116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2332 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2332  amino acid permease family protein  100 
 
 
496 aa  989    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2046  amino acid permease family protein  99.19 
 
 
496 aa  984    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00903  predicted transporter  60.67 
 
 
476 aa  617  1e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2744  amino acid permease-associated region  60.67 
 
 
476 aa  617  1e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397041  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00910  hypothetical protein  60.67 
 
 
476 aa  617  1e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.913245  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1005  amino acid permease family protein  60.33 
 
 
540 aa  617  1e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0976  amino acid permease family protein  60.33 
 
 
540 aa  617  1e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.953218  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2697  amino acid permease-associated region  60.67 
 
 
476 aa  617  1e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2220  amino acid permease family protein  60.67 
 
 
476 aa  617  1e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.52526 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1062  amino acid permease family protein  60.46 
 
 
476 aa  615  1e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1002  inner membrane transporter YcaM  60.21 
 
 
473 aa  608  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1067  inner membrane transporter YcaM  60.21 
 
 
473 aa  608  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.154382  normal  0.709783 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1082  inner membrane transporter YcaM  60.21 
 
 
473 aa  608  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224417  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0973  inner membrane transporter YcaM  60.21 
 
 
473 aa  608  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1033  inner membrane transporter YcaM  60.21 
 
 
473 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.843228 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1311  amino acid transporter  48.44 
 
 
516 aa  414  1e-114  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130405  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1695  amino acid transporter  38.98 
 
 
480 aa  340  4e-92  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00330646  decreased coverage  1.25344e-25 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1880  amino acid transporter  34.08 
 
 
492 aa  311  2e-83  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000114764  hitchhiker  0.000000000709791 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1012  amino acid permease family protein  27.06 
 
 
489 aa  196  9e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000367074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1181  amino acid permease family protein  27.2 
 
 
489 aa  193  7e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0293618  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0159  amino acid permease family protein  30.18 
 
 
495 aa  192  8e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0155  amino acid permease  30.18 
 
 
495 aa  192  1e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1400  amino acid permease family protein  26.75 
 
 
498 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00116878  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1212  amino acid permease yshA  27.97 
 
 
498 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0367716  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3545  amino acid permease family protein  24.18 
 
 
477 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3260  amino acid permease family protein  24.18 
 
 
477 aa  127  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4392  amino acid permease family protein  24.18 
 
 
477 aa  127  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0622  amino acid permease-associated region  23.36 
 
 
477 aa  127  7e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1975  amino acid permease-associated region  23.64 
 
 
496 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0141312 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3372  amino acid permease family protein  25.5 
 
 
477 aa  125  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02947  predicted transporter  23.16 
 
 
477 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0623  amino acid permease-associated region  23.16 
 
 
477 aa  123  8e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1995  amino acid transporter  26.4 
 
 
507 aa  122  9.999999999999999e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0293042  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002656  putative oxidoreductase  25.33 
 
 
477 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1217  amino acid permease family protein  25.22 
 
 
540 aa  121  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0249423  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1034  amino acid permease family protein  24.78 
 
 
540 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.696759  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4627  amino acid permease family protein  23.11 
 
 
514 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.592733  normal  0.0531629 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04028  predicted transporter  22.58 
 
 
500 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853032  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4400  amino acid permease family protein  22.58 
 
 
500 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3854  amino acid permease-associated region  22.8 
 
 
500 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146223 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03990  hypothetical protein  22.58 
 
 
489 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.826607  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5674  amino acid permease family protein  22.58 
 
 
514 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.270283  normal  0.215143 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3834  amino acid permease-associated region  22.58 
 
 
514 aa  115  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4715  amino acid permease family protein  23.41 
 
 
500 aa  113  8.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.212622  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4706  inner membrane transporter YjeM  23.6 
 
 
500 aa  111  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.929482  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4763  inner membrane transporter YjeM  23.6 
 
 
500 aa  111  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.520052 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4615  inner membrane transporter YjeM  23.6 
 
 
500 aa  111  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4623  inner membrane transporter YjeM  23.6 
 
 
500 aa  111  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4742  inner membrane transporter YjeM  23.38 
 
 
493 aa  109  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1382  amino acid permease-associated region  25.69 
 
