More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2021 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2021  sporulation sigma factor SigK  100 
 
 
233 aa  466  9.999999999999999e-131  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.653409  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1738  sporulation sigma factor SigK  99.57 
 
 
233 aa  464  9.999999999999999e-131  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.475543  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1501  sporulation sigma factor SigK  65.73 
 
 
231 aa  282  3.0000000000000004e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1012  sporulation sigma factor SigK  61.47 
 
 
236 aa  270  1e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000934138  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0982  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  56.89 
 
 
256 aa  246  2e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2798  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigK  58.48 
 
 
234 aa  244  8e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05860  sporulation sigma factor SigK  52.84 
 
 
232 aa  242  3.9999999999999997e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000165586  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0517  sporulation sigma factor SigK  52.99 
 
 
244 aa  231  1e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1582  sporulation sigma factor SigK  55.77 
 
 
226 aa  229  2e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000492275  normal  0.195753 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4421  sporulation sigma factor SigK  55.71 
 
 
265 aa  228  4e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3065  sporulation sigma factor SigK  56.16 
 
 
237 aa  229  4e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4190  sporulation sigma factor SigK  55.71 
 
 
237 aa  228  6e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4236  sporulation sigma factor SigK  55.71 
 
 
237 aa  228  6e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4074  sporulation sigma factor SigK  55.71 
 
 
237 aa  228  6e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4472  sporulation sigma factor SigK  55.71 
 
 
237 aa  228  6e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4084  sporulation sigma factor SigK  55.71 
 
 
237 aa  228  6e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4566  sporulation sigma factor SigK  55.71 
 
 
237 aa  228  6e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4459  sporulation sigma factor SigK  55.71 
 
 
237 aa  228  6e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177817  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0778  sporulation sigma factor SigK  55.71 
 
 
237 aa  228  6e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.377161  hitchhiker  0.0088749 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2471  sporulation sigma factor SigK  53.15 
 
 
236 aa  227  1e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2020  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigK  51.1 
 
 
239 aa  225  4e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.851025  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3546  sporulation sigma factor SigK  50.66 
 
 
249 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0982  sporulation sigma factor SigK  52.78 
 
 
245 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0736  sporulation sigma factor SigK  52.11 
 
 
219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000259555  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2290  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  57.95 
 
 
207 aa  211  5.999999999999999e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.345877  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1290  sporulation sigma factor SigE  47.64 
 
 
249 aa  206  3e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0852  sporulation sigma factor SigE  48.82 
 
 
243 aa  204  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0114797  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2001  sporulation sigma factor SigE  50 
 
 
241 aa  199  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000755771  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0835  sporulation sigma factor SigE  46.01 
 
 
240 aa  198  7.999999999999999e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.935984  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3731  sporulation sigma factor SigE  45.28 
 
 
239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000278458  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3949  sporulation sigma factor SigE  45.28 
 
 
239 aa  196  3e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000781708  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3755  sporulation sigma factor SigE  45.28 
 
 
239 aa  196  3e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00369355  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4005  sporulation sigma factor SigE  45.28 
 
 
239 aa  196  3e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00100878  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3646  sporulation sigma factor SigE  45.28 
 
 
239 aa  196  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000510031  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3663  sporulation sigma factor SigE  45.28 
 
 
239 aa  196  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000395259  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1236  sporulation sigma factor SigE  45.28 
 
 
239 aa  196  3e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000024975  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4043  sporulation sigma factor SigE  45.28 
 
 
239 aa  196  3e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000123936  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3957  sporulation sigma factor SigE  45.28 
 
 
239 aa  196  3e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000112899  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3918  sporulation sigma factor SigE  45.28 
 
 
239 aa  196  3e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000071882 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1030  sporulation sigma factor SigE  44.34 
 
 
239 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000129886  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1310  sporulation sigma factor SigE  47.64 
 
 
239 aa  195  4.0000000000000005e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000184343  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2553  sporulation sigma factor SigE  45.28 
 
 
239 aa  194  7e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000344705  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0686  sporulation sigma factor SigE  46.23 
 
 
241 aa  194  9e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.144622  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1900  sporulation sigma factor SigE  42.86 
 
 
239 aa  194  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09150  sporulation sigma factor SigE  44.81 
 
 
245 aa  192  3e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000261644  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1066  sporulation sigma factor SigE  44.81 
 
 
241 aa  191  6e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000178993  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2062  sporulation sigma factor SigE  44.34 
 
 
243 aa  191  7e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000360983  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0447  sporulation sigma factor SigE  46.01 
 
 
244 aa  191  7e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000743913  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2015  sporulation sigma factor SigE  45.75 
 
 
235 aa  191  1e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.785691  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1733  sporulation sigma factor SigE  45.75 
 
