More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CNB01970 on replicon NC_006684
Organism: Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006684  CNB01970  pre-mRNA splicing factor, putative  100 
 
 
1072 aa  2174    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87539  pre-mRNA processing RNA-helicase  38.89 
 
 
875 aa  580  1e-164  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.223181 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34710  predicted protein  50.11 
 
 
723 aa  481  1e-134  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.628608  normal  0.164519 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_18199  predicted protein  41.11 
 
 
595 aa  435  1e-120  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05931  ATP-dependent RNA helicase dbp2 (EC 3.6.1.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B0J9]  43.36 
 
 
563 aa  341  4e-92  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0111979  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF01240  p68-like protein, putative  41.63 
 
 
540 aa  340  9e-92  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17862  predicted protein  39.09 
 
 
529 aa  317  6e-85  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.626563  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_82821  DEAD box RNA helicase  39.42 
 
 
530 aa  317  8e-85  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.283146  normal 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27227  predicted protein  42.04 
 
 
452 aa  303  1e-80  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.689197 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36611  predicted protein  42.04 
 
 
452 aa  303  1e-80  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.438813  decreased coverage  0.000242961 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_1114  predicted protein  39.78 
 
 
478 aa  302  2e-80  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0466739  normal  0.893767 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_1537  predicted protein  43.44 
 
 
394 aa  301  5e-80  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.935265 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_47095  predicted protein  39.69 
 
 
413 aa  291  6e-77  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0903334  normal  0.0377209 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06640  Pre-mRNA splicing factor RNA helicase PRP28, putative  37.67 
 
 
738 aa  290  1e-76  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.847821  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01634  Pre-mRNA-splicing ATP-dependent RNA helicase prp28 (EC 3.6.1.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BCU6]  36.29 
 
 
782 aa  288  5e-76  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_94867  predicted protein  38.52 
 
 
575 aa  286  2.0000000000000002e-75  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0308188  normal  0.0300986 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01650  conserved hypothetical protein  35.75 
 
 
615 aa  279  2e-73  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_1794  predicted protein  39.75 
 
 
421 aa  273  2e-71  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00327182 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_12990  predicted protein  34.49 
 
 
500 aa  272  2.9999999999999997e-71  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.368235  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.9 
 
 
491 aa  271  4e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.43 
 
 
453 aa  270  8e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  37.43 
 
 
454 aa  270  1e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.43 
 
 
454 aa  270  1e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.43 
 
 
453 aa  270  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  37.43 
 
 
454 aa  270  1e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.43 
 
 
454 aa  270  1e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.43 
 
 
454 aa  270  1e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.43 
 
 
453 aa  270  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.43 
 
 
454 aa  270  1e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.43 
 
 
454 aa  270  1e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.43 
 
 
453 aa  270  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.43 
 
 
453 aa  270  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.43 
 
 
455 aa  270  1e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0791  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.41 
 
 
624 aa  270  1e-70  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000437602  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.17 
 
 
454 aa  267  7e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.27 
 
 
549 aa  267  8e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.43 
 
 
550 aa  266  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.7 
 
 
525 aa  265  3e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2235  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.47 
 
 
511 aa  265  3e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  37.17 
 
 
462 aa  265  3e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2355  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.47 
 
 
497 aa  265  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651471  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.7 
 
 
515 aa  265  4e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.73 
 
 
578 aa  265  4e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2013  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.34 
 
 
545 aa  265  4e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14682  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37 
 
 
535 aa  265  4.999999999999999e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  36.41 
 
 
445 aa  265  4.999999999999999e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.7 
 
 
526 aa  265  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.7 
 
 
525 aa  265  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03147  ATP-dependent RNA helicase  37.97 
 
 
460 aa  264  4.999999999999999e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.457785  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.05 
 
 
484 aa  264  6e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.716722 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37 
 
 
496 aa  264  8.999999999999999e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  38.24 
 
 
506 aa  262  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.21 
 
 
509 aa  263  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.23 
 
 
443 aa  263  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0919  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.96 
 
 
432 aa  262  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000178347  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1053  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.05 
 
 
484 aa  262  2e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.03 
 
 
466 aa  262  3e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.79 
 
 
494 aa  262  3e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5658  DEAD/DEAH box helicase-like  39.47 
 
 
527 aa  262  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  38.04 
 
 
495 aa  262  3e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.9 
 
 
549 aa  262  3e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.97 
 
 
452 aa  261  7e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  38.68 
 
 
482 aa  260  9e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  38.68 
 
 
482 aa  260  9e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  38.68 
 
 
482 aa  260  9e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.23 
 
 
452 aa  260  9e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  38.68 
 
 
482 aa  260  9e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  38.68 
 
 
482 aa  260  9e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1352  putative ATP-dependent RNA helicase 2  38.68 
 
 
559 aa  260  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.051549  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1193  DEAD/DEAH box helicase  38.68 
 
 
481 aa  260  1e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.444937  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.6 
 
 
513 aa  259  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.4 
 
 
571 aa  259  2e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3310  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  39.3 
 
 
507 aa  259  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.21 
 
 
520 aa  259  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0312074 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1704  DEAD/DEAH box helicase-like  39.21 
 
 
520 aa  259  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1195  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.51 
 
 
433 aa  259  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2316  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.21 
 
 
520 aa  259  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  37.67 
 
 
429 aa  259  2e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0981  ATP-dependent RNA helicase RhlE  38.95 
 
 
571 aa  258  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22900  DNA/RNA helicase, superfamily II  37.43 
 
 
657 aa  259  3e-67  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.27 
 
 
540 aa  259  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1472  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.57 
 
 
541 aa  259  3e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000440496  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_38084  predicted protein  39.55 
 
 
440 aa  258  4e-67  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3362  ATP-dependent RNA helicase  36.48 
 
 
484 aa  258  4e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0198  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.99 
 
 
418 aa  258  4e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55603  ATP-dependent RNA helicase of DEAD box family  35.42 
 
 
616 aa  258  5e-67  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  37.53 
 
 
424 aa  258  5e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.39 
 
 
511 aa  258  5e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0899  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  36.84 
 
 
537 aa  258  6e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1022  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.69 
 
 
435 aa  258  6e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0284952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3241  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.24 
 
 
433 aa  257  7e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3098  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.24 
 
 
433 aa  257  7e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.872049  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1279  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.24 
 
 
433 aa  257  7e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0871578 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.24 
 
 
433 aa  257  7e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  37.94 
 
 
574 aa  257  7e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10557  ATP-dependent RNA helicase ded1 (EC 3.6.1.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P0C2M6]  35.01 
 
 
668 aa  257  8e-67  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.645505 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.56 
 
 
455 aa  257  8e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.51 
 
 
477 aa  257  8e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.47 
 
 
452 aa  257  9e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0924  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.5 
 
 
403 aa  257  9e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>