111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2479 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2479  lysM domain-containing protein  100 
 
 
520 aa  1050    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2189  lysM domain-containing protein  96.92 
 
 
520 aa  1022    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2402  peptidoglycan-binding LysM  23.8 
 
 
522 aa  163  8.000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0021  Peptidoglycan-binding LysM  24.16 
 
 
522 aa  155  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3794  peptidoglycan-binding LysM  21.82 
 
 
523 aa  130  7.000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2402  Peptidoglycan-binding LysM  25.3 
 
 
511 aa  126  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0598  peptidoglycan-binding LysM  24.43 
 
 
508 aa  106  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0193  Peptidoglycan-binding LysM  21.67 
 
 
536 aa  97.8  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21410  Peptidoglycan-binding LysM  20.45 
 
 
530 aa  96.7  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2106  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  22.85 
 
 
509 aa  71.6  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  54.55 
 
 
274 aa  63.2  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0053  peptidoglycan-binding LysM  24.28 
 
 
545 aa  62.8  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.60632  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0082  peptidoglycan-binding LysM  26.34 
 
 
567 aa  59.3  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  52.17 
 
 
327 aa  58.9  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  52.27 
 
 
409 aa  58.5  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13890  Peptidoglycan-binding LysM  47.73 
 
 
175 aa  54.7  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.582346  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1816  NLP/P60 protein  42.86 
 
 
330 aa  54.3  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00581974  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4545  spore coat assembly protein SafA  48.08 
 
 
604 aa  54.3  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00085857  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21400  Peptidoglycan-binding LysM  19.91 
 
 
500 aa  53.9  0.000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4559  spovid-dependent spore coat assembly factor safa; ftsk/spoiiie family protein; surface protein pspc  48.08 
 
 
613 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0690  SpoVID-dependent spore coat assembly factor SafA  46.15 
 
 
631 aa  53.1  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.538953  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  46.67 
 
 
301 aa  52.4  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  38.03 
 
 
341 aa  52.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2064  polysaccharide deacetylase  39.22 
 
 
368 aa  52.4  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000028992  hitchhiker  0.000502846 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2132  cell wall hydrolase SleB  42.11 
 
 
216 aa  52  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0648  peptidoglycan-binding LysM  44.68 
 
 
1225 aa  52  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.323072  normal  0.0929491 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4324  lysM domain-containing protein  46.15 
 
 
587 aa  51.2  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4161  spoVID-dependent spore coat assembly factor SafA; FtsK/SpoIIIE family protein; surface protein PspC  46.15 
 
 
609 aa  51.6  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4172  spoVID-dependent spore coat assembly factor; FtsK/SpoIIIE family protein; surface protein  46.15 
 
 
621 aa  51.6  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1583  peptidoglycan-binding LysM  44.68 
 
 
142 aa  51.2  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4507  spore coat assembly protein SafA  46.15 
 
 
615 aa  51.2  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0219196 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0922  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  45.65 
 
 
75 aa  50.8  0.00006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.005941  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2172  peptidase M23B  36.67 
 
 
284 aa  50.4  0.00008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3277  lysM domain-containing protein  45.65 
 
 
235 aa  50.1  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.914808  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2149  peptidoglycan-binding LysM  42.22 
 
 
709 aa  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4512  lysM domain-containing protein  51.06 
 
 
608 aa  49.7  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  40.82 
 
 
307 aa  49.7  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4273  spore coat assembly protein SafA  44.23 
 
 
721 aa  49.7  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1306  CHAP domain-containing protein  46.67 
 
 
372 aa  48.9  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.387302  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1331  CHAP domain-containing protein  46.67 
 
 
372 aa  48.9  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.745429  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1627  Peptidoglycan-binding LysM  43.75 
 
 
207 aa  48.9  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000379646 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  52.63 
 
 
338 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  40.43 
 
 
620 aa  48.9  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.61 
 
 
470 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1982  LysM domain-containing protein  50 
 
 
184 aa  48.5  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0546  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  47.73 
 
 
415 aa  48.5  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4659  lysm domain-containing protein  48.94 
 
 
582 aa  48.1  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00627115  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3142  spore coat assembly protein SafA  44.23 
 
 
674 aa  47.8  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.104035  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4425  cell wall hydrolase SleB  46.67 
 
