94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0456 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_0456  hypothetical protein  100 
 
 
606 aa  1184    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000703218  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0446  hypothetical protein  95.38 
 
 
606 aa  1046    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0398916  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1226  hypothetical protein  26.12 
 
 
636 aa  127  8.000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000692495  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1877  hypothetical protein  23.99 
 
 
641 aa  113  8.000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.044001  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1137  hypothetical protein  21.81 
 
 
640 aa  109  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0112156  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0981  hypothetical protein  21.5 
 
 
620 aa  102  3e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.229606  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0763  hypothetical protein  25.27 
 
 
667 aa  80.5  0.00000000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00848758  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0450  hypothetical protein  29.55 
 
 
345 aa  79  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.376108  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0462  hypothetical protein  31.25 
 
 
345 aa  74.3  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000893155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1595  hypothetical protein  26.67 
 
 
302 aa  65.1  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00569706  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2703  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  26.89 
 
 
708 aa  61.6  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000297127  normal  0.375768 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3675  protein of unknown function DUF939  24.89 
 
 
708 aa  60.5  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000321  membrane protein  26.83 
 
 
717 aa  57.8  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3001  fusaric acid resistance protein region  25.31 
 
 
697 aa  57  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4316  Fusaric acid resistance protein conserved region  21.4 
 
 
672 aa  57  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.888384  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0760  hypothetical protein  24.78 
 
 
698 aa  55.8  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.183091  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1796  fusaric acid resistance protein region  25.47 
 
 
625 aa  54.7  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00451003  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06123  hypothetical protein  28.37 
 
 
717 aa  53.9  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0564  hypothetical protein  26.37 
 
 
653 aa  52  0.00003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2911  hypothetical protein  26.57 
 
 
726 aa  52  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2253  Fusaric acid resistance protein conserved region  20.19 
 
 
653 aa  51.2  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4934  fusaric acid resistance protein region  25 
 
 
687 aa  50.8  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0657  hypothetical protein  28.17 
 
 
725 aa  50.8  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4793  putative inner membrane efflux transporter  23.93 
 
 
659 aa  50.8  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310622  normal  0.638285 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0097  hypothetical protein  22.4 
 
 
347 aa  50.8  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0146368  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2163  hypothetical protein  22.44 
 
 
403 aa  49.7  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2230  inner membrane protein YeeA  23.68 
 
 
352 aa  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2863  hypothetical protein  25.71 
 
 
352 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.104583 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5689  hypothetical protein  28.57 
 
 
691 aa  50.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.33226  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2396  inner membrane protein YeeA  23.68 
 
 
352 aa  49.3  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2183  inner membrane protein YeeA  23.68 
 
 
352 aa  49.7  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5250  intergral membrane protein  28.79 
 
 
727 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2509  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  27.61 
 
 
746 aa  48.9  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000184796  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1378  protein of unknown function DUF939  24.73 
 
 
369 aa  49.7  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.00000000000180772  normal  0.221416 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2001  YccS/YhfK family integral membrane protein  24.81 
 
 
756 aa  49.7  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0304152  hitchhiker  0.00152336 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2283  hypothetical protein  23.68 
 
 
352 aa  49.3  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0319559 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2237  inner membrane protein YeeA  23.68 
 
 
352 aa  49.3  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.223026  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0511  YccS/YhfK family integral membrane protein  29.2 
 
 
727 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.917341 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1472  integral membrane protein, YccS/YhfK family protein  25.62 
 
 
733 aa  48.5  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.872698 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2164  Fusaric acid resistance protein conserved region  23.23 
 
 
670 aa  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1670  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  25 
 
 
730 aa  48.5  0.0004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0995  hypothetical protein  27.66 
 
 
700 aa  48.1  0.0004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1080  FlhB domain-containing protein  29.19 
 
 
649 aa  48.1  0.0005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.990199  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4827  YccS/YhfK family integral membrane protein  30.99 
 
 
727 aa  47.4  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5003  YccS/YhfK family integral membrane protein  27.82 
 
 
727 aa  47.8  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.481214  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4954  integral membrane protein, YccS/YhfK family  30.99 
 
 
727 aa  47.4  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2736  hypothetical protein  25.17 
 
 
363 aa  47.4  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.30564  normal  0.0867479 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3703  YccS/YhfK family integral membrane protein  28.65 
 
