251 aa  179  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 254 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 245 aa  178  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  37.19 
 
 		 245 aa  178  5.999999999999999e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 249 aa  178  8e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 248 aa  178  9e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 259 aa  177  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 246 aa  177  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  39 
 
 		 269 aa  177  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  34.82 
 
 		 247 aa  176  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>