More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2204 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
201 aa  399  9.999999999999999e-111  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  97.51 
 
 
201 aa  392  1e-108  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.57 
 
 
202 aa  171  1e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.26 
 
 
187 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.5 
 
 
199 aa  151  5e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1333  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.83 
 
 
203 aa  144  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000329731  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.78 
 
 
195 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4506  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.13 
 
 
205 aa  135  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0564328  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4316  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.13 
 
 
205 aa  135  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00104076  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4154  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.13 
 
 
205 aa  135  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000374115  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4165  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.13 
 
 
205 aa  135  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000436229  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4555  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.13 
 
 
205 aa  135  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00127574  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4651  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.13 
 
 
205 aa  135  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00216004  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4500  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.13 
 
 
541 aa  135  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000049576 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.13 
 
 
203 aa  135  5e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4268  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
205 aa  134  9e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00764236  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4540  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
205 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000252775  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0695  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
205 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000711774  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0414  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
192 aa  132  3e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.22 
 
 
199 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3138  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.16 
 
 
205 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000211786  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.68 
 
 
202 aa  130  9e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
205 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
205 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3345  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.2 
 
 
193 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238137 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.54 
 
 
194 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.57 
 
 
202 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
205 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.68 
 
 
202 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0616  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.69 
 
 
193 aa  129  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.5 
 
 
205 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.35 
 
 
201 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.35 
 
 
201 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.23 
 
 
205 aa  128  7.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060055  normal  0.258281 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.18 
 
 
202 aa  127  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0321  Holliday junction DNA helicase RuvA  36 
 
 
203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0086  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.87 
 
 
192 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  36.36 
 
 
206 aa  126  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1583  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.82 
 
 
193 aa  125  3e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.281985  normal  0.49857 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1879  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.63 
 
 
193 aa  125  3e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000619466  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3067  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.47 
 
 
205 aa  125  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.32025  normal  0.444921 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1112  Holliday junction DNA helicase RuvA  37 
 
 
197 aa  125  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.810212  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.27 
 
 
197 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.38 
 
 
199 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.47 
 
 
197 aa  125  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4169  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.8 
 
 
205 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337452  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3626  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.87 
 
 
198 aa  124  6e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0674583  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3522  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.88 
 
 
206 aa  124  6e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1732  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.2 
 
 
200 aa  124  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.25398  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.98 
 
 
200 aa  124  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1699  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.2 
 
 
200 aa  124  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.81438  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.83 
 
 
193 aa  123  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0111  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.63 
 
 
205 aa  123  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.166513 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3775  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.21 
 
 
193 aa  123  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.500335  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.25 
 
 
197 aa  123  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4271  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.78 
 
 
205 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.580412  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0269  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.3 
 
 
204 aa  123  2e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12850  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  36.68 
 
 
194 aa  123  2e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.85 
 
 
200 aa  122  3e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1290  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.63 
 
 
205 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2305  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.01 
 
 
196 aa  122  5e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.765847 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2266  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.01 
 
 
196 aa  122  5e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0005  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.22 
 
 
205 aa  122  5e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000354643  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2313  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.01 
 
 
196 aa  122  5e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2096  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.76 
 
 
196 aa  121  6e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3365  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.29 
 
 
193 aa  121  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2354  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.29 
 
 
193 aa  121  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3406  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.29 
 
 
193 aa  121  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0267  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.29 
 
 
193 aa  121  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3400  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.29 
 
 
193 aa  121  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2533  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.29 
 
 
193 aa  121  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1129  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.29 
 
 
193 aa  121  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.5 
 
 
208 aa  121  7e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0373691  normal  0.232261 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2522  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.36 
 
 
201 aa  121  7e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000919135  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.24 
 
 
193 aa  121  9e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.34 
 
 
200 aa  121  9e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.98 
 
 
199 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1797  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.18 
 
 
214 aa  120  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113537 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07040  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  33.82 
 
 
197 aa  120  1.9999999999999998e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00385536  normal  0.295964 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.98 
 
 
199 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0850  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.91 
 
 
205 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1231  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.18 
 
 
224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1206  Holliday junction DNA helicase RuvA  39 
 
 
200 aa  119  3e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000238701  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1088  DNA recombination protein RuvA  31.6 
 
 
212 aa  119  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153708  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2064  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.68 
 
 
206 aa  119  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3236  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.74 
 
 
192 aa  119  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0501  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.32 
 
 
193 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2725  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.91 
 
 
205 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0150  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.95 
 
 
217 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.17 
 
 
198 aa  119  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6908  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.43 
 
 
205 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2556  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.2 
 
 
193 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.209185  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.64 
 
 
200 aa  118  4.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.488567  normal  0.0220774 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1372  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.63 
 
 
205 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0616  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.1 
 
 
196 aa  118  4.9999999999999996e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00649233  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1646  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.51 
 
 
205 aa  118  6e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1703  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.51 
 
 
205 aa  118  6e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.314833  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.33 
 
 
200 aa  118  6e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.38 
 
 
198 aa  118  6e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0139  Holliday junction DNA helicase RuvA  33.33 
 
 
199 aa  118  7e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>