More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1172 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  100 
 
 		 250 aa  492  9.999999999999999e-139  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  93.2 
 
 		 250 aa  462  1e-129  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  32.4 
 
 		 259 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3861  two component AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 259 aa  132  3.9999999999999996e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4237  DNA-binding response regulator  30.12 
 
 		 231 aa  125  6e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4614  DNA-binding response regulator  30.12 
 
 		 231 aa  125  6e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1584  two component AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 259 aa  125  8.000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4396  DNA-binding response regulator  30.12 
 
 		 231 aa  125  9e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4736  DNA-binding response regulator  30.12 
 
 		 231 aa  125  9e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 253 aa  123  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 265 aa  122  4e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4249  DNA-binding response regulator  29.72 
 
 		 231 aa  122  7e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2141  two component AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 260 aa  119  3.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  31.5 
 
 		 251 aa  118  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0618  two component AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 258 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000605397  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 288 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  40.94 
 
 		 530 aa  105  5e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1946  DNA-binding response regulator  29.53 
 
 		 257 aa  105  6e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 1201 aa  105  8e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 269 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2373  two component transcriptional regulator, AraC family  29.88 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 278 aa  102  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 515 aa  98.2  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  40.34 
 
 		 296 aa  95.5  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  28.46 
 
 		 1324 aa  95.1  9e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  28.85 
 
 		 1370 aa  94.7  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  26.54 
 
 		 289 aa  94.4  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3249  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.9 
 
 		 211 aa  94  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.414819  normal  0.558116 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2406  AraC family DNA-binding response regulator  26.09 
 
 		 251 aa  94.4  2e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 222 aa  93.2  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 533 aa  93.6  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  28.35 
 
 		 1366 aa  92.8  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 312 aa  92.4  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1248  response regulator receiver protein  40.83 
 
 		 118 aa  91.7  9e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.87 
 
 		 216 aa  91.7  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5595  two component transcriptional regulator, LuxR family  35 
 
 		 215 aa  91.3  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 513 aa  91.7  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  25.7 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  39.47 
 
 		 519 aa  91.7  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  30.54 
 
 		 961 aa  90.9  2e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  28.19 
 
 		 1296 aa  90.5  2e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 250 aa  90.5  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  43.16 
 
 		 300 aa  90.5  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 271 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0207  response regulator receiver protein  27.06 
 
 		 252 aa  90.5  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 271 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0213  response regulator receiver  27.06 
 
 		 252 aa  90.5  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 271 aa  90.1  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0300  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.29 
 
 		 224 aa  90.1  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 271 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  27.17 
 
 		 1414 aa  90.1  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_374  DNA-binding response regulator, LuxR family  30.52 
 
 		 232 aa  90.1  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000120759  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 271 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  25.5 
 
 		 1278 aa  89.7  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 440 aa  89.4  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 216 aa  89.4  5e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  38.14 
 
 		 180 aa  89  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_002936  DET0432  LuxR family DNA-binding response regulator  31.54 
 
 		 232 aa  89  6e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00543066  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 271 aa  89  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.48 
 
 		 231 aa  89  8e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 208 aa  88.6  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0409  two component LuxR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 232 aa  87.8  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135269  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1679  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 119 aa  87  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.6 
 
 		 547 aa  87.4  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 526 aa  87.8  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 299 aa  86.7  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  30.04 
 
 		 1334 aa  87  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 517 aa  86.7  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 202 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2098  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.88 
 
 		 547 aa  86.7  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000413163 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  32 
 
 		 160 aa  87  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0851  two component LuxR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 216 aa  87  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0778308  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2024  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.06 
 
 		 517 aa  86.3  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 543 aa  86.7  4e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 548 aa  86.3  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  26 
 
 		 1341 aa  86.7  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 532 aa  85.9  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2129  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 118 aa  85.9  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3676  two component transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 214 aa  85.9  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0625047  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1321  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 120 aa  85.9  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  26.67 
 
 		 1378 aa  85.9  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 268 aa  85.5  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1040  response regulator receiver protein  28.06 
 
 		 391 aa  85.5  7e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.369353  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  33.11 
 
 		 304 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  45.26 
 
 		 409 aa  85.5  8e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  32.81 
 
 		 538 aa  85.5  8e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  44 
 
 		 185 aa  85.5  8e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 534 aa  85.5  8e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2548  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.28 
 
 		 218 aa  85.1  9e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  29.57 
 
 		 245 aa  84.7  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  33.1 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>