 
501 aa  103  8e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.320464  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1226  amino acid permease-associated region  24.87 
 
 
497 aa  100  7e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0828  amino acid transporter  22.71 
 
 
502 aa  96.7  9e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000137053  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2190  amino acid permease-associated region  23.04 
 
 
497 aa  80.9  0.00000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1892  hypothetical protein  24.12 
 
 
473 aa  78.2  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1881  hypothetical protein  25.08 
 
 
473 aa  75.1  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0671  amino acid permease-associated region  23.1 
 
 
500 aa  73.6  0.000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.122494  hitchhiker  0.0000196904 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03339  hypothetical protein  21.15 
 
 
476 aa  71.2  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02485  hypothetical protein  23.99 
 
 
475 aa  70.5  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2031  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  23.1 
 
 
472 aa  68.9  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0046  amino acid permease-associated region  23.94 
 
 
495 aa  67  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2105  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  25.2 
 
 
511 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.902861  normal  0.230296 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01450  predicted glutamate:gamma-aminobutyric acid antiporter  25.2 
 
 
511 aa  67  0.0000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2155  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  25.2 
 
 
511 aa  67  0.0000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.316259  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01463  hypothetical protein  25.2 
 
 
511 aa  67  0.0000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1577  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  25.2 
 
 
511 aa  67  0.0000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  25.2 
 
 
511 aa  67  0.0000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2165  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  25.2 
 
 
511 aa  67  0.0000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0669643  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1755  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  25.2 
 
 
511 aa  67  0.0000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.489766  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0677  amino acid permease-associated region  22.25 
 
 
500 aa  67  0.0000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.148387 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3446  amino acid permease-associated region  22.92 
 
 
455 aa  66.6  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1297  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  25.84 
 
 
485 aa  65.5  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00362427  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1501  amino acid permease family protein  21.11 
 
 
474 aa  65.5  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  24.93 
 
 
511 aa  65.9  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6600  amino acid permease-associated region  24.44 
 
 
490 aa  65.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0552  glutamate/GABA antiporter  19.44 
 
 
506 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1434  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  21.36 
 
 
474 aa  65.1  0.000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.298101  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1507  glutamate:gamma-aminobutyrate antiporter family protein  26.22 
 
 
485 aa  63.9  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0581388  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2317  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter family protein  21.78 
 
 
472 aa  63.5  0.000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0653  amino acid permease family protein  21.65 
 
 
472 aa  62.8  0.00000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003630  amino acid/polyamine  23.68 
 
 
475 aa  63.2  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1050  hypothetical protein  21.2 
 
 
473 aa  62.4  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.95455 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0883  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  20.87 
 
 
511 aa  61.6  0.00000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3825  glutamate/gamma-aminobutyrate anti-porter  19.92 
 
 
506 aa  60.1  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0047  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  23.38 
 
 
494 aa  60.1  0.00000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2121  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  20.82 
 
 
476 aa  60.1  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0063  amino acid antiporter  21.07 
 
 
470 aa  59.7  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0388  putative amino acid permease  22.93 
 
 
467 aa  58.5  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1660  hypothetical protein  21.98 
 
 
464 aa  55.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1654  hypothetical protein  21.95 
 
 
464 aa  55.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0047  amino acid permease-associated region  23.56 
 
 
499 aa  55.1  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0708  amino acid permease-associated region  23.1 
 
 
480 aa  54.7  0.000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000156631 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2961  amino acid permease-associated region  21.17 
 
 
481 aa  54.3  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.408205 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0470  hypothetical protein  22.83 
 
 
467 aa  53.5  0.000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0446  hypothetical protein  22.83 
 
 
467 aa  53.5  0.000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0037  amino acid permease-associated region  22.71 
 
 
494 aa  50.1  0.00009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.877998 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1536  amino acid transporter  23.23 
 
 
476 aa  49.7  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0652543  normal  0.377188 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0145  amino acid permease-associated region  22.03 
 
 
474 aa  49.3  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.270718  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0957  amino acid permease family protein  21.53 
 
 
411 aa  48.5  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.253131  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2849  amino acid permease  24.46 
 
 
471 aa  47  0.0008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.714889  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0097  amino acid transporter  25.21 
 
 
465 aa  45.4  0.003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000513472  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>