More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1490 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1490  putative tetracycline resistance protein  100 
 
 		 462 aa  897    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000919322  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1279  tetracycline resistance protein, putative  96.54 
 
 		 462 aa  873    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000123151  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0128  major facilitator transporter  50.22 
 
 		 450 aa  383  1e-105  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.65007  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0123  major facilitator transporter  50.22 
 
 		 450 aa  383  1e-105  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0178654  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0578  transporter, major facilitator family protein  30.4 
 
 		 467 aa  198  1.0000000000000001e-49  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.199394 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0580  transporter, major facilitator family protein  27.09 
 
 		 481 aa  177  5e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.593311 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1115  major facilitator family transporter  26.79 
 
 		 463 aa  156  9e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102982 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0948  metal-tetracycline/H+ antiporter  26.89 
 
 		 463 aa  155  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000160748  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0970  major facilitator family transporter  26.79 
 
 		 463 aa  155  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.192383  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1037  major facilitator family transporter  26.79 
 
 		 463 aa  155  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.873754  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0958  major facilitator family metal-tetracycline/H(+) antiporter  26.48 
 
 		 463 aa  150  5e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000104996  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4221  tetracycline resistence protein, metal-tetracycline/H+ antiporter  27.63 
 
 		 444 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.166482  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4380  major facilitator family transporter  27.63 
 
 		 441 aa  131  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000603608  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4718  major facilitator family transporter  27.63 
 
 		 441 aa  131  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00116069  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4574  major facilitator family transporter  27.63 
 
 		 441 aa  131  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4590  major facilitator family transporter  27.89 
 
 		 441 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.41529  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4624  major facilitator family transporter  27.37 
 
 		 441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0497223  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4605  major facilitator family transporter  31.38 
 
 		 441 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.657733  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0630  major facilitator family transporter  26.84 
 
 		 441 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1058  major facilitator transporter  22.54 
 
 		 471 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.111803  n/a   
 
 
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NC_008346  Swol_1125  drug resistance transporter, EmrB/QacA family protein  25 
 
 		 462 aa  104  3e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1253  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.62 
 
 		 482 aa  103  5e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.35553  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1052  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  24.59 
 
 		 496 aa  102  2e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.923754  normal  0.334038 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1211  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.43 
 
 		 474 aa  100  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2717  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.74 
 
 		 509 aa  95.1  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00105313 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1448  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.62 
 
 		 482 aa  94.4  4e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.307254  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4349  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.97 
 
 		 493 aa  94.4  4e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3362  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.87 
 
 		 539 aa  92.8  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09340  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.49 
 
 		 494 aa  92  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3254  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.54 
 
 		 531 aa  91.3  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3005  EmrB/QacA family drug resistance transporter  20.47 
 
 		 512 aa  90.5  6e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216237  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1765  major facilitator transporter  24.64 
 
 		 471 aa  90.1  7e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.719018  decreased coverage  0.000452829 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1880  major facilitator superfamily permease  24.27 
 
 		 503 aa  90.1  7e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0100  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.86 
 
 		 524 aa  89  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3372  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.96 
 
 		 476 aa  88.6  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000356155  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3698  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  25.31 
 
 		 483 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1888  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  20.15 
 
 		 505 aa  88.2  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.170605  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6584  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23 
 
 		 502 aa  87  6e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7319  major facilitator transporter  23.87 
 
 		 452 aa  86.7  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2380  drug transporter, putative  22.59 
 
 		 458 aa  85.1  0.000000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1880  EmrB/QacA family drug resistance transporter  24.18 
 
 		 501 aa  85.1  0.000000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.096597 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1619  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.88 
 
 		 475 aa  85.9  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0344843  normal  1 
 
 
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NC_013517  Sterm_3579  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  24.87 
 
 		 475 aa  85.1  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008527  LACR_1628  major facilitator superfamily permease  23.57 
 
 		 457 aa  84.7  0.000000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.139658  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_4479  EmrB/QacA family drug resistance transporter  24.15 
 
 		 505 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244863 
 
 
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NC_004578  PSPTO_4300  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  23.53 
 
 		 504 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1522  major facilitator transporter  23.3 
 
 		 460 aa  84  0.000000000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0366872  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2441  major facilitator transporter  22.82 
 
 		 519 aa  84  0.000000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0616003  normal  1 
 
 
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NC_008528  OEOE_1853  major facilitator superfamily permease  24.76 
 
 		 471 aa  83.6  0.000000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008531  LEUM_1077  major facilitator superfamily permease  26.33 
 
 		 444 aa  84  0.000000000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009487  SaurJH9_2440  EmrB/QacA family drug resistance transporter  24.57 
 
 		 479 aa  83.2  0.000000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008009  Acid345_1476  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.85 
 