 
286 aa  48.1  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0508  spore coat assembly protein SafA  45.28 
 
 
203 aa  48.1  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3452  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  42 
 
 
335 aa  48.1  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0300  Allergen V5/Tpx-1 related  42 
 
 
205 aa  47.8  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.022059  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 
173 aa  47.8  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3195  peptidoglycan-binding LysM  38.3 
 
 
754 aa  47.4  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000999045  decreased coverage  0.00000682898 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2089  Peptidase M23  34.33 
 
 
751 aa  47.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000016694 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0805  cell wall-associated hydrolase  43.18 
 
 
395 aa  47.4  0.0007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0271814  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3226  peptidoglycan-binding LysM  43.48 
 
 
230 aa  47  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.201779 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0050  Peptidoglycan-binding LysM  28.74 
 
 
507 aa  47  0.0009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1571  Lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 
539 aa  47  0.0009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.55441  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3022  NLP/P60 protein  37.5 
 
 
289 aa  46.6  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  45.83 
 
 
1556 aa  46.6  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2634  peptidoglycan-binding LysM  32 
 
 
302 aa  46.2  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.258799 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0920  spore coat assembly protein SafA  44 
 
 
538 aa  46.6  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2528  spore coat assembly protein SafA  42.31 
 
 
432 aa  46.6  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2988  lytic transglycosylase  44.19 
 
 
503 aa  45.8  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1199  LysM repeat-containing muramidase  44.19 
 
 
390 aa  45.4  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00727449  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1839  aggregation promoting factor-like surface protein  40.43 
 
 
200 aa  45.4  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0093  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40.91 
 
 
192 aa  45.8  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4490  peptidoglycan-binding LysM  45.65 
 
 
744 aa  45.8  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.474839  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  39.53 
 
 
568 aa  45.4  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0954  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.85 
 
 
422 aa  45.4  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  42.22 
 
 
447 aa  45.8  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1825  Peptidoglycan-binding LysM  37.78 
 
 
128 aa  45.4  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04840  peptidase M23B  42 
 
 
419 aa  45.8  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000479397  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2470  Peptidase M23  45 
 
 
332 aa  45.8  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0397928 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0200  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
175 aa  45.8  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.502395  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0876  stage VI sporulation protein D  33.93 
 
 
351 aa  45.4  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2406  peptidase M23B  40 
 
 
283 aa  45.4  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000810221  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1429  cell wall hydrolase, SleB  42.22 
 
 
267 aa  45.1  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000499844  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1776  cell wall hydrolase SleB  39.58 
 
 
194 aa  45.4  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  41.3 
 
 
465 aa  44.7  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1153  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  41.3 
 
 
429 aa  44.7  0.004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0116595  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2843  peptidoglycan-binding LysM  42.22 
 
 
187 aa  44.7  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.175188  normal  0.0579313 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  43.75 
 
 
509 aa  44.7  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1636  Peptidoglycan-binding LysM  41.3 
 
 
109 aa  44.3  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3005  peptidoglycan-binding LysM  34.69 
 
 
423 aa  44.3  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000564074  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0068  cell wall hydrolase/autolysin  39.06 
 
 
560 aa  44.7  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  39.58 
 
 
555 aa  44.7  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2055  peptidoglycan-binding LysM  42.55 
 
 
333 aa  44.3  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000227262  normal  0.0328069 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  23.19 
 
 
612 aa  43.9  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  23.19 
 
 
612 aa  43.9  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2495  Peptidase M23  35.42 
 
 
331 aa  43.9  0.007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0496  peptidoglycan-binding LysM  34.04 
 
 
337 aa  43.9  0.007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0756826 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0052  hypothetical protein  16.89 
 
 
481 aa  43.9  0.007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0618003  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  38.24 
 
 
301 aa  43.9  0.007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1755  NLP/P60 protein  38 
 
 
255 aa  43.9  0.007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3015  Peptidase M23  39.53 
 
 
274 aa  43.5  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.508636  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3272  hypothetical protein  35.29 
 
 
250 aa  43.5  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3268  hypothetical protein  35.29 
 
 
250 aa  43.5  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3206  YgeR  35.29 
 
 
250 aa  43.5  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.317836 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>