More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1056 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1056  DNA-binding response regulator  100 
 
 		 226 aa  440  1e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.775205  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2231  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.68 
 
 		 226 aa  279  3e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3055  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.23 
 
 		 227 aa  274  9e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.703147  hitchhiker  0.000223036 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0015  two component transcriptional regulator  59.91 
 
 		 228 aa  268  7e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1044  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.79 
 
 		 234 aa  240  1e-62  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00280  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  57.02 
 
 		 234 aa  237  1e-61  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000064956 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2487  two component transcriptional regulator  53.28 
 
 		 224 aa  235  5.0000000000000005e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.431556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2290  two component transcriptional regulator  52.84 
 
 		 224 aa  235  5.0000000000000005e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2492  two component transcriptional regulator  54.02 
 
 		 224 aa  232  3e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.22217  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2673  DNA-binding response regulator  54.02 
 
 		 224 aa  231  8.000000000000001e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2675  DNA-binding response regulator  54.02 
 
 		 224 aa  229  2e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0180828  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1228  two component transcriptional regulator  54.39 
 
 		 228 aa  228  5e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000325236  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.88 
 
 		 225 aa  228  7e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0523  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.41 
 
 		 224 aa  228  8e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 228 aa  227  1e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1625  DNA-binding response regulator CsrR  52.65 
 
 		 229 aa  226  2e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.137799  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 		 224 aa  225  3e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1732  DNA-binding response regulator  52.63 
 
 		 229 aa  225  4e-58  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.019008  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2056  DNA-binding response regulator  55.16 
 
 		 227 aa  223  1e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.413172  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2212  DNA-binding response regulator  55.16 
 
 		 227 aa  223  1e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2240  DNA-binding response regulator  55.16 
 
 		 227 aa  223  1e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.85177e-28 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1701  DNA-binding response regulator  53.33 
 
 		 230 aa  223  2e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00672994  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  53.12 
 
 		 219 aa  222  4.9999999999999996e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2194  DNA-binding response regulator  55.16 
 
 		 227 aa  221  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00702475  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1476  two component transcriptional regulator  53.12 
 
 		 219 aa  222  4.9999999999999996e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1398  DNA-binding response regulator  51.52 
 
 		 246 aa  221  4.9999999999999996e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000136334  hitchhiker  8.832960000000001e-24 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0354  DNA-binding response regulator  53.33 
 
 		 229 aa  221  4.9999999999999996e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000041064  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.89 
 
 		 224 aa  217  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.35 
 
 		 223 aa  216  2e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.237639  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0389  winged helix family two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 224 aa  209  2e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.667669  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  48.89 
 
 		 240 aa  208  6e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1873  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 226 aa  207  1e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0737  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.1 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0989  DNA-binding response regulator ArlR  52.23 
 
 		 219 aa  206  3e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.110636  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  51.33 
 
 		 224 aa  203  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  50.44 
 
 		 224 aa  202  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 236 aa  202  4e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.64 
 
 		 223 aa  201  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5978  regulatory protein CzcR  45.78 
 
 		 225 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000269255  normal  0.0723212 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.64 
 
 		 223 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.09 
 
 		 223 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0898  DNA-binding response regulator  46.4 
 
 		 234 aa  199  3e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6295  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.75 
 
 		 223 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.803537  normal  0.219108 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.64 
 
 		 223 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.64 
 
 		 223 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  48 
 
 		 223 aa  198  6e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 224 aa  198  6e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.67 
 
 		 223 aa  198  6e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  46.67 
 
 		 225 aa  197  9e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3036  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.75 
 
 		 273 aa  197  1.0000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.106658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  48.46 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2768  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.09 
 
 		 223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1760  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.89 
 
 		 225 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133831  normal  0.402692 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2130  response regulator receiver  44 
 
 		 252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.539517  hitchhiker  0.00279069 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0488  DNA-binding response regulator  48.47 
 
 		 228 aa  196  3e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3818  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.386967  normal  0.165932 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.81 
 
 		 233 aa  195  6e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1291  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.9 
 
 		 222 aa  194  7e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  44.89 
 
 		 226 aa  194  7e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.2 
 
 		 228 aa  194  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.2 
 
 		 228 aa  194  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1205  two component transcriptional regulator  46.9 
 
 		 222 aa  194  9e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2637  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.33 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2318  two component transcriptional regulator  47.98 
 
 		 225 aa  194  1e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.642935  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0311  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 232 aa  193  2e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.280613 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  44.69 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1103  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.88 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.64 
 
 		 228 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  43.75 
 
 		 271 aa  192  3e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.442824  normal  0.485424 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3235  DNA-binding response regulator  44.69 
 
 		 224 aa  192  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2277  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 248 aa  192  3e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.113906  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.78 
 
 		 223 aa  192  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  44.25 
 
 		 224 aa  192  4e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  44.69 
 
 		 224 aa  191  5e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.69 
 
 		 225 aa  191  5e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  43.69 
 
 		 226 aa  192  5e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1090  DNA-binding response regulator  45.81 
 
 		 228 aa  191  6e-48  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.00019826  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0102  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.64 
 
 		 223 aa  191  7e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.753235  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10613  two component system DNA binding transcriptional regulatory protein tcrA  44.2 
 
 		 253 aa  190  1e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499525  normal  0.750249 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  44.89 
 
 		 228 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  42.98 
 
 		 237 aa  190  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09290  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  47.53 
 
 		 229 aa  191  1e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 		 236 aa  191  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  46.67 
 
 		 223 aa  190  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.05 
 
 		 226 aa  189  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2999  DNA-binding response regulator  43.81 
 
 		 224 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.227145  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.74 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3229  DNA-binding response regulator  43.81 
 
 		 224 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.74 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.74 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1073  putative response regulator  44.54 
 
 		 234 aa  189  4e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3412  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.49 
 
 		 226 aa  188  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.64 
 
 		 225 aa  188  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.84 
 
 		 225 aa  188  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  45.09 
 
 		 223 aa  187  8e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0321  two component transcriptional regulator  41.78 
 
 		 406 aa  187  8e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2165  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.43 
 
 		 232 aa  187  8e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.77286 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0997  two component transcriptional regulator  41.89 
 
 		 230 aa  187  9e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.679101  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>