More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0025 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  40.77 
 
 
1241 aa  918  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  100 
 
 
1271 aa  2571  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  34.06 
 
 
1217 aa  648  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  98.27 
 
 
1270 aa  2476  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  40.77 
 
 
1240 aa  920  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  40.77 
 
 
1241 aa  918  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  40.5 
 
 
1244 aa  872  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  40.53 
 
 
1241 aa  915  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  40.61 
 
 
1241 aa  916  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  41.19 
 
 
1236 aa  875  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  40.44 
 
 
1241 aa  910  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  47.47 
 
 
1248 aa  1112  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  40.46 
 
 
1242 aa  924  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  40.77 
 
 
1241 aa  918  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3423  recombination helicase AddA  37.34 
 
 
1377 aa  797  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  46.92 
 
 
1251 aa  1132  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  34.06 
 
 
1217 aa  648  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  38.05 
 
 
1230 aa  823  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  40.22 
 
 
1242 aa  870  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  33.66 
 
 
1282 aa  682  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  34.21 
 
 
1392 aa  745  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  40.38 
 
 
1241 aa  914  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  48.98 
 
 
1233 aa  1134  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0482  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  40.88 
 
 
1405 aa  720  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  40.5 
 
 
1241 aa  915  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  41.1 
 
 
1244 aa  957  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  40.77 
 
 
1241 aa  914  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  33.31 
 
 
1218 aa  622  1e-176  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  30.23 
 
 
1230 aa  527  1e-148  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  29.66 
 
 
1204 aa  500  1e-140  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  30.97 
 
 
1392 aa  472  1e-131  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  29.85 
 
 
1186 aa  458  1e-127  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  27.83 
 
 
1240 aa  437  1e-121  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  29.98 
 
 
1121 aa  428  1e-118  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  29.11 
 
 
1203 aa  424  1e-117  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  29.03 
 
 
1217 aa  413  1e-113  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  27.31 
 
 
1207 aa  399  1e-109  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  26.17 
 
 
1226 aa  213  2e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  24.7 
 
 
1057 aa  200  1e-49  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  24.38 
 
 
1184 aa  197  7e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  20.77 
 
 
1123 aa  176  4e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0870  UvrD/REP helicase  25.18 
 
 
1165 aa  165  6e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.129938 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  23.28 
 
 
1061 aa  164  8e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  24.67 
 
 
1173 aa  162  4e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  24.39 
 
 
1089 aa  148  5e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  22.34 
 
 
1173 aa  146  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  21.9 
 
 
1173 aa  146  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  26.06 
 
 
1080 aa  145  7e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  23.56 
 
 
1185 aa  144  1e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.83 
 
 
1177 aa  142  4e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0519  UvrD/REP helicase  24.75 
 
 
1130 aa  140  1e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  23.84 
 
 
1120 aa  138  8e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  21.18 
 
 
1161 aa  138  9e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  23.44 
 
 
854 aa  133  2e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.7 
 
 
1183 aa  132  5e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00770  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  22.15 
 
 
1262 aa  130  2e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.77 
 
 
1197 aa  130  2e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  25.04 
 
 
1115 aa  129  4e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  23.33 
 
 
1124 aa  128  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  23.95 
 
 
1121 aa  127  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  23.95 
 
 
1147 aa  127  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.67 
 
 
860 aa  125  5e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.56 
 
 
1089 aa  124  1e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  24.44 
 
 
1149 aa  123  2e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  23.53 
 
 
1196 aa  123  2e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  22.82 
 
 
1202 aa  122  4e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  22.55 
 
 
1177 aa  121  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  23.78 
 
 
1162 aa  121  1e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  22.98 
 
 
1161 aa  120  1e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1571  UvrD/REP helicase  22.73 
 
 
1110 aa  121  1e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  22.42 
 
 
1164 aa  120  1e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  23.81 
 
 
833 aa  120  2e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.67 
 
 
1226 aa  119  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1101  UvrD/REP helicase  26.46 
 
 
1065 aa  118  6e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.88 
 
 
1139 aa  117  1e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  23.08 
 
 
1187 aa  117  1e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4844  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.78 
 
 
776 aa  116  2e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  24.02 
 
 
1180 aa  115  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3206  UvrD/REP helicase  22.68 
 
 
1290 aa  115  7e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3361  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.51 
 
 
772 aa  114  1e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.876798 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  23.65 
 
 
1117 aa  114  1e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  24.72 
 
 
1074 aa  113  2e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0419  UvrD/REP helicase  24.79 
 
 
1003 aa  112  4e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.34 
 
 
763 aa  112  6e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  24.35 
 
 
1110 aa  112  6e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  24.49 
 
 
1164 aa  112  6e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  24.44 
 
 
1151 aa  111  9e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.74 
 
 
1229 aa  110  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  21.34 
 
 
1125 aa  108  7e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  22.52 
 
 
1180 aa  107  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  22.81 
 
 
1131 aa  106  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.14 
 
 
1156 aa  106  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  22.37 
 
 
1180 aa  106  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  22.12 
 
 
1185 aa  106  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.39 
 
 
713 aa  105  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  20.38 
 
 
1087 aa  105  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.06 
 
 
1223 aa  104  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3118  UvrD/REP helicase  23.83 
 
 
1061 aa  104  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.674969 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.61 
 
 
797 aa  103  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  24.33 
 
 
1183 aa  103  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.564831 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>