 
235 aa  191  1e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0265453  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1426  sporulation sigma factor SigE  44.81 
 
 
241 aa  190  2e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.126635  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0787  sporulation sigma factor SigE  43.28 
 
 
244 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.761292  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2469  sporulation sigma factor SigE  47.71 
 
 
246 aa  186  2e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130703  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1553  sporulation sigma factor SigE  44.86 
 
 
242 aa  184  8e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000347236  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4054  sporulation sigma factor SigE  46.23 
 
 
249 aa  177  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000091924  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2655  sporulation sigma factor SigK  41.67 
 
 
232 aa  156  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4418  RNA polymerase sigma-K factor  54.89 
 
 
149 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0997  sigma-70 region 2 domain-containing protein  57.14 
 
 
118 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0912  sigma-70 region 4 domain-containing protein  58.41 
 
 
118 aa  122  6e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1770  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG family  57.84 
 
 
114 aa  118  7.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.692748  normal  0.378996 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0501  sigma 28 (flagella/sporulation)  47.54 
 
 
126 aa  115  7.999999999999999e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1737  putative RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG family  54.13 
 
 
113 aa  113  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0277937 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0788  sporulation sigma factor SigG  32.16 
 
 
255 aa  103  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.667987  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0863  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  30.98 
 
 
245 aa  100  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2468  sporulation sigma factor SigG  32.68 
 
 
260 aa  98.2  9e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000740675  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09160  sporulation sigma factor SigG  30.55 
 
 
260 aa  97.8  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000197734  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3442  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigF  32.52 
 
 
261 aa  96.3  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0577  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  31.98 
 
 
280 aa  95.5  6e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2000  sporulation sigma factor SigG  29.74 
 
 
256 aa  93.6  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000480045  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1552  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigG  30 
 
 
256 aa  93.2  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178805  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2001  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  32.13 
 
 
270 aa  90.9  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.605415  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1031  sporulation sigma factor SigG  28.1 
 
 
259 aa  91.3  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000174079  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1901  sporulation sigma factor SigG  28.1 
 
 
259 aa  90.5  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1680  RNA polymerase, sigma 28 subunit, Sig B/F/G subfamily  32.07 
 
 
232 aa  89.7  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1067  sporulation sigma factor SigG  28.46 
 
 
257 aa  89.7  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000166979  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2014  sporulation sigma factor SigG  28.85 
 
 
257 aa  89.7  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0064  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  31.1 
 
 
285 aa  89.4  4e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.534501  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1732  sporulation sigma factor SigG  28.85 
 
 
257 aa  89.7  4e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0249664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1237  sporulation sigma factor SigG  29.26 
 
 
259 aa  89.4  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000299824  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1343  RpoD family RNA polymerase sigma factor  28.11 
 
 
407 aa  89  6e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000691641  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1343  RpoD family RNA polymerase sigma factor  28.11 
 
 
407 aa  89  6e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000061259  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3948  sporulation sigma factor SigG  29.26 
 
 
289 aa  88.6  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000196829  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3754  sporulation sigma factor SigG  29.26 
 
 
289 aa  88.6  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000419985  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3645  sporulation sigma factor SigG  29.26 
 
 
289 aa  88.6  7e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.74076e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3662  sporulation sigma factor SigG  29.26 
 
 
289 aa  88.6  7e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000167357  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4042  sporulation sigma factor SigG  28.89 
 
 
259 aa  87.8  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000307551  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3955  sporulation sigma factor SigG  28.89 
 
 
259 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000614575  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3917  sporulation sigma factor SigG  28.89 
 
 
259 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000372162 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0836  sporulation sigma factor SigG  29.22 
 
 
234 aa  88.2  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.904059  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3730  sporulation sigma factor SigG  29.26 
 
 
292 aa  88.2  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000187869  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4361  RNA polymerase sigma-K factor  57.78 
 
 
100 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4004  sporulation sigma factor SigG  28.89 
 
 
259 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000100542  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1291  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigG  28.04 
 
 
259 aa  87  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2552  sporulation sigma factor SigG  28.89 
 
 
259 aa  87  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000004552  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0624  RNA polymerase sigma factor RpoD  27.71 
 
 
361 aa  87  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00076534  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1241  DNA-directed RNA polymerase, sigma subunit (sigma70/sigma32)  28.94 
 
 
432 aa  87.4  2e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00483871  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1410  RNA polymerase sigma factor RpoD  30 
 
 
390 aa  86.3  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.414735  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2817  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  30 
 
 
390 aa  86.7  3e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00156659  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0895  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.33 
 
 
358 aa  86.3  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000160053  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  30.8 
 
 
374 aa  86.3  4e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000700134  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>