More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1939 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  100 
 
 
116 aa  229  8e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  100 
 
 
116 aa  229  8e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  61.68 
 
 
117 aa  136  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  60.19 
 
 
123 aa  135  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  50.45 
 
 
119 aa  126  1e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  48.18 
 
 
132 aa  112  2e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.64371e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  45.05 
 
 
120 aa  110  5e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  47.75 
 
 
127 aa  107  4e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  46.09 
 
 
125 aa  107  6e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  45.61 
 
 
122 aa  106  8e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  46.85 
 
 
126 aa  106  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  8.26248e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  47.27 
 
 
118 aa  106  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  47.27 
 
 
118 aa  106  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  47.27 
 
 
118 aa  106  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  44.83 
 
 
132 aa  105  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  50 
 
 
119 aa  105  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  46.9 
 
 
133 aa  104  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 
118 aa  103  6e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 
118 aa  103  6e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 
118 aa  103  7e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 
118 aa  103  7e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 
118 aa  103  8e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  45.05 
 
 
122 aa  103  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  5.70949e-12  hitchhiker  1.54001e-07 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 
118 aa  103  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.32995e-63 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  45.45 
 
 
118 aa  102  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  3.6841e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  46.36 
 
 
118 aa  102  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  42.86 
 
 
131 aa  100  8e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  42.48 
 
 
131 aa  100  9e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  1.45103e-05  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  41.96 
 
 
121 aa  99.4  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  41.82 
 
 
137 aa  98.2  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  43.86 
 
 
119 aa  98.2  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  39.82 
 
 
134 aa  97.8  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  41.03 
 
 
128 aa  97.1  8e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  41.03 
 
 
128 aa  97.1  8e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  40.54 
 
 
127 aa  97.1  8e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  39.82 
 
 
116 aa  96.3  1e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  45.37 
 
 
128 aa  96.3  1e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  39.13 
 
 
118 aa  96.3  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 
116 aa  96.7  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 
130 aa  96.7  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  39.25 
 
 
133 aa  94  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  36.94 
 
 
140 aa  93.2  1e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0355  ribosome-binding factor A  41.96 
 
 
137 aa  93.2  1e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.417644  normal  0.687785 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  36.61 
 
 
139 aa  92.4  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  40.74 
 
 
123 aa  91.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  40 
 
 
129 aa  90.9  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  40.91 
 
 
132 aa  90.9  6e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  36.61 
 
 
130 aa  90.9  6e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  41.07 
 
 
132 aa  90.5  6e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  40 
 
 
133 aa  90.5  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  40 
 
 
133 aa  90.9  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 
130 aa  90.5  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  40 
 
 
133 aa  90.1  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  40 
 
 
133 aa  90.1  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 
131 aa  90.1  9e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  40 
 
 
133 aa  89.4  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 
133 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 
133 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 
133 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 
133 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 
133 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 
133 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 
133 aa  89.7  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  39.09 
 
 
133 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 
133 aa  89.7  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 
119 aa  89.7  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  38.74 
 
 
136 aa  89.4  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 
132 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 
132 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 
133 aa  88.6  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 
132 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 
132 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 
133 aa  88.6  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 
119 aa  88.6  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  41.35 
 
 
121 aa  88.6  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 
119 aa  88.2  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.52845e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  41.07 
 
 
132 aa  88.6  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 
133 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 
142 aa  87  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  36.21 
 
 
140 aa  87  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 
138 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 
134 aa  86.7  1e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  36.7 
 
 
121 aa  85.9  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  33.03 
 
 
138 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 
125 aa  85.5  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 
122 aa  84.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  36.7 
 
 
131 aa  85.5  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  37.72 
 
 
126 aa  85.1  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  32.41 
 
 
129 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0982  ribosome-binding factor A  33.93 
 
 
118 aa  84.7  4e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.385895  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 
147 aa  84.3  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  36.7 
 
 
137 aa  84.7  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 
123 aa  84  6e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 
146 aa  84  7e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.06496e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 
146 aa  84  7e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0873  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 
118 aa  83.6  9e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.31797e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_854  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 
118 aa  83.6  9e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000358033  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 
146 aa  83.2  1e-15  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  2.6303e-05 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  36.84 
 
 
136 aa  83.2  1e-15  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1480  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 
123 aa  82  2e-15  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243092  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>