 
706 aa  47.4  0.0008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0445  hypothetical protein  24.14 
 
 
381 aa  47.4  0.0009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1054  hypothetical protein  25 
 
 
352 aa  47  0.0009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.205497 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2146  hypothetical protein  25 
 
 
352 aa  47  0.0009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01897  hypothetical protein  25 
 
 
352 aa  47.4  0.0009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01911  conserved inner membrane protein  25 
 
 
352 aa  47.4  0.0009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0874  YccS/YhfK family integral membrane protein  28.71 
 
 
700 aa  46.6  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.866014  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0512  putative lipoprotein  23.37 
 
 
362 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1649  conserved hypothetical protein  25 
 
 
352 aa  47  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1632  hypothetical protein  25 
 
 
352 aa  47  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0591467 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0584  putative lipoprotein  23.37 
 
 
381 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2299  hypothetical protein  25 
 
 
352 aa  47  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0497  putative lipoprotein  23.37 
 
 
362 aa  46.6  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0440  hypothetical protein  23.37 
 
 
362 aa  46.6  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0381254  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0436  hypothetical protein  23.37 
 
 
362 aa  46.6  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0468809  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4083  fusaric acid resistance protein region  25.64 
 
 
682 aa  47  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0529  putative lipoprotein  23.37 
 
 
362 aa  46.6  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0247  YccS/YhfK family integral membrane protein  28.09 
 
 
706 aa  45.8  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1227  hypothetical protein  21.3 
 
 
534 aa  46.2  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2704  membrane protein-like protein  30.67 
 
 
655 aa  46.2  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00615533  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1355  protein of unknown function DUF939  24.83 
 
 
359 aa  46.2  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4389  hypothetical protein  23.6 
 
 
361 aa  45.8  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0585  putative lipoprotein  23.37 
 
 
362 aa  46.2  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1330  fusaric acid resistance protein region  26.92 
 
 
733 aa  46.2  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3209  hypothetical protein  21.94 
 
 
355 aa  45.8  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0499107 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1369  fusaric acid resistance protein region  26.92 
 
 
733 aa  46.2  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.205794  normal  0.721238 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3946  YccS/YhfK family integral membrane protein  28.09 
 
 
706 aa  45.8  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05690  Integral membrane protein, YccS/YhfK family  25.49 
 
 
724 aa  45.4  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5820  membrane protein-like protein  25.3 
 
 
659 aa  45.1  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.202056  normal  0.271534 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0164  hypothetical protein  28.75 
 
 
359 aa  45.4  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21280  hypothetical protein  22.78 
 
 
664 aa  45.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4593  fusaric acid resistance protein  26.15 
 
 
734 aa  45.4  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131682  normal  0.850292 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1652  Fusaric acid resistance protein conserved region  30 
 
 
653 aa  45.1  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.421943  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2149  hypothetical protein  21.43 
 
 
388 aa  44.7  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.432183  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2743  hypothetical protein  24.47 
 
 
355 aa  44.7  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.484045  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2557  hypothetical protein  24.47 
 
 
355 aa  44.7  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000442188  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1750  protein of unknown function DUF893 YccS/YhfK  25.21 
 
 
806 aa  44.7  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0916755  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1227  hypothetical protein  25 
 
 
226 aa  44.3  0.006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.118348  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2320  fusaric acid resistance protein region  32.1 
 
 
713 aa  44.3  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.300913  normal  0.199301 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2375  integral membrane protein, YccS/YhfK family  24.65 
 
 
727 aa  44.3  0.007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1402  hypothetical protein  26 
 
 
364 aa  44.3  0.007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2888  YccS/YhfK family integral membrane protein  24.65 
 
 
727 aa  44.3  0.007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0240  Fusaric acid resistance protein conserved region  25 
 
 
680 aa  43.9  0.009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.182295 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2531  protein of unknown function DUF893, YccS/YhfK  22.7 
 
 
740 aa  43.9  0.009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2840  AraE family aromatic acid exporter  26.58 
 
 
883 aa  43.9  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33409  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1953  hypothetical protein  26.17 
 
 
364 aa  43.5  0.01  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1919  hypothetical protein  26.17 
 
 
364 aa  43.5  0.01  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>