More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0693 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 271 aa  543  1e-153  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  96.68 
 
 		 271 aa  528  1e-149  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  40.52 
 
 		 271 aa  203  2e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  42.12 
 
 		 284 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  41.25 
 
 		 277 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  41.44 
 
 		 278 aa  179  5.999999999999999e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  42.54 
 
 		 280 aa  178  9e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 277 aa  176  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  39.42 
 
 		 277 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 277 aa  175  6e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 277 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  38.76 
 
 		 277 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  39.69 
 
 		 277 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  40.08 
 
 		 277 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  38.76 
 
 		 277 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  39.69 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 277 aa  169  4e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  38.7 
 
 		 277 aa  167  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  38.13 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.88 
 
 		 280 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  41.06 
 
 		 279 aa  166  5e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  39.69 
 
 		 280 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 		 273 aa  161  1e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 288 aa  159  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  32.72 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  40.45 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  34.73 
 
 		 286 aa  156  4e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 286 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  39.46 
 
 		 288 aa  155  9e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  38.76 
 
 		 275 aa  154  2e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  39.06 
 
 		 276 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  35.5 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 279 aa  150  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  35.58 
 
 		 269 aa  149  5e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 		 279 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.7 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 283 aa  144  1e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  38.17 
 
 		 269 aa  144  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  36.3 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.56 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 289 aa  143  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.56 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 289 aa  143  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 270 aa  142  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 301 aa  142  4e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 285 aa  142  5e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  33.71 
 
 		 286 aa  142  6e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 295 aa  139  4.999999999999999e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  30.47 
 
 		 322 aa  139  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0006  shikimate dehydrogenase  36.92 
 
 		 246 aa  139  4.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.171843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 279 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 273 aa  138  7.999999999999999e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  32.06 
 
 		 296 aa  138  8.999999999999999e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 268 aa  137  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 278 aa  137  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 276 aa  138  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 271 aa  137  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  32.59 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 268 aa  137  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 		 244 aa  138  1e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  32.6 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 279 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  29.01 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  32.47 
 
 		 300 aa  135  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1671  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.9 
 
 		 244 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  36.22 
 
 		 271 aa  135  6.0000000000000005e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35.5 
 
 		 283 aa  135  7.000000000000001e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 		 296 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  30.69 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 285 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  34.8 
 
 		 289 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 283 aa  132  5e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  34.43 
 
 		 295 aa  132  5e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  29.09 
 
 		 285 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  32.08 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  34.6 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  30.88 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 280 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 284 aa  129  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 265 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 279 aa  129  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>