102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0499 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_0499  sensor histidine kinase  100 
 
 
431 aa  833    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000246195  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0487  sensor histidine kinase  92.34 
 
 
431 aa  678    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0885624  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2346  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  33.58 
 
 
609 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.600899 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1751  sensor histidine kinase VirS  33.64 
 
 
440 aa  100  7e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0035916  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1481  sensor histidine kinase VirS  33.18 
 
 
441 aa  96.7  8e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000161061  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3117  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  30.47 
 
 
342 aa  95.9  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.853672  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2269  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  27.67 
 
 
442 aa  91.7  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0032  histidine kinase-related ATPase, putative  31 
 
 
248 aa  90.5  5e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000737644  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0430  ATP-binding region ATPase domain protein  20.85 
 
 
313 aa  85.5  0.000000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000157774 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1601  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  27.73 
 
 
446 aa  84  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00658825  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0582  signal transduction protein  28.64 
 
 
431 aa  75.1  0.000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2424  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  23.18 
 
 
423 aa  75.1  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0469  ATP-binding region ATPase domain protein  26.57 
 
 
444 aa  71.2  0.00000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0745  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  24.64 
 
 
460 aa  70.1  0.00000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2401  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  25.93 
 
 
456 aa  67.8  0.0000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.283788  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3731  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  25.81 
 
 
532 aa  67.8  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.95506  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2641  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  25 
 
 
423 aa  67  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3378  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  22.91 
 
 
545 aa  64.7  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.960766  normal  0.505448 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2545  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  21.18 
 
 
361 aa  63.5  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.290644  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14600  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  27.12 
 
 
445 aa  63.5  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000227922  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01630  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  27.41 
 
 
325 aa  62.8  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3869  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  21.59 
 
 
540 aa  62.4  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0780654  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0975  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  31.65 
 
 
242 aa  62  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1814  ATP-binding region ATPase domain protein  21.52 
 
 
614 aa  61.6  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.211625  normal  0.35963 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2647  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  21.33 
 
 
426 aa  60.8  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1311  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  28.79 
 
 
443 aa  60.1  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.766434  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0499  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  30.89 
 
 
287 aa  56.6  0.0000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000111074  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3688  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  26.42 
 
 
280 aa  55.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1622  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  25.46 
 
 
275 aa  54.7  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0350  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  27.31 
 
 
555 aa  54.7  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4414  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  20.66 
 
 
558 aa  53.1  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1210  putative sensor kinase citA  22.36 
 
 
538 aa  53.1  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000551679  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0538  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  28.41 
 
 
290 aa  53.1  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2224  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  24.61 
 
 
541 aa  52.4  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.691075  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3198  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  31.02 
 
 
456 aa  52.8  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000728956 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003319  sensor kinase CitA  22.94 
 
 
539 aa  52.8  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2790  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  24.77 
 
 
547 aa  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000273411  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1870  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  25.12 
 
 
470 aa  51.6  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000031179  normal  0.169965 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0680  sensor kinase DpiB  21.3 
 
 
553 aa  50.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.520362  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3006  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  20.83 
 
 
552 aa  50.1  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0670  sensor histidine kinase DpiB  20.83 
 
 
552 aa  50.1  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0246714  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0642  sensor histidine kinase DpiB  20.83 
 
 
552 aa  50.1  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0459667  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0638  sensor histidine kinase DpiB  20.83 
 
 
552 aa  50.1  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.736103  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2325  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  23.33 
 
 
531 aa  50.1  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.18048  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00589  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with citB  20.83 
 
 
552 aa  50.1  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0707  sensor histidine kinase DpiB  20.83 
 
 
552 aa  50.1  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0401  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  28.43 
 
 
479 aa  49.7  0.00009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02431  sensor kinase CitA  20.25 
 
 
541 aa  49.3  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3503  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  19.64 
 
 
546 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.243231 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3025  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  20.83 
 
 
552 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0740  sensor kinase DpiB  20.83 
 
