More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0481 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
294 aa  608  1e-173  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
294 aa  608  1e-173  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.61 
 
 
300 aa  324  1e-87  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.23 
 
 
281 aa  296  4e-79  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.56 
 
 
299 aa  293  3e-78  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.22 
 
 
285 aa  264  1e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.95 
 
 
284 aa  263  2e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.79 
 
 
283 aa  264  2e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.6 
 
 
284 aa  260  1e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.25 
 
 
284 aa  259  4e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.25 
 
 
284 aa  258  8e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.25 
 
 
284 aa  258  8e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.25 
 
 
284 aa  256  2e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.6 
 
 
284 aa  257  2e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.55 
 
 
284 aa  257  2e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.52 
 
 
278 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.86 
 
 
280 aa  252  5.000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.14 
 
 
280 aa  245  6.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.34 
 
 
280 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.25 
 
 
246 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.43 
 
 
294 aa  241  7.999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
287 aa  239  4e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.8 
 
 
277 aa  238  8e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.96 
 
 
281 aa  236  3e-61  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.76 
 
 
276 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.75 
 
 
237 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.142911  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.05 
 
 
291 aa  232  6e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.41 
 
 
297 aa  229  3e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.16 
 
 
285 aa  227  1e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.96 
 
 
288 aa  227  1e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.28 
 
 
292 aa  228  1e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
294 aa  226  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.94 
 
 
287 aa  226  3e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
293 aa  225  8e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.91 
 
 
287 aa  224  2e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
288 aa  223  3e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.41 
 
 
282 aa  222  6e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41 
 
 
291 aa  221  8e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.75 
 
 
281 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.7 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.1 
 
 
261 aa  220  3e-56  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.34 
 
 
285 aa  219  3e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.13 
 
 
298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.3 
 
 
314 aa  219  5e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.21 
 
 
285 aa  217  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.59 
 
 
283 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.11 
 
 
284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.08 
 
 
286 aa  216  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.67 
 
 
296 aa  215  8e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.67 
 
 
288 aa  215  8e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
293 aa  215  8e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.33 
 
 
298 aa  214  9e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.14 
 
 
461 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.52 
 
 
283 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.18 
 
 
278 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.81 
 
 
288 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.26 
 
 
296 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.71 
 
 
278 aa  211  2e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.72 
 
 
279 aa  210  2e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.14 
 
 
298 aa  210  3e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.18 
 
 
280 aa  210  3e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.93 
 
 
296 aa  209  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.12 
 
 
291 aa  209  6e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.78 
 
 
284 aa  208  8e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  36.79 
 
 
293 aa  207  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.63 
 
 
291 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.96 
 
 
321 aa  206  3e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.36 
 
 
278 aa  206  3e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34862e-32 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.58 
 
 
291 aa  206  5e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.19 
 
 
296 aa  205  7e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.45 
 
 
285 aa  204  1e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
286 aa  204  1e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.26 
 
 
290 aa  204  1e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.97 
 
 
270 aa  204  1e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8192  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.45 
 
 
301 aa  204  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.51 
 
 
297 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.88 
 
 
292 aa  204  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06100  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.19 
 
 
313 aa  203  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.127581  normal  0.398775 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.72 
 
 
296 aa  202  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.45 
 
 
308 aa  202  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.34 
 
 
299 aa  202  6e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.62 
 
 
281 aa  202  8e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.547009  hitchhiker  0.00418742 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.43 
 
 
305 aa  201  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.18 
 
 
270 aa  201  9e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.73 
 
 
284 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000208207  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1444  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  39.73 
 
 
283 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6346  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.96 
 
 
296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.191715  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.54 
 
 
306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.36 
 
 
299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1133  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.41 
 
 
328 aa  200  3e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.853451 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.09 
 
 
297 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3135  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.93 
 
 
282 aa  198  7e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.69 
 
 
299 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.77 
 
 
303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.77 
 
 
301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.97 
 
 
294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  38.36 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  38.36 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.36 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.39 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>