 		 530 aa  83.2  0.000000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2488  EmrB/QacA family drug resistance transporter  24.57 
 
 		 479 aa  83.2  0.000000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3381  major facilitator transporter  25.2 
 
 		 466 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008709  Ping_2618  major facilitator transporter  25.89 
 
 		 484 aa  82.8  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.876226 
 
 
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NC_009664  Krad_0275  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.33 
 
 		 539 aa  83.2  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.0148555 
 
 
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NC_010322  PputGB1_4425  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.87 
 
 		 483 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146647  normal  0.357206 
 
 
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NC_013132  Cpin_3428  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.63 
 
 		 471 aa  81.6  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008942  Mlab_0610  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  24.55 
 
 		 464 aa  81.3  0.00000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.462732  normal  0.495513 
 
 
-
 
NC_003296  RS03124  transmembrane efflux transmembrane protein  22.89 
 
 		 467 aa  81.6  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4837  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.54 
 
 		 478 aa  81.6  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.179905 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5690  major facilitator transporter  22.69 
 
 		 516 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0856329 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1017  transporter, putative  24.62 
 
 		 459 aa  80.9  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1015  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.67 
 
 		 561 aa  80.5  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4542  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.54 
 
 		 484 aa  80.5  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.717772 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4455  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.54 
 
 		 478 aa  80.9  0.00000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4335  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.93 
 
 		 483 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1388  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.63 
 
 		 483 aa  80.5  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11276  drug-transport integral membrane protein  19.53 
 
 		 579 aa  80.1  0.00000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.201451 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4851  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.41 
 
 		 478 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.16573  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4459  multidrug resistance protein B  23.41 
 
 		 478 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0324211  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2437  major facilitator transporter  23.18 
 
 		 494 aa  79.3  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.516021  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0415  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  23.41 
 
 		 479 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00273768  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4605  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.67 
 
 		 478 aa  79  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000135395  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4441  multidrug resistance protein B  23.17 
 
 		 478 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000526976  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2586  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.37 
 
 		 468 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.941296  hitchhiker  0.00272882 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0958  putative transporter  25.5 
 
 		 442 aa  79  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4961  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.67 
 
 		 478 aa  79  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0262919  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1631  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  21.59 
 
 		 521 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2592  major facilitator superfamily MFS_1  22.99 
 
 		 520 aa  79  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.166853 
 
 
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NC_011725  BCB4264_A4821  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  23.41 
 
 		 479 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_1028  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.16 
 
 		 483 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.634124  normal  1 
 
 
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NC_011773  BCAH820_4827  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  23.77 
 
 		 469 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_008531  LEUM_1863  major facilitator superfamily permease  25.48 
 
 		 465 aa  78.2  0.0000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0147099  n/a   
 
 
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NC_009712  Mboo_2018  major facilitator transporter  22.53 
 
 		 470 aa  78.2  0.0000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.132894  normal  0.221314 
 
 
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NC_009441  Fjoh_4805  major facilitator transporter  26.91 
 
 		 468 aa  77.8  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.675346  n/a   
 
 
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NC_010816  BLD_0659  permease of the major facilitator superfamily  22.37 
 
 		 683 aa  77.8  0.0000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_4177  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.11 
 
 		 522 aa  77.4  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011886  Achl_1250  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  25 
 
 		 567 aa  77.4  0.0000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000544425 
 
 
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NC_014165  Tbis_0402  major facilitator superfamily protein  21.54 
 
 		 508 aa  77.4  0.0000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.537567  normal  0.124421 
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_4540  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.6 
 
 		 480 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013757  Gobs_0854  major facilitator superfamily MFS_1  24.75 
 
 		 458 aa  77.4  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.204372  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_1696  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.55 
 
 		 534 aa  77  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.218803  normal  1 
 
 
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NC_007204  Psyc_1079  major facilitator superfamily multi-drug efflux pump  24.09 
 
 		 458 aa  77  0.0000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0013428  normal  1 
 
 
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NC_007969  Pcryo_1382  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.33 
 
 		 458 aa  77  0.0000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.229793  normal  1 
 
 
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NC_009051  Memar_0910  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.97 
 
 		 497 aa  77  0.0000000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0303117  n/a   
 
 
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NC_009455  DehaBAV1_1292  major facilitator transporter  24.8 
 
 		 465 aa  76.6  0.0000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.674052  n/a   
 
 
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NC_009427  Saro_3792  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.6 
 
 		 509 aa  76.3  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_4004  EmrB/QacA family drug resistance transporter  22.19 
 
 		 498 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.074494 
 
 
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NC_013205  Aaci_2909  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  22.84 
 
 		 635 aa  76.3  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000610887  n/a   
 
 
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