48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0035 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_0035  tRNA-Arg  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0035  tRNA-Arg  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.150876  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0054  tRNA-Arg  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60480  tRNA-Arg  97.06 
 
 
72 bp  60  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t62  tRNA-Arg  86.89 
 
 
72 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.198832 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0037  tRNA-Arg  85.29 
 
 
75 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.111991  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3581  tRNA-Arg  85.29 
 
 
77 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000214954 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2782  tRNA-Arg  85.29 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2508  tRNA-Arg  85.29 
 
 
77 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0042  tRNA-Arg  85.29 
 
 
75 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.113086  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5046  tRNA-Arg  85.29 
 
 
75 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4678  tRNA-Arg  85.29 
 
 
77 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00038  tRNA-Arg  85.29 
 
 
75 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0042  tRNA-Arg  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0476936  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0069  tRNA-Arg  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0069  tRNA-Arg  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1291  tRNA-Arg  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0077  tRNA-Arg  87.27 
 
 
72 bp  54  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0017  tRNA-Arg  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.034948 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0929  tRNA-Arg  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0164409  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0137  tRNA-Arg  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1133  tRNA-Arg  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.168397  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1010  tRNA-Arg  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2639  tRNA-Arg  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.993285  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1126  tRNA-Arg  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0069  tRNA-Arg  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14016  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0067  tRNA-Arg  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0054  tRNA-Arg  87.04 
 
 
75 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.629093 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0019  tRNA-Arg  84.85 
 
 
84 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.240544  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0050  tRNA-Arg  85.25 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.130666  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0050  tRNA-Arg  85.96 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385714  normal  0.536973 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6049  tRNA-Arg  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0045  tRNA-Arg  85.25 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.350958 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2583  tRNA-Arg  83.82 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.464864  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2637  tRNA-Arg  83.82 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.576799  hitchhiker  0.0000000000000106236 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2623  tRNA-Arg  83.82 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.655713  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2534  tRNA-Arg  83.82 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2748  tRNA-Arg  83.82 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0366523  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0067  tRNA-Arg  83.82 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00807797  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0058  tRNA-Arg  83.82 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.794524  normal  0.203632 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0023  tRNA-Arg  85.45 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0040  tRNA-Arg  85.45 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0009  tRNA-Arg  85.45 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0042  tRNA-Arg  85.45 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.284385  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0009  tRNA-Arg  84.48 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  85.19 
 
 
72 bp  44.1  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000017876  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>