More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0139 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
361 aa  734    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  64.54 
 
 
370 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  61.28 
 
 
362 aa  468  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  45.28 
 
 
465 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  34.72 
 
 
423 aa  217  2e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  35 
 
 
423 aa  216  5.9999999999999996e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  32.38 
 
 
438 aa  171  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  27.81 
 
 
373 aa  162  6e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.56 
 
 
405 aa  161  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2462  DNA-cytosine methyltransferase  31.4 
 
 
412 aa  160  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.017331  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  32.69 
 
 
334 aa  155  7e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  30.89 
 
 
310 aa  155  7e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0080  DNA-cytosine methyltransferase  30.87 
 
 
371 aa  154  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.35686  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  31.15 
 
 
313 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  33.33 
 
 
313 aa  152  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  30.62 
 
 
379 aa  149  6e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  29.61 
 
 
323 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  27.76 
 
 
395 aa  147  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4252  DNA-cytosine methyltransferase  30.41 
 
 
318 aa  146  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0263417 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  28.68 
 
 
434 aa  146  6e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  31.55 
 
 
468 aa  144  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  28.14 
 
 
443 aa  143  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1529  DNA-cytosine methyltransferase  30.56 
 
 
402 aa  142  7e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000344499  unclonable  0.000000000227525 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  28.9 
 
 
421 aa  142  8e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1322  DNA-cytosine methyltransferase  30 
 
 
429 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000848316  hitchhiker  0.000198005 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  27.32 
 
 
342 aa  139  4.999999999999999e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7069  DNA-cytosine methyltransferase  29.22 
 
 
393 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000135592  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1183  hypothetical protein  30.43 
 
 
352 aa  138  1e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.401368  normal  0.0474441 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  29.81 
 
 
328 aa  139  1e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2284  DNA-cytosine methyltransferase  28.09 
 
 
399 aa  138  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0302  DNA-cytosine methyltransferase  28.23 
 
 
375 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1270  DNA-cytosine methyltransferase  30.73 
 
 
406 aa  138  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  28.17 
 
 
415 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  30.43 
 
 
340 aa  137  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  27.86 
 
 
357 aa  137  4e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  28.39 
 
 
418 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  28.39 
 
 
418 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  28.37 
 
 
356 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  28.85 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  31.15 
 
 
368 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1127  DNA-cytosine methyltransferase  27.58 
 
 
359 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000503374  unclonable  0.0000088158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3989  DNA-cytosine methyltransferase  30.47 
 
 
348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.519304  normal  0.0147961 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  26.3 
 
 
446 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1510  DNA-cytosine methyltransferase  30.45 
 
 
414 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  25.81 
 
 
424 aa  130  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2869  DNA-cytosine methyltransferase  31.06 
 
 
409 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000758151  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  28.23 
 
 
381 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  28.84 
 
 
398 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  27.07 
 
 
431 aa  128  2.0000000000000002e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4319  DNA-cytosine methyltransferase family protein  29.54 
 
 
312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00165512 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.68 
 
 
431 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  26.76 
 
 
389 aa  126  7e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  32.47 
 
 
362 aa  125  8.000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6992  DNA-cytosine methyltransferase  29.37 
 
 
454 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4863  DNA-cytosine methyltransferase  28.12 
 
 
418 aa  125  8.000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3845  DNA-cytosine methyltransferase  29.21 
 
 
371 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  26.63 
 
 
689 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  28.61 
 
 
335 aa  122  6e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1243  DNA-cytosine methyltransferase  25.41 
 
 
325 aa  122  7e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  28.42 
 
 
374 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1628  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.21 
 
 
359 aa  122  9e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.5 
 
 
387 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  28.5 
 
 
385 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1155  DNA-cytosine methyltransferase  27.02 
 
 
317 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  26.1 
 
 
361 aa  119  7.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  25.91 
 
 
686 aa  119  9e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  29.28 
 
 
319 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  25.66 
 
 
698 aa  117  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1568  DNA-cytosine methyltransferase  28.49 
 
 
662 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0406485  hitchhiker  0.00122877 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  26.86 
 
 
362 aa  116  6e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  28.53 
 
 
365 aa  116  6e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  27.7 
 
 
400 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  25.56 
 
 
488 aa  113  4.0000000000000004e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  36.27 
 
 
406 aa  113  4.0000000000000004e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2196  DNA-cytosine methyltransferase  27.3 
 
 
366 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227819  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1414  DNA-cytosine methyltransferase  24.33 
 
 
419 aa  113  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106105  normal  0.0448096 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1617  DNA-cytosine methyltransferase  25.71 
 
 
437 aa  113  5e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132126 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  36.45 
 
 
395 aa  113  6e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0840  modification methylase DdeI; cytosine-specific methyltransferase  25.78 
 
 
450 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.27192e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  26.9 
 
 
350 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0752  DNA-cytosine methyltransferase  28.28 
 
 
371 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1333  DNA-cytosine methyltransferase  26.91 
 
 
415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  28.5 
 
 
388 aa  111  2.0000000000000002e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1018  DNA-cytosine methyltransferase  27.68 
 
 
446 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000487753  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0534  DNA-cytosine methyltransferase  26.58 
 
 
399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499669  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  26.01 
 
 
373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  28.96 
 
 
311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 
313 aa  110  3e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0606  DNA-cytosine methyltransferase  23.18 
 
 
355 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4984  DNA-cytosine methyltransferase  25.91 
 
 
361 aa  110  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  26.4 
 
 
355 aa  109  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.85 
 
 
415 aa  109  7.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1008  cytosine-specific methyltransferase NlaX  26.9 
 
 
350 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.02363e-62 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2442  DNA-cytosine methyltransferase  26.48 
 
 
464 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.767774  unclonable  0.00000000055978 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1205  DNA-cytosine methyltransferase  26.89 
 
 
632 aa  109  8.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.649135 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3438  DNA modification cytosine-specific methyltransferase protein  28.65 
 
 
364 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0047  cytosine-specific methyltransferase NlaX (M.NlaX)  29.25 
 
 
352 aa  108  1e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00306927  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  28.53 
 
 
335 aa  108  1e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3681  modification methylase HgiDII  26.01 
 
 
344 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1093  DNA-cytosine methyltransferase  28.53 
 
 
386 aa  108  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>