More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1937 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 294 aa  595  1e-169  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  98.3 
 
 		 294 aa  585  1e-166  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  46.51 
 
 		 297 aa  251  1e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 309 aa  240  2e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  44.97 
 
 		 307 aa  238  8e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  43.94 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  46.64 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  39.78 
 
 		 292 aa  216  5e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  39.04 
 
 		 294 aa  215  9e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  43.48 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  41.44 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  43.94 
 
 		 295 aa  208  9e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  40.89 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 283 aa  206  3e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  39.01 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  37.25 
 
 		 308 aa  205  7e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  49.53 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  45.06 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 		 314 aa  203  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  40.21 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  38.56 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  41.44 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 		 314 aa  203  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 314 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 		 314 aa  202  4e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 		 314 aa  202  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  36.69 
 
 		 314 aa  202  4e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 		 314 aa  202  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 		 314 aa  202  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  36.69 
 
 		 314 aa  202  4e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  37.34 
 
 		 318 aa  201  8e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 		 302 aa  201  9e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 314 aa  201  9e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  37.66 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  37.25 
 
 		 308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  37.32 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  46.01 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  36.04 
 
 		 314 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  39.12 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  36.84 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 		 308 aa  199  5e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  37.34 
 
 		 314 aa  199  5e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  35.71 
 
 		 314 aa  199  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  35.71 
 
 		 314 aa  199  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 307 aa  198  9e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  37.72 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  35.71 
 
 		 314 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  43.81 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  39.92 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  34.55 
 
 		 319 aa  196  3e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  37.46 
 
 		 311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  41.25 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  39.15 
 
 		 305 aa  196  6e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  37.23 
 
 		 308 aa  195  6e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 		 303 aa  195  7e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  41.25 
 
 		 307 aa  195  9e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  40.86 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  41.25 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  41.25 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  41.25 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  40.86 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  38.08 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  41.25 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  40.86 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  36.54 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 		 314 aa  193  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  47.25 
 
 		 318 aa  193  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  36.54 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1447  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 		 299 aa  192  4e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000785982  normal  0.274975 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  37.46 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  44.12 
 
 		 308 aa  192  6e-48  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  47.03 
 
 		 317 aa  192  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  35.31 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  36.04 
 
 		 291 aa  192  6e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  38.57 
 
 		 293 aa  192  7e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 309 aa  192  7e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  38.57 
 
 		 293 aa  192  7e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  40.21 
 
 		 298 aa  191  9e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  36.71 
 
 		 309 aa  191  9e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  41.09 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  38.51 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  36.88 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  46.58 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  44.39 
 
 		 314 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  37.12 
 
 		 311 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  36.45 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 304 aa  189  4e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  37.21 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>