 
553 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0784  sensor kinase DpiB  20.83 
 
 
553 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.636686  normal  0.450792 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0666  sensor kinase DpiB  20.83 
 
 
553 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.863518  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1570  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  27.41 
 
 
278 aa  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000000677983 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02250  histidine kinase  18.75 
 
 
450 aa  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5077  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  18.64 
 
 
558 aa  47.8  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.669392 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0965  sensor histidine kinase  28.88 
 
 
529 aa  47.8  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4090  histidine kinase  29.69 
 
 
479 aa  47.4  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.789598  hitchhiker  0.00345949 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2021  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  24.77 
 
 
534 aa  47.8  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.769355  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0471  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  30.7 
 
 
225 aa  47.4  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0687563 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2258  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  20.59 
 
 
542 aa  47.4  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0498367  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0515  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  30.66 
 
 
526 aa  47  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0318  sensor kinase citA  25.13 
 
 
565 aa  47  0.0007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25730  PAS domain S-box  22.09 
 
 
520 aa  47  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3003  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  21.55 
 
 
503 aa  46.6  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0343689 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4697  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  25.32 
 
 
527 aa  45.8  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.269439  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4679  sensory histidine kinase DcuS  23.48 
 
 
543 aa  45.8  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0811  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  28.57 
 
 
529 aa  45.8  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0361  histidine kinase  26.98 
 
 
468 aa  46.2  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000148321  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1749  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  22.42 
 
 
534 aa  46.6  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000244457  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1377  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  25.83 
 
 
525 aa  45.8  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3867  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  23.48 
 
 
543 aa  45.8  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3902  sensory histidine kinase DcuS  23.48 
 
 
543 aa  45.8  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4592  sensory histidine kinase DcuS  23.48 
 
 
543 aa  45.8  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5639  sensory histidine kinase DcuS  23.48 
 
 
543 aa  45.8  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1004  sensor histidine kinase  25.67 
 
 
529 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.68776e-61 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0904  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  24.35 
 
 
241 aa  44.7  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0700  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  20 
 
 
543 aa  44.7  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8198  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  23.84 
 
 
538 aa  44.7  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1009  sensor histidine kinase  25.67 
 
 
529 aa  44.3  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0869  sensor histidine kinase  25.13 
 
 
529 aa  44.3  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0923  sensor histidine kinase  25.13 
 
 
529 aa  44.3  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1089  sensor histidine kinase  25.67 
 
 
529 aa  44.3  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37840  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  20.54 
 
 
527 aa  44.3  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.183307 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0065  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  22.45 
 
 
529 aa  44.3  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.633378  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4366  sensory histidine kinase DcuS  23.48 
 
 
543 aa  43.9  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.206477  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4346  sensor histidine kinase  27.08 
 
 
529 aa  43.9  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.149156  hitchhiker  0.000000000000186115 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4399  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  23.38 
 
 
525 aa  43.9  0.006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.262296  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1492  accessory gene regulator protein C  24.77 
 
 
429 aa  43.5  0.007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.108947  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1659  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.83 
 
 
459 aa  43.5  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.819337 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2555  sensory histidine kinase DcuS  22.22 
 
 
538 aa  43.5  0.007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.129089 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0614  sensory histidine kinase DcuS  26.94 
 
 
534 aa  43.5  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1240  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  26.23 
 
 
541 aa  43.5  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000276458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0487  sensory histidine kinase DcuS  27.54 
 
 
534 aa  43.5  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0489  sensory histidine kinase DcuS  27.54 
 
 
534 aa  43.5  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0632  sensory histidine kinase DcuS  27.54 
 
 
534 aa  43.5  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2748  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30 
 
 
476 aa  43.5  0.008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662437  normal  0.393877 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1927  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.41 
 
 
596 aa  43.5  0.008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4177  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  23.38 
 
 
525 aa  43.1  0.01  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0530735  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3516  histidine kinase  26.61 
 
 
607 aa  43.1  0.01  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.295368  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>